В 1490-х гг. архиепископ Новгородский Геннадий, бывший Чудовский архимандрит, писал по поводу переноса церквей от пожаров митрополиту Зосиме, что церкви из города, то есть из Кремля, были вынесены. Что касается переставления извечных монастырей, то это указание должно относится к монастырю Спаса на Бору, который был переведен на новое место «вниз по Москве-реке на горы возле Крутиц, отчего и стал прозываться Новоспасским» (23, с. 142).
Собственно история первого кремлевского монастыря как самостоятельного церковного института на этом заканчивается, но история первого московского собора продолжалась еще достаточно долго и представляет несомненный интерес прежде всего в историко-архитектурном отношении.
В 1527 г. собор Ивана Калиты был полностью перестроен. Размеры собора по внешнему обмеру составляли примерно 15 м в длину вместе с алтарной частью и 13 м в ширину (все размеры приблизительные, так как взяты по масштабу с чертежей середины XIX в. архитектора А. А. Мартынова). Четыре квадратных в плане каменных столба со стороной немногим более метра разделяли внутреннее пространство собора на три нефа: центральный пролетом 3,6 м и два боковых шириной по 2 м. Столбы образовывали подкупольный квадрат размером 3,6 × 3,6 м с расстоянием в осях столбов примерно 4,7 м в обоих направлениях. На плане XIX в. (илл. 5) столбы показаны крестчатыми, но что они были такими изначально, можно только предполагать. Нефы на востоке заканчивались тремя алтарными апсидами полуциркульной формы с двумя узкими окнами в центральной апсиде и с одним окном в боковых.
Илл. 5. Собор Спаса Преображения на Бору. План. По чертежу А. А. Мартынова. Середина XIX в.
Стены, разделяющие апсиды, заканчивались столбами толщиной 0,8 м, отстоявшими на 1,7 м от восточной пары центральных столбов. Главный западный и боковые северный и южный входы с перспективными порталами располагались по центрам соответствующих нефов. В западном притворе были два небольших окошка с северной и южной сторон. Судить о первоначальной толщине наружных стен, вероятно усиленных лопатками, сложно – возможно, они, как и столбы, были толщиной немногим более метра. Иконостас располагался по западной грани восточной пары центральных столбов, занимая всю ширину церкви. Барабан купола стоял, возможно, на приподнятых подпружных арках (илл. 6), известных в произведениях московской архитектуры второй половины XIV в., если только они не появились при позднейших перестройках. Если авторы перестроек и реконструкций точно воспроизводили оригинал, как утверждают источники, то высота собора внутри, от пола до шелыги сводов составляла 6,3 м, высота барабана – 2,8 м, а его диаметр по наружному обмеру – 5,6 м.
После Большого Кремлевского пожара 1554 г. и вскоре после присоединения Новгорода к Москве в 1570 г. при Иване Грозном, вероятно, произошло окончательное формирование плана собора. В его восточной части в одну линию с алтарем собора, видимо, были пристроены симметрично две придельные церкви: с северной стороны – во имя Трех Святителей: Василия Великого, Григория Богослова и Иоанна Златоустого, а с южной – во имя Трех Исповедников: Гурия, Самона и Авива, так как такой придел имелся в Софийском соборе покоренного Новгорода. Приделы были небольшими: 6,5 м в длину и около 6 м в ширину, каждый с двойной апсидой, с окнами в них, самостоятельными портальными входами, смещенными от центральных осей и узкими окнами в боковых стенах и рядом со входом для освещения церквей.
Илл. 6. Собор Спаса Преображения на Бору. Продольный разрез. По чертежу А. А. Мартынова. Середина XIX в.
Илл. 7. Общий план Царского дворца в Московском Кремле. Начало XX в.
Возможно, тогда же была пристроена крытая галерея или притвор вдоль всего южного фасада как продолжение юго-восточного придела и одной с ним ширины. А. Л. Баталов допускает наличие этих пристроек уже у храма 1526/27 г. (6, с. 144). На всех планах Кремля, появившихся к концу XVI в., собор показан в его позднейших очертаниях: почти квадратным в плане, размерами 23 × 19 м в плане (без северного придела), с пристройками и с характерным выступом в северо-восточном углу на месте придела Трех Святителей. План собора в этом виде довольно подробно показан на обмерных чертежах середины XVIII в., включенных в план дворцового комплекса, выполненный архитекторами А. П. Евлашовым, К. И. Бланком, Д. В. Ухтомским и др. (45, с. 281, рис. 25, 26), и на «Общем плане царского дворца в Кремле в XVII в.» на чертеже А. Потапова (илл. 7) и серии его чертежей Кремля конца XIX – начала XX в., составленных «по старым планам и книгам с натуры» (47, таб. XIV–I, рис. 35).