В 1812 г. в церкви Спаса на Бору были укрыты священные предметы из других церквей, и, хотя собор был разграблен, основные ценности избежали гибели и расхищения. После войны северо-восточный придел использовался как служебное помещение, а церковь Трех Святителей была перенесена в другое место, возможно в придел Архангела Михаила. В 1817 г. собор был обращен в ружную церковь и приписан к дворцовому храму Спаса Нерукотворенного, но жители Москвы продолжали называть его собором. В это время в церкви было четыре придела: «1. Во имя св. мучеников Гурия, Самона и Авива; 2. Чудотворца Спиридона; 3. Архангела Михаила и трех святителей Василия Великого, Григория Богослова и Иоанна Златоустого» (37, с. 40).
Тогда же появилась возможность устройства придела погребенного в соборе свт. Стефана Пермского, канонизированного Макарьевским Собором 1549 г. Этот придел находится на втором этаже юго-западного угла собора, на месте прежнего придела св. Архангела Михаила (44, т. 1, с. 86).
На втором этаже симметричной ему северо-западной пристройки был устроен придельный храм св. Прокопия, на месте придела св. Мины. Святых с именем Прокопий известно несколько, но очевидно, что этот святой был выбран неслучайно. С. П. Бартенев называет его великомучеником (5, с. 136–149) и тогда это Прокопий Иерусалимский – принявший христианство римский воин, погибший во время Диоклетиановых гонений на христиан в Александрии в 303 г. Но были еще три свв. Прокопия: Великоустюжский, Вятский и Вологодский, все трое – Христа ради юродивые. Известно, что Прокопий Великоустюжский предсказал будущей матери свт. Стефана Пермского, увидев ее трехлетней девочкой, что она будет матерью этого просветителя. Кстати, канонизирован св. Прокопий юродивый был тем же Макарьевским Собором, что и свт. Стефан Пермский, а день празднования памяти Прокопия юродивого назначен в день памяти вмч. Прокопия – 8 июля (ст. ст.), при этом дата смерти обоих святых отличается ровно на тысячу лет: 303 и 1303 гг. Возможно, это объясняет логику создания парных приделов свв. Стефана и Прокопия в соборе Спаса на Бору.
В 1917 г. в соборе находилось несколько замечательных местночтимых икон: чудотворная икона Всемилостивого Спаса в древнем окладе, покрытая слюдою, принадлежавшая, по преданию, супруге Ивана III Зое Палеолог, привезенная ею из Рима (хранилась на аналое в стеклянном кивории); храмовая икона Преображения Господня работы XVI в.; Боголюбская икона Богоматери, принесенная из Боголюбова; Собор архангелов Михаила и Гавриила; Похвалы Богородицы (1, № 1).
Собор Спаса на Бору был разрушен в 1933 г., как говорят, по личному распоряжению Сталина при объединении двух залов Большого Кремлевского дворца – Александровского и Андреевского – в один зал заседаний Верховного Совета СССР и РСФСР по проекту архитектора И. А. Иванова-Шица, а на месте храма сделана пристройка к дворцу со служебными помещениями. При разборке храма были обнаружены фрагменты резных белокаменных деталей орнаментального пояса, характерного для раннемосковской школы XIV в. (45, с. 264). Правда, остается неясным, где именно на фасаде храма мог быть этот орнаментальный пояс. В фондах музеев Кремля сохранились две иконы собора. Неизвестна судьба захоронения св. Стефана Пермского.
Архимандриты
Иоанн I, 1346 г., хиротонисан в епископа Ростовского.
Иоанн II, прозванием Непейца, в 1374 г. отошел на безмолвие.
Михаил, прозванием Митяй. (1375–1377), печатник, духовник Дмитрия Донского, был избран Митрополитом Всероссийским, но на пути в Константинополь для посвящения скончался и погребен в Галате.
Симеон, в 1382 г. убит в Кремле татарами Тохтамыша.
Сергий I Азаков, упом. в 1389 г., Никоновская летопись IV, 158.
Игнатий, спутник митрополита Никона в Царьград, вместе с Сергием Азаковым вел путевые записки Митрополита, Никоновская летопись IV, 166.