При ссылке в Соловки сектантов и раскольников, только в редких, сравнительно, случаях определялась та секта, к которой принадлежал заточаемый в монастырскую тюрьму, чаще же всего писалось, что такой-то ссылается "за богопротивную ересь" или "за распространение сектантских толков и дерзость против духовных властей", но в, чем именно состояла эта ересь или это сектантство — не объяснялось.
Впрочем, о принадлежности соловецких узников к той или иной секте иногда можно догадаться и по тем кратким характеристикам, которые заключались о них в делах. Так, например, не трудно узнать последователей известной секты бегунов или странников в следующих характеристиках Соловецких узников: "Егор Иванов — из бродяг, ссылается за Сократе своего звания и непризнавание никаких властей"; или NN — "неизвестный бродяга за непризнавание святых угодников, Государя Императора и начальственной власти", или "бродяга непризнающий власти и Зелики" и т. д.
Только последователи одной секты всегда определялись точно, это — скопцы, которых не мало перебывало в Соловецких казематах Один из них, крестьянин Антон Дмитриев, за оскопление себя и своего помещика графа Головкина был заключен в монастырскую тюрьму «навсегда». Он пробыл в заточении… страшно сказать!., целые 65 лет… В числе скопцов, сидевших в Соловецкой тюрьме, встречаются привилегированные, чиновные лица, как, например, штабс-капитан Созонович.
Священники подвергались монастырскому заточению чаще всего "за побег к раскольникам". К этой главной вине нередко присоединялись еще другие, в роде нетрезвой жизни, пьянства, буйства и т. п. Священник Алексей Степанов был заточен в Соловки "за законопротивные поступки, нетрезвость буйство и побег к раскольникам со вступлением в их секту". Монахи ссылались в Соловки за уклонение в ересь, "за порочную жизнь", "за лживые и клеветнические донос", "за пьянственное и развратное поведение" и т. д.
Если судить по официальным делам, то «еретичество» некоторых лиц, из числа попадавших в Соловецкую тюрьму, иногда заходило слишком далеко. Так, например, в 50-х годах в Соловецком остроге содержался придворный певчий, окончивший курс Черниговской духовной семинарии, Александр Орловский, обвиненный не более не менее как в безбожии. Однако, если основываться на рукописи самого узника Орловского, то атеизм его состоял лишь в том, что он в пьяной компании, желая похвастаться своею ученостью и своим либерализмом, произнес несколько дерзких слов против религии. Слова эти кем-то из присутствующих были переданы начальству, вследствие чего и возникло дело по обвинению Орловского в атеизме. Результатом этого дела было заточение Орловского в Соловках.
Из сект, особенно далеко ушедших от учения православной церкви, едва ли не первое место принадлежит субботникам, т. е. последователям секты Иудействующих. Как известно, субботники отрицают в корне не только православие, но и все христианство, исповедуя убеждение, что обещанный Богом Спаситель мира, Мессия, до сих пор еще не явился. В числе арестантов Соловецкой тюрьмы было несколько последователей "еврейской веры", которым ставилось в вину их "отпадете от христианства".
Что касается отпадения от православия, в чем обвинялось огромное большинство Соловецких узников, то нередко отпадение это выражалось в крайне резкой форме; так, например, по отзыву настоятеля монастыря, вахтер Иван Бураков был заключен в Соловецкую тюрьму "за отступление от православия в раскол, какого еще не бывало: ни чему не верит". По отзывам того же архимандрита, Бураков — "величайший богоотступник", который "никаких увещаний не принимает, святыню, догматы и самого Иисуса Христа хулит, верит каким-то явлениям и поныне ожидает изменения в церкви и во всем
Но неизмеримо чаще мы встречаемся с такими случаями, когда монастырское заточение постигало людей за проступки, которые, казалось бы, не заключали в себе ничего ужасного. Так, например три солдата были заключены в Соловецкую тюрьму "за старообрядчество". Рядовой Потайников попал в монастырскую тюрьму "за заблуждение в понятии св. писания". Снопе ссылались в Соловки "за объявление нелепостей" или же "за нелепые предсказания". Крестьянин Сергеев был заточен "за крещение себя двуперстным сложением по раскольнически и рассказы нелепостей от религиозного наступления" и т. д. Подобных примеров можно было бы привести множество.