Тюрьма, которая была до самого последнего времени в Соловках, получила свое начало в 1718 г., когда в северо-западном углу монастыря, близ Короженской башни с земляными тюрьмами, построена была большая двухэтажная «палата». Нижний этаж этой палаты в 1798 году был приспособлен для тюремных помещений, при чем на первый раз в нем было устроено 12 казематов, или же "арестантских чуланов". Спустя 30 лет, в 1828 году, в царствование Николая Павловича и второй этаж этой палаты был обращен в тюрьму, при чем в нем было устроено 16 казематов, или чуланов.
В это время, т. е. в начале только — что минувшего столетия, караульные солдаты, которые стерегли арестантов, помещались в Том же самом здании тюрьмы: коридоры между арестантскими «чуланами» служили помещением для солдат. Такое близкое соседство стражи с арестантами часто вызывало разные неприятная столкновения между ними, а потому в 1842 году, по просьбе архимандрита Алания, солдат и офицера построена была особая казарма, а тюрьма увеличена надстройкою третьего этажа. В таком виде она существовала до самого последнего времени, т. е. до осени прошлого 1903 г. По свидетельству г. Колчина, в Соловках сохранилась легенда, относящаяся до постройки этой тюрьмы. Известно, что в одном из самых мрачных казематов, расположенном на южной стороне монастырской крепостной стены, долгое время находился в заточении последний кошевой атаман Сечи Запорожской Кольнишевский. Будучи уже глубоким стариком, он просидел в этом каземате целые 16 лет, после чего вдруг выяснилось, что он ни в чем не был виноват. И вот рассказывают, что царь, освободив Кольнишевского, захотел чем-нибудь вознаградить его за перенесенные им страдания и приказал спросить у него: чего он хочет себе в награду?
— "Стар я стал, — отвечал Кольнишевский, — мирские почести меня не прельщают, богатство мне не нужно: не прожить мне и того, что у меня есть…
Если же царь-батюшка хочет меня пожаловать, пусть он прикажет выстроить для преступников настоящую тюрьму, чтобы они не маялись, как я, в душ казематах крепости".
IVДолгое время глубокая тайна скрывала все то, что касалось заточения людей в монастырские тюрьмы. Долгое время русская печать не имела возможности касаться вопроса о монастырских заточениях и, в частности, вопроса о Соловецкой тюрьме и условиях содержания в ней заключенных. Только в 1880 г., благодаря тем совершенно случайным и кратковременным облегчениям, которые получила наша пресса при Лорис-Меликове, явилась возможность заговорить о Соловецкой тюрьме, поднять вопрос о необходимости освобождения лиц, содержащихся в ней, и, наконец, поставить вопрос о настоятель ной необходимости возможно скорее и раз навсегда покончить с этой давно отжившей формой наказания, от которой так и веет средними веками.
Можно думать, что и в правительственных сферах мало-помалу пришли к убеждению о полной непригодности Соловецкой тюрьмы. И вот мы видим, что с течением времени число лиц, ссылаемых в Соловецкую тюрьму, постепенно становится все меньше и меньше. В 1886 году этой тюрьме был нанесен сильный удар: командующий войсками С.-Петербургского военного округа Великий Князь Владимир Александрович, посетив Соловки и найдя, что воинская команда, на обязанности которой было караулить арестантов монастырского острога, совершенно там излишня, в виду незначительности числа арестантов, — сделал распоряжение о переводе этой команды из Соловок.
Окончательному упразднению Соловецкой тюрьмы, как говорят, не мало содействовал бывший военный министр А. Н. Куропаткин, лично посетивший Соловки летом 1902 года. Как бы то ни было, но в следующем же 1903 году состоялась передача правительством тюремных зданий в собственность Соловецкого монастыря. Кроме главного здания, в котором была тюрьма, монастырю передан также двухэтажный каменный флигель, где помещались караульные команды и офицер. В прежней тюрьме, в казематах которой еще недавно томились узники, теперь устраивается братская больница с церковью. В это же здание переведены монастырские схимники. Флигель, служивший ранее для военной команды, теперь занять квартирой врача и аптекой. По распоряжению А. Н. Куропаткина, в Соловки командирован военный врач, который будет ежегодно заменяться другим. До сих пор Соловецкий монастырь был лишен всякой медицинской помощи, если не считать фельдшера, от времени до времени посещавшего Соловки.