Однако в начале 1239 года завоеватели снова напали на русские земли. Их походы имели характер коротких ударов по городам, стоявшим у рубежей половецких степей, и проводились с целью расширения покоренной территории и ликвидации возможных очагов сопротивления на границах Дешт-и-Кыпчак.
Зимой 1239 года войско Гуюк-хана, Менгу-хана, Кадана и Бури двинулось на север, в область мордвы и Мурома. Мордовские племена, разбитые монголо-татарами перед походом на Северо-Восточную Русь, восстали против завоевателей, и их пришлось покорять заново.
Завоеватели огнем и мечом прошли по мордовским землям, взяли и сожгли города Муром и Гороховец, уцелевшие во время похода 1238 года, опустошили земли по Клязьме и Нижней Оке. Можно предположить, что во время похода они разрушили и Нижний Новгород. По сообщению тверского летописца, монголо-татарские отряды прошли еще дальше и взяли «Городец-Радилов на Волге». Обширная территория от мордовских лесов до Волги была подвергнута страшному опустошению. «Зимой татары взяли Мордовскую землю и Муром пожгли», — сообщает летописец, и «по Клязьме воевали, и град Гороховец пожгли».
Этой же зимой другой монголо-татарский отряд напал на Рязанское княжество, еще не успевшее оправиться от разгрома. Рязанские земли снова впали в запустение: «Приходили татары в Рязань, попленили ее всю» (летопись).
Следующий удар завоеватели направили на Переяславль, сильную крепость на рубежах Южной Руси. Этот город был передовым постом киевской земли, далеко выдвинутым в половецкие степи. О его стены не раз разбивались набеги кочевников. Достаточно сказать, что за полтора века (XII — первая половина XIII столетия) половцам ни разу не удалось преодолеть укрепления Переяславля.
Город Переяславль стоял на реке Трубеж, притоке Днепра, при впадении в нее речки Альты. Переяславский кремль — «детинец» — имел сильные укрепления. Его валы состояли из деревянных срубов, заполненных землей и обложенных с наружной стороны кирпичом-сырцом. Над валами высились крепкие деревянные «заборола». Две каменные церкви усиливали оборону «детинца», являясь дополнительными опорными пунктами.
Есть основания думать, что в Переяславле были каменные стены. Во всяком случае Лаврентьевская летопись упоминает о том, что епископ Ефрем в Переяславле «град заложил каменный» (1089). К «детинцу» примыкал укрепленный «окольный град», окруженный валами. Остатки этих валов сохранились до настоящего времени. Укрепления города усиливали водные преграды: с трех сторон Переяславль прикрывался реками Трубежем и Альтой, а с четвертой, северной — глубоким рвом.
К Переяславлю монголо-татары подошли в конце февраля или в начале марта 1239 года. Видимо, это был один из отрядов Берке, воевавшего в степях по левобережью Днепра с половцами. Летописи не сообщают почти никаких подробностей осады города. Известно только, что Переяславль был взят штурмом («взят копьем») 3 марта, причем большая часть его населения погибла или была уведена завоевателями в плен. Суздальский летописец так сообщает об этом событии: «Взяли татары Переяславль-Русский и епископа убили, и людей избили, и град пожгли огнем, и людей полона много взяли». Опустошению подверглись также другие города Переяславского княжества: «…окрестные грады и села огнем пожгли».
Разгром, учиненный монголо-татарами, был так тяжел, что Переяславль долго не мог оправиться. Тверской летописец писал через триста лет после монголо-татарского погрома о Переяславле, что «там епископа нет, а град без людей». Переяславский каменный собор лежал в развалинах до середины XVII века. Уцелевшие переяславцы покинули свой родной город и переселились на север, в черниговские земли.
Следующей жертвой монголо-татар стал город Чернигов, тоже сильная крепость на границах половецких степей. Разрушить этот город монгольским ханам казалось необходимым, чтобы обезопасить себя с фланга для будущего большого похода на Южную Русь. Северо-Восточная Русь была уже обессилена монголо-татарским погромом. Зимние походы 1239 года ликвидировали последние «островки» непокоренных земель на севере — мордву, Муром, города по Нижней Клязьме. Пал Переяславль, крепость на пути к Киеву. Только Чернигово-Северская земля оставалась незавоеванной, угрожая правому флангу готовящегося к походу на запад монголо-татарского войска.
Чернигов был столицей большого и сильного княжества. Географическое положение поблизости от границ Руси и активное участие в междоусобных войнах создали на Руси мнение о Чернигове как о городе, «богатом воинами», «славном мужеством горожан», «крепком и многолюдном».