В ноябре 1243 года группе этих басков удалось закрепиться на южном склоне, на сто пятьдесят метров ниже крепости. Эта позиция была не слишком удобной, но она позволяла проводить другие операции, тем более что утвердиться здесь баски сумели прочно. В боевое положение поставили требюше, из которого, хотя и снизу, несколько каменных ядер удалось забросить в восточный барбакан замка. Кстати, на этом направлении осаждающие в дальнейшем и сосредоточили все усилия. Однажды ночью в конце декабря группа легко вооруженных добровольцев направилась в южные скалы, под отрог, которым пог заканчивался с восточной стороны. Их вел проводник, знавший тайные тропы, — по всей вероятности, катар-ренегат. Они взобрались на гребень и перебили охрану барбакана. Баски, ожидавшие на защищенных позициях, в свою очередь вступили в бой, ворвались в барбакан и, несмотря на ожесточенное сопротивление его защитников, сумели захватить его. Рассказывают, что, когда наступил день, добровольцы из ночной экспедиции затрепетали от ужаса при виде бездны, над которой они карабкались, не замечая опасности, которой подвергаются. Добавляют, что они уверяли товарищей: мол, никогда бы не пошли на такой риск, если бы знали о трудности похода или могли увидеть пропасть.
Взятие восточного барбакана переломило ход сражения и значительно сократило длительность осады. Действительно, на этой позиции, позволявшей наблюдать за противником почти на уровне крепости, люди епископа Альбигойского начали собирать огромный камнемет, и это в двадцати четырех метрах от стен замка. Этот камнемет позволил метать за укрепления каменные ядра весом от шестидесяти до восьмидесяти фунтов, наносившие большой ущерб как крышам, так и стенам. Ситуация, которая до тех пор была благоприятной скорей для осажденных, готовых годами сдерживать королевские силы, изменилась в пользу осаждающих.
Пьер-Рожер де Мирпуа, командир гарнизона Монсегюра, не питал иллюзий по поводу будущего. Ему удалось убедить епископа Бертрана из эн-Марти вывезти катарскую казну. Благодаря пособничеству нескольких часовых из королевской армии, которых просто-напросто подкупили, появилась возможность переправить большое количество золота и серебра в укрепленную пещеру в высокогорной долине Арьежа, а потом — в замок Юссон в Доннезане. Там хранители казны попытались нанять отборный отряд, чтобы он напал на крестоносцев, смял их ряды и по восточному гребню прорвался в Монсегюр, уничтожив камнемет или обратив его против осаждающих. Договорились с одним каталонским вождем, в большей или меньшей мере бандитом с большой дороги, неким Корбарио, который взялся осуществить эти операции. Попытка провалилась — прежде всего потому, что люди Корбарио темной ночью заблудились в ущелье Лассе, не сумев занять нужную позицию. И камнемет епископа Альбигойского продолжал наносить значительный урон крепости.
В первый день марта 1244 года осажденные, хорошо подготовившись, предприняли вылазку. Их отбросили. Пьер-Рожер де Мирпуа понял, что долго так продолжаться не может. Не то чтобы не хватало провизии или возможностей для связи с внешним миром. Ночью отряды воинов прорывали блокаду, установленную королевской армией, и под руководством надежных людей добирались до крепости. Другие приносили сообщения епископу Бертрану из эн-Марти. Таким образом можно было получать оружие и даже провизию. Но тревогу стала вызывать проблема воды: цистерны загрязнились, потому что в них упало множество крыс. Впрочем, полагали, что это не случайность, а измена и что для этого специально подкупили кого-то в гарнизоне. Следовательно, нужно было срочно принимать решения, чтобы избежать самого худшего.
Всем дали понять, какова реальная ситуация; катары положились на Рамона де Переллу и Пьера-Рожера де Мирпуа, предоставив им все полномочия для ведения переговоров о почетной сдаче. Оба командира отправили гонца к сенешалю Каркассонскому с запросом, на каких условиях они могут сдать Монсегюр.
Осада длилась уже почти год. Командиры королевских войск были измучены. Они также понимали, что никогда не смогут взять крепость приступом. Гуго дез Арси, архиепископ Петр Амьель и инквизитор Ферьер приняли большую часть условий, выдвинутых осажденными. Все, кто сдастся, сохранят жизнь и не будут потревожены, если согласятся искренне признаться в своих провинностях. Они уйдут с оружием и пожитками, и против них не будет предпринято никаких санкций за участие в убийстве, совершенном в Авиньонне. Осажденным давали срок в пятнадцать часов, и 16 марта они должны были сдаться.