По состоянию на 21 июня 1941 года численность бригады была следующей: начальствующего состава – 665, младшего нач. состава – 952, рядового состава – 5840, всего – 7457 [47] . Уже в ноябре 1940 года 3-я осбр была передана в состав НКО. В ПрибОВО она до мая подчинялась командующему 8-й армией, а затем была включена в состав формирующейся 27-й армии. Перед войной 1-й сб 79-го сп находился на Хийумаа.
Список командования бригады находится в приложении № 1. Наиболее подготовленным и опытным командиром в составе управления бригады был заместитель командира бригады, полковник Николай Федорович Ключников. К началу боев на островах ему было 45 лет. Еще в 1915 году он окончил в Киеве школу прапорщиков. С декабря 1918 года в рядах Красной армии. С 1931 года он командовал 22-м сп 8-й сд, а в 1936 году стал начальником штаба этой дивизии. С августа 1937 года – командир 4-й сд в Белорусском военном округе. В феврале 1938 года ему присвоено воинское звание комбриг. С марта этого же года – член ВКП (б). С апреля 1939 года он исполняет обязанности командира 5-го СК в этом же округе. В декабре его во главе 4-й сд отправляют на Советско-Финляндскую войну, на Карельский перешеек. Задачей дивизии было прорваться по льду озера Сувантоярви в тыл финнам. Наступление началось 25 декабря 1939 года. Уже к исходу 27 декабря части дивизии, понесшие тяжелые потери, были отброшены на исходные позиции [48] . В январе 1940 года комбриг Н. Ф. Ключников выводится в резерв Управления комсостава НКО и снижается в звании до полковника. С февраля 1940 года он командует запасным полком на Северном фронте [49] .
Перед войной, в мае, в ПрибОВО был разработан план прикрытия отмобилизования, развертывания и сосредоточения (план прикрытия). В соответствии с ним на Моонзундских островах был развернут участок прикрытия № 1. Его командиром являлся командир 3-й осбр. Задачи участка:
а) не допустить высадки морских и воздушных десантов противника на острова;
б) выделить не менее трех дивизионов артиллерии для усиления береговых батарей КБФ на оборону Ирбенского пролива и организовать взаимодействие с морским флотом и авиацией ПрибОВО для отражения противника при его попытках прорваться в Рижский залив;
в) огнем береговой артиллерии содействовать операциям КБФ и войск ЛВО по воспрещению форсирования устья Финского залива.
С 15 июня в ПрибОВО было начато формирование четырех отдельных танковых батальонов. Один из них – 12-й – предназначался для 3-й осбр. На вооружении этих частей должны были быть танкетки Т-27, которые поставлялись из внутренних округов и с Дальнего Востока. Были даже назначены некоторые командиры в эти батальоны. В частности, в 12-й отб было назначено 8 командиров. Однако в связи с начавшейся войной решение по формированию этих батальонов не было реализовано.
Для строительства ДОТов на островах весной 1941 года сформировали 95-е управление начальника строительства (УНС) и два строительных участка: 115-й на Хийумаа и 114-й на Сааремаа [50] . Начать строительство ДОСов не успели. Как сказано в отчете генерала А. Б. Елисеева: «…К началу войны это строительство не сделало ни одной точки благодаря, главным образом, затяжке окончательного решения штабом ПрибОВО по посадке сооружений и позднего поступления материалов и рабочей силы» [51] . Силами передислоцированной на Сааремаа роты 351-го стройбата на западное побережье завозили и складировали стройматериалы (цемент и арматура). На строительстве военных городков для 3-й осбр работала 293-я отдельная строительная рота. Начиная с мая, приступили к строительству на западном побережье Сааремаа и Хийумаа батальонных районов обороны. На Сааремаа их строили части 3-й осбр, на Хийумаа – 1-й сб 79-го сп 3-й осбр, 3-й сб 156-го сп и 3-й сб 167-го сп. Последние два стрелковых батальона были из состава 16-й сд.
После обострения советско-германских отношений и нарастания угрозы столкновения двух держав система базирования КБФ стала приобретать более оборонительный характер. Кроме внешнеполитических факторов, в наркомате ВМФ было решено, что будет целесообразнее сосредоточить оборону обоих берегов Ирбенского пролива и пролива Соэл в одних руках. Поэтому перед началом войны нарком ВМФ начал коренную реорганизацию системы базирования и береговой обороны КБФ в Прибалтике. В соответствии с принятым решением [52] БОБР расформировывался. Северный сектор БОБР передавался (кроме 44-й батареи) и переименовывался в Передовой сектор ГлВМБ. ЛибВМБ переводилась в разряд маневренной ВМБ. С управлением в Усть-Двинске формировалась Прибалтийская ВМБ (ПрибВМБ). Реорганизацию планировалось завершить к 30 июля 1941 года. Основными частями формируемой ПрибВМБ были: Береговая оборона Рижского залива и Либавская военно-морская база 2-го разряда.