Все эти организационные мероприятия, проведенные накануне войны, требовали значительных управленческих усилий. Управление БОРЗ одновременно руководило Эзельским сектором БО (береговые батареи и 10-я осапр). Кроме секторов БО, БОРЗ подчинялись переформируемый в 104-й задн – участок ПВО, 4-я орс, ДАРМ, управление коменданта Курессааре, военно-морской госпиталь, КЭЧ, военный трибунал и военная прокуратура БОРЗ. Отделению связи ПрибВМБ подчинялся участок СНиС – Курессааре. Островной гидрографический участок подчинялся гидрографическому району ПрибВМБ. 15-я оаэ подчинялась командующему ВВС КБФ. Перед войной на острова была передислоцирована 2-я рота ВНОС (в подчинении отдела связи КБФ) и отдельная химическая рота (в подчинении химического отдела КБФ). Комендант БОРЗ являлся лишь начальником гарнизона острова Сааремаа.
Кроме частей КБФ на Сааремаа находились части и соединения других наркоматов. От НКО это была 3-я отдельная стрелковая бригада. Она подчинялась командующему войсками 27-й армии и входила в состав ПрибОВО. От НКВД это были 10-й Курессаарский пограничный отряд и 11-я отдельная авиационная эскадрилья. Они входили в состав Прибалтийского пограничного округа и также подчинялись коменданту БОРЗ только как начальнику гарнизона.
Первыми подразделениями, прибывшими на острова во время войны, стали личный состав взорвавших свои береговые батареи 40-й и 46-й батарей и, вероятно, часть личного состава 193-й и 194-й железнодорожных батарей. С ними прибыли две роты 35-го оиб, строившие батареи в Курляндии. Из артиллеристов этих подразделений были сформированы и переданы в распоряжение БО ГлВМБ две трехорудийные батареи [76] . На базе подразделений 35-го оиб была сформирована для борьбы с десантом самокатная (велосипедная) рота. 27 июня с аэродрома Липово на аэродром Когула была передислоцирована 12-я окаэ (командир – майор Е. А. Кудрявцев) в составе 24 И-153. Затем в течение пяти дней 12-й аэ оперативно были подчинены группы Кожина и Нефедова из 5-й аэ 5-го иап (28 И-15бис). После эвакуации Вентспилса в состав БОРЗ вошел 2-й дивизион пограничных катеров (12 единиц) под командованием капитан-лейтенанта А. Д. Финочко. С 27 июня началась эвакуация Риги. Управление ПрибВМБ передислоцировалось в Рохукюла, ОЛС и 1-я бригада подводных лодок ушли в Таллин [77] . В ходе эвакуации на острова из Риги прибыл госпиталь (был объединен с госпиталем в Курессааре). В свою очередь с островов на восток, в Ленинградскую область, была отправлена 4-я отдельная аэродромно-строительная рота. Коменданту БОБР был вновь передан СУС на Хийумаа. На Сааремаа было сформировано шесть противокатерных батарей, имевших на вооружении 76-мм орудия.
Располагавшийся на островах 10-й ПО, передал оборону и охрану морского побережья подразделениям и частям 3-й осбр. На его базе был сформирован 10-й пограничный батальон НКВД Северо-Западного фронта. Он предназначался для борьбы с десантом противника и выступлениями эстонских националистов. В конце июня этот батальон был передислоцирован на материк, в район Выру. Часть командиров-пограничников была оставлена для развертывания 12-го истребительного батальона. В частности, командиром батальона был назначен капитан А. Г. Лошманов, заместителем по ПЧ (впоследствии комиссаром) политрук Н. А. Тесленко [78] . Базировавшаяся до начала войны на аэродроме Курессааре 11-я оаэ пограничников была включена в состав Красной армии и передислоцирована на аэродром Вехме, южнее Таллина. В дальнейшем эскадрилья понесла значительные потери при бомбардировке немецких войск в Даугавпилсе [79] .
Численность личного состава на начало июля 1941 года по докладам комендантов БОБР и СУС [80]
Таблица 2
Таблица 3
Основной задачей гарнизона Моонзундских островов в этот период было воспрепятствование морским перевозкам немцев в Рижском заливе, обеспечение действий в Балтике подводных лодок и совершенствование противодесантной обороны. Для этих целей были задействованы надводные корабли, подводные лодки, авиация, береговая артиллерия и 3-я отдельная стрелковая бригада. Управление советскими военно-морскими силами, действовавшими в районе Моонзундских островов, также изменялось. До 10 июля управление осуществляло созданное до войны командование Прибалтийской ВМБ. Ее командиру подчинялась: БОБР, военный порт Рохукюла, отряд торпедных катеров, Охрана водного района Моонзунда (ОВР), авиация, размещенная на островах [81] .
В начале июля управление ПрибВМБ было расформировано. Причины этого решения доложил наркому ВМФ находящийся в Таллине вице-адмирал И. С. Исаков: «С переходом на острова т [оварищей] Трайнина и Клевенского не удалось создать единства командования и здорового настроения по причинам известных свойств т. Клевенского. Пришлось по аналогии с Ганге [Ханко. – Авт. ] назначить Елисеева командующим обороны островов, а для управления приданными ТКА и ММ и провода ПЛ ПЛ – назначить Овчинникова. Остались не удел Трайнин и Клевенский. Прошу назначить т. Трайнина командующим ЛВФ [Ладожской военной флотилией. – Авт. ], а Клевенского заместителем НШ КБФ вместо Питерского…» [82]