Летом 1940 года под давлением СССР в Эстонии были начаты внутриполитические преобразования. Сначала после советского ультиматума президент Эстонии назначил просоветское правительство. Затем были проведены выборы в Государственную Думу Эстонии. Выбранные делегаты обратились с просьбой к Верховному Совету СССР о включении советской Эстонии в состав СССР. Эта просьба была удовлетворена в августе 1940 года. Одновременно происходило наращивание советских сил в Эстонии. Штаб КБФ в течение 15–16 июля несколькими эшелонами передислоцировался в Таллин. Здесь же была образована Главная база КБФ, комендант береговой обороны ГлВМБ КБФ размещался в Палдиски. С 10 сентября 1940 года из состава береговой обороны ГлВМБ КБФ была вновь выделена Береговая оборона Балтийского района (БОБР) с подчинением ее коменданта Военному Совету КБФ.
К концу сентября 1940 года система базирования и береговой обороны КБФ в советских республиках Прибалтики была следующей. В Таллине и Палдиски располагалась Главная база КБФ (ГлВМБ). В нее входила береговая оборона островов, прикрывающих подходы к Таллину: Найссаар и Аэгна, а также острова западнее Палдиски: Вяйке-Пакри и Суур-Пакри. В ГлВМБ располагались основные силы КБФ: штаб КБФ, эскадра, 2-я бригада подводных лодок. На Моонзундских островах располагалась Береговая оборона Балтийского района (БОБР). В Латвии — Либавская военно-морская база (ЛибВМБ). В состав ЛибВМБ входили военные порты, части береговой обороны и тыла ВМФ в Лиепае, Вентспилсе и Риге. В самой Лиепае базировался отряд легких сил (ОЛС) КБФ, управление 1-й бригады подводных лодок с 3-м и 4-м дивизионом подводных лодок. В Риге — 1-й и 2-й дн ПЛ 1-й бр ПЛ. Береговая оборона ЛибВМБ была предназначена для защиты морских портов и Ирбенского пролива с его южного берега.
Осенью 1940 года на острова прибыла 3-я отдельная стрелковая бригада. Первоначально она входила в состав КБФ, но затем в ноябре 1940 года была передана ПрибОВО. На острове Хийумаа с мая 1941 года на строительстве укреплений находилось два стрелковых батальона 16-й сд. На островах, также летом 1940 года, был развернут 10-й пограничный отряд, входивший в состав ПрибПО.
В НК ВМФ была введена должность заместителя начальника строительного управления (СУ) по вопросам базового и берегового строительства в Прибалтике, на которую был назначен Б. Л. Лившиц[26]. Для строительства береговой обороны на эстонском побережье был создан 1-й особый строительный отдел, начальник отдела — военинженер 1-го ранга А. И. Евстигнеев (в Латвии — 2-й особый строительный отдел, 3-й ОСО на Ханко). В подчинении 1-го ОСО были развернуты особые линейные строительства (ОЛС). Они располагались: в районе полуострова Пакри — ОЛС № 01; на островах Суур-Пакри и Вяйке-Пакри — ОЛС № 02; в Палдиски — ОЛС № 03; на острове Хийумаа — ОЛС № 04; на острове Сааремаа — ОЛС № 05. Для строительства сооружений в Прибалтике проводился особый призыв со специальным отбором, из него формировались четыре инженерных батальона: с 33-го по 36-й (35-й в Вентспилсе)[27].
Комендант БОБР, генерал-лейтенант А. Б. Елисеев
Таким образом, к началу июня 1941 года на Моонзундских островах находилось несколько частей и соединений НК ВМФ, НКО и НКВД. Самым крупным соединением КБФ был БОБР. В его составе была вся береговая артиллерия, ПВО, связь, саперы и госпиталь. Эти части, находящиеся на Сааремаа, напрямую подчинялись коменданту БОБР. Для руководства частями БОБР на Хийумаа был создан Северный укрепленный район во главе с комендантом. Он подчинялся коменданту БОБР. В декабре 1940 года первый комендант БОБР, генерал-майор береговой службы С. И. Кабанов, убыл на учебу. В его отсутствие обязанности коменданта исполнял начальник артиллерии БОБР капитан В. М. Харламов. В июне 1941 года комендантом БОБР был назначен генерал-майор береговой службы А. Б. Елисеев[28]. Список командного состава БОБР находится в приложении № 1.
26
27
28
Биография: 1887 г. р., с 1916 г. офицер военного времени, участник Первой мировой войны, с 1918 г. доброволец Красной Армии, летом 1920 г. временно исполнял должность военного комиссара Волжско-Каспийской флотилии РККФ и одновременно Красного Флота Советского Азербайджана. Во время Кронштадтского мятежа с 3 марта 1921 г. исполнял должность начальника Левого боевого участка Южной группы войск Финского залива. За участие в подавлении мятежа награжден 10 марта 1922 г. орденом Красного Знамени. С декабря 1926 г. обучался в Ленинграде на Курсах усовершенствования начальствующего состава при Военно-морской академии РККФ. В 1935 г. присвоено воинское звание «комдив». В 1936 г. награжден орденом Красной Звезды, в 1938 г. — медалью «XX лет РККА». С апреля 1938 по октябрь 1939 г. находился под следствием. Был освобожден. 04.06.1940 произведен в генерал-майоры береговой службы и в дальнейшем был назначен комендантом Укрепленного сектора береговой обороны Военно-Морской базы Ханко КБФ и одновременно временно исполняющим должность коменданта базы.