1995 год стал во многом переломным в судьбе Цымбурского. В любопытном документе, который нам еще предстоит не раз цитировать в настоящей статье, в Ходатайстве о замене предоставления полного текста диссертации научным докладом и возможности присуждения научной степени по совокупности работ ученого, поданном в ВАК от имени Диссертационного совета при Институте философии, говорится, что он «с конца 1980-х годов публикует, самостоятельно и в соавторстве, ряд работ по анализу геополитических проблем, по идеологии геополитики, а с 1995 г. полностью сосредоточил свои научные интересы в области теории и истории геополитики, как старший научный сотрудник сектора истории политической философии Института философии РАН». Здесь важно не только биографическое указание на переход Цымбурского в Институт философии на должность старшего научного сотрудника, совершившийся в 1995 году, но и разделение его геополитического творчества на две части: до 1995 года (когда автор «Острова Россия» преимущественно писал по «идеологии геополитики») и после 1995 года, когда он углубился в «теорию и историю геополитики». Очевидно, что это разделение, явно позаимствованное авторами Ходатайства И.К. Пантиным и Е.А. Самарской у самого диссертанта, отражает специфику восприятия самим мыслителем характера его собственной научной деятельности.
В 1993 – начале 1995 года Цымбурский воспринимает себя еще немного как политического игрока, потенциально способного своей концепцией «Острова Россия» повлиять на судьбы Отечества. Он надеялся и не раз в 1994 году открыто высказывал подобные надежды на то, что его «островная» теория станет идеологией постсоветской России и сможет примирить умных либералов и продвинутых консерваторов некоей не реваншистско-имперской, но вместе с тем и не западнической программой. Он ловил признаки внимания к своей концепции со стороны различных политических сил страны, радуясь всем одобрительным словам в адрес «Острова России». Вообще, 1994 год Цымбурский прожил на явном подъеме, исполненный надежд, которые, увы, так и не осуществились. В 1995 году к нему обратился с предложением о сотрудничестве в то время известный политик Василий Липицкий. Он проводил свою избирательную кампанию в Госдуму РФ по Новосибирску и по этой причине поддержал идею Цымбурского о «переносе столицы» в этот город, ближе к реальному географическому центру России, в место пересечения речных и железнодорожных коммуникаций Сибири. Цымбурский составил и подготовил к изданию летом 1995 года любопытный сборник материалов «Россия, Москва и альтернативная столица», посвященный дискуссиям о «перемене столицы», однако на этом не имевшем никакого продолжения в плане взаимодействия с Липицким эпизоде завершился для автора «Острова Россия» период политических ожиданий в целом. После разочарования в текущей политике Цымбурский решает сделать на основе своего, как он сам считал, еще вполне публицистического опуса 1993 года полноценную научную теорию и тем самым закрепить свое место в российской политологии.
Вот именно с этим переломом в судьбе Цымбурского и стоит связывать его переход в Институт философии РАН и начало работы над будущей докторской диссертацией, которая впоследствии получила название «Морфология российской геополитики и динамика международных систем XVIII-XX веков». Можно сказать, первым камнем в архитектонику будущей работы стала вышедшая в июньском номере журнала «Общественные науки и современность» за 1995 год статья «Тютчев как геополитик», впоследствии в несколько измененном виде вошедшая в 4 главу диссертации, посвященную «искусам Священного Союза». Цымбурский, комментируя в частной беседе замысел этой статьи, высказывал мысль о том, что хочет отнестись ко всей истории русской геополитики подобно тому, как психоаналитик относится к неврозам больного. Согласно его мнению, практически вся русская геополитика трех прошедших веков была заражена своеобразным обсессивным неврозом «похищения Европы», острой потребностью с помощью имперской экспансии устранить преграды между двумя цивилизациями. Статья о Тютчеве была отмечена обращением к глубинным психологическим мотивам геополитического воображения русских внешнеполитических теоретиков, их вытесняемым страхам перед изолированным существованием России.