Во время Крымской войны 1853–1856 гг. моряки Гвардейского экипажа находились на кораблях Балтийского флота, оборонявших Кронштадт.
В 1863 г., после начала очередного польского восстания, генерал– адмирал великий князь Константин Николаевич предложил создать на Висле флотилию из вооруженных мелкосидящих пароходов и гребно–парусных судов. Для комплектования флотилии личным составом предполагалось обойтись одной ротой Гвардейского экипажа 8 февраля 1863 г. 4–я рота Гвардейского экипажа под командованием капитан–лейтенанта К. Небольсина (5 офицеров, 20 унтер–офицеров, 165 нижних чинов) по железной дороге прибыла в Варшаву для создания флотилии на Висле. Для этого моряки приняли от инженерного ведомства две канонерские лодки, построенные еще в 1848 г. У местных жителей были реквизированы 12 шлюпок. Из С.–Петербурга по железной дороге привезли четыре 12–весельных катера, которые прибыли 26 февраля. Каждый катер имел на вооружении одну пушку. 15 марта флотилия начала свои действия на Висле, установив строгий надзор над рекой.
17 апреля в Варшаву пришел купленный в Германии пароход «Висла». В мае прибыли из С.–Петербурга в разобранном виде два парохода — «Буг» и «Нарев». Таким образом на реке сформировалась флотилия, оказывавшая существенную помощь в усмирении мятежа. Часть Гвардейского экипажа находилась в Варшаве и принимала участие в шести сухопутных экспедициях по усмирению восставших, причем при отряде находились десантные орудия. Отряд участвовал в кровопролитных стычках с противником.
14 октября на смену 4–й роте прибыла 3–я рота, под командованием капитан–лейтенанта Осетрова. К этому времени флотилия насчитывала 3 парохода, 2 канонерские лодки, 4 катера, 6 шлюпок и баржу.
7 июля 1864 г. главнокомандующий войсками в Царстве Польском, отметив улучшение политической ситуации, приказал флотилию упразднить, а 3–ю роту экипажа отправить в С.–Петербург. Сдав все суда флотилии, рота 28 ноября 1864 г. вернулась в С.–Петербург.
Накануне войны с Турцией 1877–1878 гг., в октябре 1876 г., когда стало ясно, что война неизбежна, главнокомандующий великий князь Николай Николаевич высказал пожелание иметь в своем распоряжении моряков для содействия операциям армии на Дунае. Поэтому в Гвардейском экипаже были подготовлены две роты под командованием лейтенантов Н.И. Скрыдлова и Ф.В. Дубасова, всего 340 человек, командовал полубатальоном капитан–лейтенант К.И. Тудер.
18 ноября 1876 г. полубатальон отправился на Днестр. Из С.–Петербурга доставили в Кишинев и далее на Днестр два быстроходных паровых катера — «Шутка» (наследника цесаревича — будущего императора Александра III) и «Мина», из Одессы 7 паровых катеров. «Шутку» и «Мину» моряки вооружили шестовыми минами. Всего на Дунай были перевезены 18 катеров, 8 шестерок, 5 ботов и 150 гальванических мин. С ними прибыли 26 офицеров и 436 нижних чинов Гвардейского экипажа.
С началом войны гвардейцы приступили к поставке минных заграждений на Дунае. 17 и 18 апреля 1877 г. были поставлены минные заграждения на Дунае у города Рении (устье реки Прут), с целью отрезать находившуюся выше него турецкую флотилию от низовьев Дуная и Черного моря. Попытки противника помешать постановкам мин были отбиты нашими береговыми батареями. 3 и 4 мая минные катера «Ксения», «Джигит», «Царевна» и 5 гребных шлюпок под огнем противника выставили в Мачинском рукаве Дуная две линии мин. 4 мая этот же отряд, для защиты города Браилов от бомбардировок турецкими судами, поставил выше города заграждение из 32 мин.
Турецкие суда сосредоточились в Мачинском рукаве Дуная. Лейтенанту Ф.В. Дубасову было поручено провести операцию по уничтожению судов противника. В ночь с 12 на 13 мая отряд в составе четырех минных катеров — «Цесаревич» (лейтенант Ф.В. Дубасов), «Ксения» (лейтенант А.П. Шестаков), «Джигит» (мичман Персии), «Джигит» (мичман М.Я. Баль) произвел рекогносцировку Мачинского рукава и обнаружил монитор, броненосную лодку и пароход турок. На следующую ночь —14 мая 1877 г. — катера атаковали турецкие суда. Катера «Цесаревич» (лейтенант Ф.В. Дубасов) и «Ксения» (лейтенант А.П. Шестаков) под огнем противника взорвали шестовыми минами турецкий монитор «Сейфи», который, получив две пробоины, затонул. Гвардейцы потерь не имели.