После начала военных действий моряки–гвардейцы вместе с войсками 1–й Западной армии отходили в глубь страны. С первого дня войны Гвардейский экипаж действовал как инженерно–понтонная часть. Основной задачей его стало исправление дорог, ремонт мостов и строительство новых мостов и переправ. Моряки построили мосты через реку Вилейка, по которым переправились отступающие 1–й и 2–й корпуса. Завершив строительство мостов, моряки охраняли их, а после переправы отступающих войск — уничтожали.
В районе Дрисского лагеря Гвардейским экипажем были построены четыре моста через Двину, затем мост через Днепр у Смоленска. Команды Гвардейского экипажа двигались в арьергарде, приводя в негодность дороги и переправы и уничтожая мосты после прохождения наших войск.
Во время Бородинского сражения Гвардейский экипаж в составе 5–го Гвардейского корпуса находился в резерве, и только несколько десятков матросов во главе с мичманом М.Н. Лермонтовым и артиллерийская команда экипажа приняли непосредственное участие в сражении. Село Бородино было занято 2–м батальоном Лейб–гвардии егерского полка. Для уничтожения моста через речку Колоча, в случае, если бы неприятель выбил егерей из Бородино, 25 августа были направлены 30 матросов с мичманом М.Н. Лермонтовым, которые подготовили мост к уничтожению. Утром 26 августа дивизия Дальсона атаковала Бородино. Егеря, потеряв половину личного состава, отошли по мосту, который начали было поджигать матросы, но по нему прорвался 106–й французский полк Барклай‑де–Толли, видя бедственное положение лейб–егерей, послал на помощь два полка. Прорвавшиеся французы почти все были уничтожены, а мост разрушен и сожжен под сильнейшим огнем неприятеля, при этом четыре матроса были убиты, а семь ранены. Своевременным уничтожением моста правый фланг нашей позиции был защищен от наступления французов.
Артиллерийская команда экипажа в начале боя в составе 1–й артиллерийской легкой гвардейской роты стояла между Преображенским и Семеновским полками. Во время атаки французов на редуты Багратиона она выдвинулась к селу Семеновское и картечным огнем отбивала атаки французской конницы и стреляла по французским батареям. Рота пробыла 4 часа под огнем 30–пушечной французской батареи и ушла с позиции, только когда атаки французов прекратились.
Несколько офицеров Гвардейского экипажа в тот день выполняли обязанности адъютантов при главнокомандующем.
При отступлении от Бородина Гвардейский экипаж шел в авангарде армии, исправляя мосты и переправы. 2 сентября экипаж вступил в Москву и взял под охрану мосты через Москву–реку и Яузу, по которым проходила армия, направляясь на Рязанскую дорогу. Нелегкая задача выпала на долю гвардейских моряков — удерживать порядок на переправах, так как вместе с войсками тысячи москвичей со своими пожитками старались по этим же мостам выбраться из Москвы. Когда все русские войска покинули город, мосты были сожжены. Вечером 4 сентября моряки подошли в Боровской переправе и на глазах у французских кавалеристов уничтожили мост, через который прошла наша армия, при этом были смертельно ранены три матроса.
Уничтожив Боровский мост, Гвардейский экипаж перешел к селу Красная Пахра, где участвовал в наведении понтонных мостов, по которым армия, следуя планам М.И. Кутузова, перешла на Калужскую дорогу. 20 сентября войска встали лагерем в районе села Тарутино. Гвардейский экипаж расположился в селе Овчинникове вблизи Большой Калужской дороги. Во время стоянки ежедневно проводились строевые учения и учебные стрельбы.
8 октября Наполеон выступил из Москвы. Узнав об этом, М.И. Кутузов приказал войскам немедленно двигаться к Малоярославцу. Около 10 часов утра 11 октября И.П. Карцов получил непосредственно от главнокомандующего приказание построить как можно скорее мосты через реку Протву у села Спас–Лыковщино, находящегося в 17 верстах от Овчинникова. Под проливным дождем, почти все время бегом, Гвардейский экипаж прибыл под Спас–Лыковщино.
Понимая важность возложенного поручения, матросы и офицеры работали без отдыха. Всего за 6 часов моряки построили три наплавных моста. Авангард русских войск — корпус генерала Д.С. Дохтурова, быстро переправившись вечером того же дня, на заре прибыл под Малоярославец и помешал французам закрепиться и устроить удобную переправу. На рассвете 12 октября начали переправляться основные силы русской армии. М.И. Кутузов находился на берегу между мостами и наблюдал за движением войск. Он беспокоился за прочность мостов — под тяжестью орудий настил иногда уходил под воду. Когда последняя часть сошла с моста, М.И. Кутузов, столь скупой на похвалы и одобрения, потребовал к себе командира экипажа и сказал ему: «Благодари от меня офицеров и матросов за их деятельность, а все‑таки, если бы что‑нибудь случилось ко вреду и задержанию войска на переправе, я велел бы тебя расстрелять…»