Очевидно, что главный начальник флота и Морского ведомства, великий князь Константин Николаевич, будучи одновременно и председателем Государственного Совета, не справлялся с обязанностями, налагаемыми на него двумя разными должностями. Уделяя основное внимание разнообразным делам, вносимым в Государственный Совет, он неизбежно отвлекался как от вопросов стратегии, всесторонней подготовки личного состава, развития военной техники, так и от повседневных нужд флота. С середины 1860-х годов Константин Николаевич перестал посещать заседания Адмиралтейств-совета, доверив председательство в нем, равно как всеподданнейшие доклады и значительную часть иных своих обязанностей, управляющему министерством. Вместе с тем, он продолжал распоряжаться ведомством, во многом основываясь на рекомендациях довольно узкого круга доверенных адмиралов, прежде всего А.А. Попова, которому часто принадлежала инициатива постановки тех или иных вопросов. При этом нередко утрачивалась взаимосвязь, последовательность и обоснованность решений. Такое положение наводило моряков на мысль о необходимости создания штабного органа, способного взять на себя некоторые функции генерал-адмирала, в первую очередь стратегическое планирование и организацию боевой подготовки. Более того, Морское ведомство в целом объективно нуждалось в обновлении.
Возможности для его радикального реформирования сложились с воцарением императора Александра III, сменившего верхушку ведомственного руководства. Главным деятелем при этом стал не новый генерал-адмирал, великий князь Алексей Александрович, а управляющий министерством, вице-адмирал И.А. Шестаков, перед которым были поставлены задачи существенного усиления флота и преобразования управленческих структур при одновременном упорядочении и сокращении расходов. Решались они в соответствии с положениями, выработанными особыми комиссиями, учитывавшими опыт подготовки аналогичных мер в предыдущий период. Проекты большинства реформ достаточно широко обсуждались моряками и в основном отвечали их пожеланиям, отрицательные же стороны некоторых, в первую очередь расхождение между замыслом и практикой применения закона о цензе и недостаточная оперативность единого хозяйственного учреждения, стали очевидными лишь впоследствии. Установившаяся при И.А. Шестакове организация министерства продержалась до Русско-японской войны, а восстановленный им принцип централизации управления сохранялся и позднее. Вместе с тем, организационными преобразованиями и введением такой формы боевой подготовки, как большие маневры, вплоть до 1885 года и ограничивались новации адмирала. Во всех остальных отношениях он являлся более или менее добросовестным и энергичным проводником мер, выработанных при его предшественнике, контр-адмирале А.А. Пещурове.
Как и следовало ожидать, со сменой царствования началась определенная смена приоритетов. Если при императоре Александре II, несмотря на официальные декларации, практических шагов по возрождению Черноморского флота не предпринималось, а все внимание было обращено на нужды Балтийского, и главным образом обеспечение предполагаемой крейсерской войны, то Александр III на первый план выдвинул задачу подготовки Босфорской экспедиции.
По мнению императора, ликвидация проблемы черноморских проливов более соответствовала государственным интересам, нежели другие направления морской политики. Однако созванное по его повелению Особое совещание министров 21 августа 1881 года в своих постановлениях хотя и подчеркнуло приоритетность развития сил на Черном море, но одновременно высказалось за сохранение и даже расширение задач флота на Балтике и в Тихом океане. Учитывая ограниченные экономические возможности России, слаборазвитость ее дальневосточной окраины, относительную географическую изоляцию морских театров, удаленность их друг от друга, усугубляемую недостатком путей сообщения, такой подход грозил безрезультатным распылением ресурсов. Тем не менее, рискованные решения, определявшие перспективные цели морской политики, были приняты. И.А. Шестакову оставалось приложить все усилия к скорейшей их реализации.
Настояв на выделении необходимых средств, адмирал положил начало возрождению Черноморского флота, созданию на Балтике броненосцев, способных бороться с германскими и совершать экспедиции к берегам Китая, а также продолжил строительство крейсеров. Следуя решениям заседавшей в конце 1881 года комиссии адмиралов под председательством Алексея Александровича, вполне соответствовавшим его собственным взглядам, управляющий отверг дальнейшее экспериментирование с «поповками» и, учитывая отсутствие у российских конструкторов достаточного опыта, потребовал при разработке новых проектов воспроизведения лучших отечественных и зарубежных прототипов. Однако И.А. Шестаков вскоре отошел от предписанного программой 1882 года числа судов, предназначавшихся для Черного и Балтийского морей, а также от первоначально предполагавшихся типов.
Рост водоизмещения броненосцев и других кораблей, закладывавшихся на верфях Севастополя, Николаева и Петербурга, стоимости их вооружения, брони, механизмов по сравнению с расчетными цифрами, увлечение миноносцами и быстроходными крейсерами в Англии, Франции, Германии, Италии, заставили управляющего в 1885 году изменить программу в духе теорий французской «молодой школы», с увеличением в ней минных сил за счет сокращения броненосных. Тем не менее, к 1889 году в постройке и строю находилось 64 новых корабля общим водоизмещением до 139 000 т — по тоннажу почти на 10 % больше, нежели планировалось, и втрое больше, нежели в семилетие 1875–1882 годов. Правда, многие крупные корабли, в основном из-за рассрочек в платежах, отставания поставок комплектующих частей и частых переделок, были введены в строй позднее намечавшихся сроков, рост же числа малых судов стал возможен лишь вследствие дополнительных ассигнований на нужды Черноморского флота, производившихся ради обеспечения Босфорской операции.
Планы ее проведения, обсуждавшиеся десятилетиями, приобрели близкую к окончательной форму в 1879–1882 годах Тогда же началась и предварительная подготовка, заключавшаяся в детальном изучении театра предстоявших военных действий и проверке осуществимости быстрой переброски и высадки войск. Осенью 1885 года, отчасти под впечатлением обострения отношений с Англией из-за границ Афганистана, но преимущественно ввиду изменившихся с объединением Болгарии перспектив решения Восточного вопроса, перед Военным и Морским министерствами была поставлена задача завершить подготовку в возможно короткие сроки. На следующий год армейцы заключили с РОПиТ контракт на перевозку войск, закупили необходимые материалы, моряки же заказали в Германии шесть миноносцев и приступили к спешному строительству шести канонерских лодок.
Однако так как окончание постройки лодок, наряду с броненосцами, задерживалось, да и результаты ежегодных учебных десантов оставляли желать лучшего, то не допускавший в этом деле риска И.А. Шестаков настоял на отсрочке операции до полной готовности, так при нем и не достигнутой. Между тем, возрождение Черноморского флота с одной стороны заставляло Турцию прислушиваться к пожеланиям России, с другой же — беспокоило султана и толкало его в объятия Тройственного союза. Более вероятным становилось и проникновение через проливы английской Средиземноморской эскадры, способной при содействии турок поставить Черное море под свой контроль.
Еще одним последствием Афганского кризиса стала попытка управляющего придать большее значение подготовке к борьбе с Англией крейсерами, базирующимися на Владивосток. Считая, что угроза крейсерской войны в Тихом океане может заставить англичан уступить России в интересующих ее внешнеполитических вопросах, он в 1886 году решил усилить Тихоокеанскую эскадру, финансовые же ограничения заставили его сделать это за счет упразднения отряда судов в Средиземном море, несмотря на сопротивление Министерства иностранных дел и диаметрально противоположные предложения контр-адмирала Н.И. Казнакова, доказывавшего большое значение крейсерства у Дарданелл и в Архипелаге. Составленный вслед за тем лейтенантом М.К. Истоминым план содействия Босфорской операции атаками английской эскадры и турецких войсковых транспортов миноносцами на подступах к Дарданеллам был в целом одобрен, но никаких мер к обеспечению его реализации в течение нескольких лет не принималось. В Средиземном море, к некоторому ущербу для внешней политики, остался единственный станционер.