2 октября 1941 года подводная лодка М-171 под командованием старшего лейтенанта В. Г. Старикова проникла в порт Лиинахамари, где атаковала торпедами два транспорта. При отходе подводная лодка попала в противолодочные сети и в течение двух часов, подвергаясь атакам глубинными бомбами, безуспешно пыталась их преодолеть. В отсеках не хватало кислорода, аккумуляторные батареи быстро разряжались. Командир принял смелое решение прорываться в надводном положении. Во избежание захвата подводной лодки противником было даже предусмотрено взорвать ее. Но в ходе начавшегося прилива на перископной глубине подводной лодке в конце концов удалось вырваться из сетей. За этот дерзкий подвиг и смелость командира наградили орденом Ленина, а остальных членов экипажа — орденами Красного Знамени и Красной Звезды.
С 1942 года на Северном флоте перешли к методу крейсерства подводных лодок в назначенном районе. Но новый метод мало чем отличался от предыдущего. Как и прежде, подводные лодки действовали одиночно, без взаимодействия и без сил обеспечения. Правда, районы их действия стали значительно большими. Чтобы облегчить поиск противника, подводным лодкам стали чаще сообщать данные разведки. Но пользы от них было мало, поскольку информация передавалась в темное время, когда лодка находилась либо на сеансе связи, либо на зарядке аккумуляторных батарей. Обнаруженные днем конвои уходили в другие районы и не всегда подводная лодка успевала выйти на их перехват.
В феврале 1943 года была предпринята попытка использовать подводные лодки в тактической группе. Две подводные лодки К-3 и К-22, вооруженные гидроакустическими приборами «Дракон» с каналом звукоподводной связи, вышли на совместный поиск конвоев в район между Варде и мысом Нордкин. Но при атаке конвоя, из-за ненадежности звукоподводной связи, лодки потеряли контакт друг с другом и больше его не восстанавливали. После этого К-3 возвратилась в базу, а К-22 из боевого похода не вернулась. Предполагают, что она подорвалась на мине.
С приближением полярного дня подводным лодкам после 10-12-часового боевого патрулирования в районах приходилось уходить на 30–40 миль от берега для зарядки аккумуляторных батарей. При этом большую часть пути подводные лодки преодолевали в подводном положении, расходуя запасы электроэнергии. В этих условиях в один район развертывались две-три подводные лодки, одна из которых находилась непосредственно в районе коммуникаций противника, другая заряжала аккумуляторные батареи, а третья находилась на маршруте перехода из района зарядки батареи к берегу. Смену лодок осуществляли по специальному графику. Если в 1941–1942 годах подводными лодками управлял штаб флота, то с начала 1943 года эта функция перешла к командованию бригадой.
Возросшее противодействие противолодочных сил противника привело к снижению эффективности подводных лодок и их большим потерям. Подводной лодке, во-первых, приходилось основную часть времени боевого патрулирования осуществлять поиск неприятельских судов и конвоев в зоне активной деятельности противолодочных сил противника, а, во-вторых, уходя в районы зарядки аккумуляторных батарей и возвращаясь обратно, форсировать минные заграждения противника. Причем за один боевой поход каждая подводная лодка форсировала минные заграждения по несколько раз, что, естественно, повышало вероятность подрыва. В феврале из боевого похода не вернулась К-22, в апреле — К-3, а в мае — М-122. Затем погибли М-106 и Щ-422. Особенно тяжелыми были последние три месяца 1943 года. Четвертая часть всех лодок, выходивших в море, не вернулась в Полярный. Наступил кризис. Требовались кардинальные меры по выходу из сложившегося положения. И они были найдены.
Был разработан так называемый метод «нависающей завесы», предполагавший развертывать подводные лодки в районы, находившиеся вне активной деятельности противолодочных сил противника и за пределами минных заграждений. В этих районах, которые как бы нависали над коммуникациями противника, подводные лодки находились на перископной глубине, что обеспечивало их скрытность, и ожидали информацию о движении судов и конвоев от сил и средств разведки. Но такой способ стал возможным благодаря установке на подводных лодках перископных антенн ВАН-ПЗ. Они позволяли принимать информацию не только с берегового командного пункта, но и непосредственно от самолета-разведчика. Сокращение времени прохождения информации позволяло выйти на перехват конвоя. Причем по одному и тому же конвою удар наносили несколько подводных лодок, каждая в своей зоне. Получалось как бы групповое их применение. Теперь подводным лодкам не так часто приходилось форсировать минное заграждение. Первая завеса подводных лодок действовала с 16 января по 5 февраля 1944 года. Всего же для действий этим методом до окончания войны подводные лодки развертывались восемь раз. В каждой завесе было по четыре-пять подводных лодок.