Примечательно, что в бою у острова Фидониси только два русских линейных корабля и два 50-пушечных фрегата имели артиллерию 36- и 24-фунтового калибра, соответствовавшую вооружению семнадцати линейных кораблей противника.
В реляции об этом бое Войнович приписал победу исключительно себе и получил за него орден Святого Георгия 3-й степени. Об Ушакове он даже не упомянул. Обиженный прежде всего за своих подчиненных, Ушаков изложил суть боя, минуя флагмана, прямо Потемкину. О действиях экипажей Ушаков писал следующее: «Я сам удивляюсь проворству и храбрости моих людей. Они стреляли в неприятельские корабли не часто и с такой сноровкой, что, казалось, каждый учится стрелять по цели, сноравливая, чтобы не потерять свой выстрел. Прошу наградить команду, ибо всякая их ко мне доверенность совершает мои успехи; равно и в прошедшую кампанию, одна только их ко мне доверенность спасла мой корабль от потопа, когда штормом носило его по морю». Ушаков просил наградить орденом Святого Георгия 4-й степени командиров «Берислава» и «Стрелы» капитан-лейтенантов Федора Шишмарева и Ивана Лаврова, а также унтер-лейтената Ивана Копытова со «Святого Павла».
В целом бой у острова Фидониси не оказал особого влияния на ход кампании 1788 года, однако сыграл положительную роль в истории флота: это была первая победа русского флота на Черном море, здесь раскрылся флотоводческий талант Федора Федоровича Ушакова.
Вскоре Потемкин решил убрать Войновича из-за его нерешительности. К моменту кампании 1789 года Потемкин отправил Мордвинова в отпуск, Войновича назначил на его место, а Севастопольскую эскадру отдал в подчинение получившему чин контр-адмирала Ушакову, ставшему кавалером ордена Святого Владимира 3-й степени.
В турецком флоте тоже произошли изменения в командном составе. Гассан-пашу отстранили от управления флотом и отправили командовать сухопутными войсками, а вместо него назначили молодого, решительного, но неопытного Гуссейна-пашу. Он воспитывался вместе с новым турецким султаном Селимом III, который, прийдя к власти, назначил Гуссейна капудан-пашой и выдал за него замуж свою сестру.
Однако главные события в этом году происходили на суше. Вместе с австрийцами Суворов разбил турок при Фокшанах, затем одержал знаменитую победу при Рымнике и взял Хаджибей. Потемкин взял Кишинев, Аккерман и Бендеры.
Кампания 1790 года, как и предыдущая, началась с перестановок высшего командного состава. В конце концов Потемкин отправил Войновича командовать Каспийской флотилией. Теперь Ушаков возглавлял флот и командовал Севастопольской эскадрой. Считая, что Россия, ослабленная войной со Швецией, не сможет защитить Крым, Селим III приказал Гуссейну возвратить этот полуостров Турции. На подготовку к экспедиции турки средств не жалели.
Когда в Севастополе узнали, что у Кавказского побережья появился турецкий флот, эскадра Ушакова сразу вышла в море. В ее составе было пять линейных кораблей, десять фрегатов и семнадцать мелких судов. В турецком флоте насчитывалось десять линейных кораблей, восемь фрегатов и 36 мелких судов. Вскоре Ушакову стало известно, что неприятель направляется к Керченскому проливу. Он поставил свою эскадру на якорь вблизи Бугазской протоки. Дымка слегка закрывала горизонт и, естественно, маскировала корабли. 8 июля около десяти часов утра показался неприятельский флот. Быстро снявшись с якоря, Ушаков построил эскадру в линию баталии и пошел на сближение. Гуссейн-паша выполнил примерно такой же маневр, причем против русского авангарда выделил самые мощные корабли, в промежутках между крупными кораблями поставил более мелкие.
Около полудня оба флота, сблизившись на дистанцию артиллерийского огня, некоторое время шли параллельными курсами, как бы примериваясь друг к другу. Напряжение возрастало. Наконец, турки не выдержали и пошли в атаку. Массу огня они обрушили на русский авангард, однако атака не удалась. Командующий авангардом бригадир Г.К. Голенкин искусно отразил нападение: подпустив противника на пистолетный выстрел, он открыл мощнейший огонь, чем вызвал у врага замешательство. Ушаков же, сомкнув как можно плотнее крупные линейные корабли и выделив фрегаты в отдельный отряд, пошел на помощь своему авангарду. Этим маневром он разделил неприятельскую эскадру. Около трех часов дня изменившийся ветер позволил Ушакову сблизиться на дистанцию пистолетного выстрела.