Учитывая характер театра военных действий на Балтике, Петр строил одновременно корабельный (парусный) и галерный (гребной) флоты. Первый предназначался для ведения боевых действий в открытом море, а второй — для действий в прибрежных районах и в шхерах. К началу кампании 1714 года ему удалось создать сильнейший на Балтике галерный флот, которого в те годы не имела ни одна держава. В его составе было 99 полугалер и скампавей. Строили эти суда на Галерной верфи в Петербурге под руководством галерного мастера Ю.А. Русинова.
Это были плоскодонные суда (осадка с грузом самой крупной 20-баночной галеры составляла всего 1,52 метра) с длинным узким корпусом, имевшие небольшую высоту надводного борта. Впереди выступал напоминавший таран шпирон. За шпироном в носовой части размещался достаточно просторный помост, на котором устанавливались орудия. В диаметральной плоскости находилась 6-фунтовая пушка, называвшаяся куршейной. Справа и слева от куршейной пушки размещались по два 3-фунтовых орудия и по четыре 2-фунтовых баса.
Абордажные команды имели на вооружении ручное огнестрельное и холодное оружие: фузеи со штыками, пистолеты, шпаги, палаши, копья, алебарды, полупики. Команда была вооружена мушкетонами, пистолетами, палашами и абордажными топорами.
Вдоль всего корпуса по диаметральной плоскости над банками возвышался помост, называвшийся куршеей. Это была своего рода дорожка, по которой солдаты абордажной команды могли быстро перебегать с кормовой части в носовую, и наоборот. Куршея прикрывалась смолёными брезентовыми навесами.
В кормовой части размещалась обтянутая брезентом каюта капитана. На случай абордажа гребные суда имели длинные деревянные сходни или мостики с набитыми на них ступеньками. Они напоминали ворон, впервые примененный римлянами в Липарском сражении в 260 году до н. э.
Полугалеры вмещали до 300, а скампавеи — до 150 человек. Эти суда имели по две мачты с косыми (треугольными) парусами. Конструктивные особенности таких судов позволяли действовать на мелководье практически в любом районе Балтийского моря. Суда отличались высокой маневренностью и сильным артиллерийским вооружением. Их слабой стороной, пожалуй, была только невысокая мореходность. При сильном волнении их заливало водой.
Кроме военных судов было построено множество провиантских — своего рода плавучий тыл. Командирами на эти суда назначались стольники, в том числе члены княжеских фамилий: Голицыны, Оболенские и Волконские.
9 мая 1714 года галерный флот оставил Петербург и направился к Котлину. Его командиром был генерал-адмирал Федор Матвеевич Апраксин. Весь галерный флот делился на три эскадры (по 33 судна в каждой): авангард, кордебаталию и арьергард. В свою очередь каждая эскадра делилась на три равные дивизии. Авангардом командовал корабельный шаутбенахт Петр Михайлов, то есть царь, а арьергардом должен был командовать галерный шаутбенахт И.Ф. Боцис, но он скончался на борту галеры в ночь перед выходом. Царский судовой штандарт подняли на галере «Святая Наталья».
Федор Матвеевич Апраксин — ближайший сподвижник Петра I в 1693 году был назначен двинским воеводой и губернатором Архангельска, где наблюдал за постройкой в Соломбале первого казенного торгового корабля. В 1696 году он участвовал во втором Азовском походе, а в 1699 году — в Керченском. В 1700 году царь назначил его во главе Адмиралтейского приказа, ведавшего снабжением и строительством флота. В 1707 году Апраксин получил чин адмирала и стал президентом адмиралтейств, а со следующего года начал получать генерал-адмиральское жалование в 7 тысяч рублей в год и подписываться генерал-адмиралом. Таким образом, Апраксин явился первым в России генерал-адмиралом. За всю историю флота это высшее звание носили шесть человек: графы Ф.М. Апраксин и А.И. Остерман, князь М.М. Голицын, император Павел I, великие князья Константин Николаевич и Алексей Александрович. В 1710 году за взятие Выборга Петр наградил Апраксина орденом Святого Апостола Андрея Первозванного и золотой шпагой, украшенной бриллиантами. А в 1717 году его назначили первым президентом Адмиралтейств-коллегии. По случаю победы в Северной войне и подписания Ништадтского мира Апраксин пожалован кейзер-флагом, который он впервые поднял в 1722 году во время Персидского похода Петра I.
Корабельный флот сосредоточили в Кронштадте. В его составе находилось девять линейных кораблей, пять фрегатов и четыре шнявы, имевшие более 600 пушек. Затем в Ревель прибыли купленные в Англии и Голландии и построенные в Архангельске суда. Численность Котлинской эскадры была доведена до шестнадцати линейных кораблей, восьми фрегатов и шняв. Число пушек превысило тысячу стволов, а экипажей — семь тысяч человек. Командовал этим флотом находившийся недавно под судом капитан-командор Вейнбрант Шельтинг. В 1704 году его приняли на русскую службу из голландского флота с чином капитана. В 1713 году он, будучи капитан-командором, командовал кораблем «Выборг». Во время погони за неприятельскими крейсерами его корабль выскочил на камни и затем был сожжен. За это Шельтинга по суду понизили в чине: он стал младшим капитаном.