Примечательно, что в бою у острова Фидониси только два русских линейных корабля и два 50-пушечных фрегата имели артиллерию 36- и 24-фунтового калибра, соответствовавшую вооружению семнадцати линейных кораблей противника.
В реляции об этом бое Войнович приписал победу исключительно себе и получил за него орден Святого Георгия 3-й степени. Об Ушакове он даже не упомянул. Обиженный прежде всего за своих подчиненных, Ушаков изложил суть боя, минуя флагмана, прямо Потемкину. О действиях экипажей Ушаков писал следующее: «Я сам удивляюсь проворству и храбрости моих людей. Они стреляли в неприятельские корабли не часто и с такой сноровкой, что, казалось, каждый учится стрелять по цели, сноравливая, чтобы не потерять свой выстрел. Прошу наградить команду, ибо всякая их ко мне доверенность совершает мои успехи; равно и в прошедшую кампанию, одна только их ко мне доверенность спасла мой корабль от потопа, когда штормом носило его по морю». Ушаков просил наградить орденом Святого Георгия 4-й степени командиров «Берислава» и «Стрелы» капитан-лейтенантов Федора Шишмарева и Ивана Лаврова, а также унтер-лейтената Ивана Копытова со «Святого Павла».
В целом бой у острова Фидониси не оказал особого влияния на ход кампании 1788 года, однако сыграл положительную роль в истории флота: это была первая победа русского флота на Черном море, здесь раскрылся флотоводческий талант Федора Федоровича Ушакова.
Вскоре Потемкин решил убрать Войновича из-за его нерешительности. К моменту кампании 1789 года Потемкин отправил Мордвинова в отпуск, Войновича назначил на его место, а Севастопольскую эскадру отдал в подчинение получившему чин контр-адмирала Ушакову, ставшему кавалером ордена Святого Владимира 3-й степени.
В турецком флоте тоже произошли изменения в командном составе. Гассан-пашу отстранили от управления флотом и отправили командовать сухопутными войсками, а вместо него назначили молодого, решительного, но неопытного Гуссейна-пашу. Он воспитывался вместе с новым турецким султаном Селимом III, который, прийдя к власти, назначил Гуссейна капудан-пашой и выдал за него замуж свою сестру.
Однако главные события в этом году происходили на суше. Вместе с австрийцами Суворов разбил турок при Фокшанах, затем одержал знаменитую победу при Рымнике и взял Хаджибей. Потемкин взял Кишинев, Аккерман и Бендеры.
Кампания 1790 года, как и предыдущая, началась с перестановок высшего командного состава. В конце концов Потемкин отправил Войновича командовать Каспийской флотилией. Теперь Ушаков возглавлял флот и командовал Севастопольской эскадрой. Считая, что Россия, ослабленная войной со Швецией, не сможет защитить Крым, Селим III приказал Гуссейну возвратить этот полуостров Турции. На подготовку к экспедиции турки средств не жалели.
Когда в Севастополе узнали, что у Кавказского побережья появился турецкий флот, эскадра Ушакова сразу вышла в море. В ее составе было пять линейных кораблей, десять фрегатов и семнадцать мелких судов. В турецком флоте насчитывалось десять линейных кораблей, восемь фрегатов и 36 мелких судов. Вскоре Ушакову стало известно, что неприятель направляется к Керченскому проливу. Он поставил свою эскадру на якорь вблизи Бугазской протоки. Дымка слегка закрывала горизонт и, естественно, маскировала корабли. 8 июля около десяти часов утра показался неприятельский флот. Быстро снявшись с якоря, Ушаков построил эскадру в линию баталии и пошел на сближение. Гуссейн-паша выполнил примерно такой же маневр, причем против русского авангарда выделил самые мощные корабли, в промежутках между крупными кораблями поставил более мелкие.
Около полудня оба флота, сблизившись на дистанцию артиллерийского огня, некоторое время шли параллельными курсами, как бы примериваясь друг к другу. Напряжение возрастало. Наконец, турки не выдержали и пошли в атаку. Массу огня они обрушили на русский авангард, однако атака не удалась. Командующий авангардом бригадир Г.К. Голенкин искусно отразил нападение: подпустив противника на пистолетный выстрел, он открыл мощнейший огонь, чем вызвал у врага замешательство. Ушаков же, сомкнув как можно плотнее крупные линейные корабли и выделив фрегаты в отдельный отряд, пошел на помощь своему авангарду. Этим маневром он разделил неприятельскую эскадру. Около трех часов дня изменившийся ветер позволил Ушакову сблизиться на дистанцию пистолетного выстрела.
В сражение была введена не только крупная, но и вся мелкая артиллерия. Превосходство русской артиллерии было очевидным. Русские фрегаты на равных дрались с 80-пушечными линейными кораблями. Сосредоточенный и прицельный огонь наносил большие разрушения неприятельскому флоту, засыпая палубу обломками мачт и рей. Не давая ему опомниться, Ушаков вышел из линии баталии и почти вплотную сблизился с кораблем Гуссейна-паши, угрожая ему абордажем. Не выдержав натиска, турецкие корабли начали отходить, и вскоре отступление стало общим. И снова превосходство в скорости спасло турецкие корабли от полного разгрома. К шести часам вечера преследование уходивших турецких кораблей прекратилось, а вскоре противник потерялся из вида.
Первая попытка противника развернуть наступление на Крым со стороны Кавказа была успешно отражена. Центр тяжести вновь сместился к северо-западной части Черного моря.
За Керченское сражение Ушаков был награжден орденом Святого Владимира 2-й степени, а капитаны 1 ранга Кумани, Шатилов, Вильсон, Заостровский, Языков, Обольянинов, Ельчанинов, Поскочин и капитан 2 ранга Данилов получили ордена Святого Владимира 4-й степени за храбрость.
О Керченском сражении Ушаков писал Дерибасу следующее:
«Милостивый Государь, Иосиф Михайлович!
Имею честь уведомить Вас, Милостивый Государь, что 8 числа сего месяца имел я против устья Еникольскаго пролива и реки Кубани жестокое сражение с Турецким неприятельским флотом, состоявшим в 10 отборных из лучших кораблей, 8 фрегатов и 36 разных судов: бомбардирских, шебек, бригантин, шаитий, лансонов и кирлангичей. По продолжении пяти часов жестокаго боя неприятель весьма разбит; три корабля и многие другие защитою всего их флота едва спасены от наших рук и никак бы увести их не могли, да и прочие подверглись бы неминуемому разбитию от нашего флота, если бы не укрыла их из нашего виду темнота ночная, при которой все они спаслись бегством, но не знаю, куды путь свой взяли: в Синоп или к Румелийским берегам. Наш урон не велик: убитых разных чинов 29 и раненых 68 человек, а на неприятельском флоте урону должно быть чрезвычайному.
Корабль „Рождество Христово“.
1790 года Июля 10 дня. Близ Феодосии».
Усиленный турецкий флот снова вышел в море. На этот раз к молодому капудан-паше Гуссейну приставили престарелого советника капитан-бея, или полного адмирала, Саит-Бея. Имея в своем составе четырнадцать линейных кораблей, восемь фрегатов и четырнадцать мелких судов, он расположился между Гаджибеем и Тендровской косой, перекрывая пути подхода Севастопольской эскадры для соединения с Лиманской эскадрой.
25 августа в море вышла эскадра Ушакова. В ее составе было пять линейных кораблей, одиннадцать фрегатов и двадцать мелких судов. Рано утром эта эскадра совершенно неожиданно появилась перед беспечно стоявшим на якоре турецким флотом. Не теряя времени на перестроение в боевой порядок, прибавив парусов, русские суда начали сближаться с неприятелем. Турки в суматохе стали рубить якорные канаты и, подняв паруса, в беспорядке отходить в сторону Дуная. Часть турецких кораблей все же удалось отрезать. Капудан-паша пошел им на выручку. Ушаков всю мощь орудий своих кораблей обрушил на флагманский корабль неприятеля. Более часа шла интенсивная перестрелка. Неожиданно Ушаков ввел в сражение еще три фрегата, которые и решили исход боя.
Как и в сражении при Керченском проливе, противник обратился в бегство. Не давая ему опомниться, поставив все паруса, русские корабли врезались в самую гущу неприятельского флота и стали его громить с обоих бортов. Преследование продолжалось до позднего вечера. «Флот наш, — записано в шканечном журнале Ушакова, — гнал неприятеля под всеми парусами и бил его беспрестанно. Во время сего сражения более всех разбиты неприятельский авангард, передовые корабли кордебаталии, из которых весьма потерпели адмиральский и капудан-паши корабли и бывшие близ оных…».