В 12 часов 42 минуты с дистанции около 600 метров Шмидт выпустил по МО-105 из носового торпедного аппарата торпеду G7e. Она попала прямо в середину катера. От взрыва мгновенно погиб и малый охотник, и почти весь его экипаж; два человека получили ранения, а семерых взрывной волной выбросило за борт.
Гибель малого охотника МО-105 видели как с финского берега, так и с наблюдательного поста на острове Руонти. О потоплении катера немедленно доложили в штаб дивизиона малых охотников в Койвисто и одновременно выслали в этот район катер, который спас оставшихся в живых моряков.
В 13 часов 30 минут по тревоге на поиск вражеской подводной лодки вышел малый охотник МО-103 под командованием гвардии старшего лейтенанта Александра Петровича Коленко. Он решил, что, поскольку немецкая субмарина себя демаскировала, ее командир попытается покинуть Выборгский залив и уйти в море на большие глубины, поэтому начал поиск со стороны моря.
Следуя переменными галсами, с помощью гидроакустики катер прощупывал залив метр за метром, стараясь загнать лодку на мелководье. План Коленко удался: U-250 оказалась в западне. С моря ее ожидал советский катер, а со стороны берега — камни и мелководье. Шмидт подошел поближе к берегу и на глубине чуть более 30 метров положил лодку на грунт. В интересах скрытности на лодке выключили почти все механизмы: в отсеках тускло горели лампы аварийного освещения. Вскоре стало трудно дышать, так как заканчивался запас воздуха. К тому же истекал срок очередной зарядки аккумуляторных батарей. Но время работало на Шмидта: чем ближе к вечеру, тем больше шансов на спасение. С наступлением сумерек лодка оторвалась от грунта и на самом малом ходу стала уходить на северо-запад. Может быть, Шмидту и удалось бы вырваться из Выборгского залива, если бы совершенно случайно лодку не обнаружили с катерного тральщика. В 19 часов, выбрасывая за борт мусор, радист катера старший матрос Николай Бондарь прямо под катером увидел контур субмарины. Он немедленно доложил о подводной лодке командиру катера главному старшине В. Павлову, который сразу же объявил боевую тревогу и выпустил несколько белых ракет в сторону малого охотника.
Позже Николай Бондарь вспоминал: «Когда мы подошли к месту обнаружения, все, кто находился на верхней палубе, увидели на небольшом углублении грязно-серую рубку подводной лодки, а затем и весь ее сигарообразный корпус. Она то ложилась на грунт, то снова шла вперед. Такого мне наблюдать еще не приходилось. Катер в буквальном смысле слова завис над ней».
Бывший командир U-250 об этом эпизоде рассказывал так: «Приближающиеся катерные тральщики я принял за морских охотников. Мне пришлось отказаться от попытки атаки из-за их переменного курса. После потопления МО-105 на самом малом ходу и при осторожном пользовании перископом я вышел на середину фарватера с целью установить возможное передвижение судов в связи с ожидаемым десантом. С этого момента мне стало ясно, что началась погоня. Началась более чем через шесть часов после потопления МО-105».
В 19 часов 2 минуты Коленко увидел выпущенные с тральщика ракеты — условный сигнал об обнаружении подводной лодки. До тральщика было около трех миль. Увеличив ход до максимального, МО-103 устремился в район обнаружения субмарины, а через 7 минут он установил с ней надежный гидроакустический контакт. Прозвучала команда: «Атака подводной лодки глубинными бомбами! Большую серию глубинных бомб приготовить! Глубина взрыва 15 метров!» Катер лег на боевой курс. По команде: «Бомбы товсь! Первая пошла!» за борт полетели глубинные бомбы. В первой серии минеры А. Куприянов и А. Горский сбросили две большие и три малые глубинные бомбы. Мощные взрывы подняли столб воды. Подводная лодка получила повреждения, правда незначительные. Она продолжала уходить тем же курсом, но пузырчатый след, выходивший на поверхность, выдавал ее место нахождения.
МО-103 развернулся и снова вышел в точку сброса бомб. На этот раз за борт сбросили пять больших глубинных бомб. Над морем поднялся столб воды и черного дыма, а на месте взрыва началось бурное выделение воздуха. На поверхность всплыли деревянные предметы, обмундирование. Выливающееся из поврежденных цистерн топливо разлилось огромным масляным пятном. Затем, к большому удивлению катерников, один за другим на поверхность всплыли шесть человек: все были живы.
Много лет спустя Вернер Карл Шмидт оставил такую запись: «…меня точно обнаружили. Я попытался опять вывести подлодку из узкого и мелкого пролива самым малым ходом над грунтом в северном направлении. Вскоре сбросили первые серии глубинных бомб, была повреждена носовая часть подлодки. Правда, поломки смогли быстро устранить. Но, очевидно, стал виден масляный след, так как глубинные бомбы впоследствии имели довольно-таки точные попадания… Удар, уничтоживший лодку, произошел после соприкосновения с грунтом в одном из мелких мест (18 метров) при нашей попытке освободиться задним ходом. Очевидно, я застрял на юго-восточном краю мели, находящейся перед проливом…».
От взрыва большой глубинной бомбы на лодке вышли из строя главные двигатели, погас свет, в отсеки начала поступать вода. В живых остались только шесть человек во главе с командиром лодки Шмидтом. Все они находились в центральном посту.
Командир катера МО-103 Александр Коленко о потоплении подводной лодки U-250 писал: «На поверхности вода сильно бурлила от выходившего из подводной лодки воздуха. Казалось, там продували балластные цистерны и готовились всплыть. У меня артиллерийское вооружение по сравнению с U-250 было более слабым. Но я думал только про то, что или она меня, или я ее уничтожу. Перед глазами стояли ребята с погибшего МО-105.
Для страховки решил сбросить еще одну глубинную бомбу с установкой взрывателя на глубину 15 метров. Сделав две циркуляции вокруг расползавшегося масляного пятна, я дал команду. Бомба пошла вниз. Но, видимо, попав в корпус лодки на небольшой глубине, она соскользнула и взорвалась у борта. Потом я видел эту пробоину в районе дизелей. Они от взрыва были брошены друг на друга. По правому борту также имелась пробоина размером около тридцати квадратных метров».
Бывший трюмный машинист U-250 ефрейтор Рудольф Чарнке рассказывал следующее: «Моим вахтенным постом на U-250 являлся центральный отсек, где я должен был обслуживать дифферентовочное устройство. А именно: в соответствии с данными унтер-офицера машиниста я обеспечивал дифферентовку, прием балласта и продувку цистерн.
В момент сброса глубинных бомб русским сторожевым катером я как раз дежурил в центральном отсеке. Первая серия из пяти глубинных бомб в нашу подлодку не попала, в то время как вторая, опять же состоявшая из пяти бомб, опустилась ближе к корпусу лодки, вызвала сильные сотрясения внутри нее и незначительные повреждения корпуса. Последняя большая глубинная бомба, попавшая прямо в корпус, вывела, очевидно, из строя все машинное отделение и находящиеся там установки. Лодка потеряла плавучесть, свет погас, и произошел сильный прорыв воды. Команда надела спасательные жилеты.
Старшие штурманы Гюнтер Ридель и Германн-Хайнрих Дирк открыли рубочный люк. Переборки с граничащими отсеками были открыты. Вода сильным потоком прорвалась в центральный отсек. Ее становилось все больше. Через несколько секунд вода доставала мне уже до груди. Тогда я залез в рубку, стал за перископ. И стал время от времени проверять рукой, насколько сильна струя льющейся через люк воды, для того чтобы при случае поднырнуть к выходу. Как только давление более или менее выровнялось и уменьшилась сила льющейся в подлодку воды, мне удалось вынырнуть из воздушного пузыря вниз. Вернее, из воздушной подушки, имеющей давление уже приблизительно в три атмосферы. Я выбрался через комингс наверх, то есть с 30-метровой глубины на поверхность воды. Когда я вынырнул, вылившееся масло сразу же залепило глаза и склеило волосы, так что я абсолютно не заметил, как русские моряки выловили меня из воды».