По замыслу Никонова «потаенное судно Морель» должно было скрытно доставлять водолаза-диверсанта к вражескому кораблю, после чего водолаз выходил из подводного судна и особыми инструментами разрушал днище корабля или же прикреплял к его корпусу пороховой подрывной снаряд-бочонок Таким образом, Ефим Никонов первым выдвинул идею доставки водолаза к цели на подводной лодке с последующим выходом его из нее в подводном положении через шлюзовую камеру для проведения диверсии. Более того, он предложил также схему индивидуального водолазного снаряжения, состоящего из кожаного костюма и головного шлема в виде жесткого, обтянутого кожей бочонка со стеклянным окошком для обозрения. Сохранились рисунки и описания снаряжения, сделанные самим изобретателем: «для ходу на воде надлежит сделать на каждого человека из юхновых кож по два камзола со штанами да и на голову по обшитому или по обивному деревянному бочонку, на котором сделать против глаз окошки и обить его свинцом с лошадиными волосами, сверх того привязать будет для груза по пропорции свинец или песок».
Осенью 1724 года в Санкт-Петербурге на Галерном дворе в присутствии Петра I состоялся спуск на воду «потаенного судна» — первой Российской подводной лодки, и сразу же начались ее испытания. При одном из погружений было серьезно повреждено деревянное днище подлодки, вода стала проникать внутрь корпуса, и подлодку пришлось вытащить на берег. Император велел исправить повреждения, чтобы затем продолжить испытания. Однако ремонт подлодки затянулся. А между тем, в январе 1725 года последовала внезапная смерть Петра I, и интерес к изобретателю-самоучке сразу снизился. Как бы по инерции эксперименты с подлодкой еще какое-то время продолжались, но из-за невозможности добиться герметичности работы над «потаенным судном» в 1727 году были окончательно прекращены. Настойчивые попытки Никонова добиться разрешения и средств на продолжения работ по совершенствованию своего детища навлекли на него гнев и опалу царских вельмож. Его разжаловали из мастеров в простые «адмиралтейские работники» и сослали на верфь города Астрахани, где он и умер. Подводная лодка же еще многие годы в тайне хранилась в закрытом складе, пока не истлела.
Подобные неудачи сменялись успехами. В разных странах появлялись новые изобретатели. Смелые идеи и интереснейшие по замыслу проекты пионеров подводного кораблестроения Корнелиса ван Дреббеля, Ефима Прокофьевича Никонова, Дэвида Бушнелла, Хорэса Ханли, Роберта Фултона, Карла Андреевича Шильдера, Вильгельма Бауэра, Ивана Федоровича Александровского, Степана Карловича Джевецкого и других изобретателей имели большое значение для развития небольших подводных диверсионных средств движения и транспортировки. Эти же изобретатели определили ключевые методы и тактику использования сверхмалых подлодок и других подводных носителей в диверсионных и специальных операциях. К сожалению, в последующие годы разработчиков охватила гигантомания, и проектирование недорогих, но эффективных малых подлодок для диверсионных целей было практически прекращено. Методы тайных операций с использованием подводных средств также были на время незаслуженно забыты. Разведывательные службы военно-морских сил некоторых стран вспомнят о них лишь после начала Первой мировой войны.
Проект же водолазного костюма Ефима Никонова, содержащий основные элементы вентилируемого водолазного снаряжения, не был забыт. Спустя 110 лет, в 1829 году в Кронштадте Российский механик и изобретатель Гаузен усовершенствовал изобретение Никонова и довел его до промышленных образцов, получивших мировое признание. Водолазное снаряжение Гаузена состояло из металлического шлема, водонепроницаемой рубахи и грузов. По шлангу в шлем подавался сжатый воздух. Снаряжение Гаузена явилось прототипом современного вентилируемого водолазного снаряжения и названо водолазным скафандром. Позже, после очередного усовершенствования, водолазное снаряжение Гаузена успешно применялось в русском военном флоте при подводных инженерных и аварийно-спасательных работах.
В XVIII веке в России были также начаты разработки научных основ физиологии водолазного труда. Так, в 1729 году в газете «Санкт-Петербургские ведомости» (издание при Петербургской академии наук) был опубликован выдающийся научный трактат «о водолазах», в котором не только намечались пути развития водолазного дела, но и ставились задачи по изучению физиологических явлений, связанных с длительным пребыванием человека под водой.