В марте 1923 года, вскоре после визита Языкова, было принято официальное решение об организации специальной подводной экспедиции по поиску золота «Принца». Ее и назвали ЭПРОН. А первым руководителем Экспедиции подводных работ особого назначения (ЭПРОН) ОГПУ стал Лев Николаевич Захаров-Мейер (1899–1937). Для поисковых работ был изготовлен подводный аппарат — гидростат, что значит «стоящий в воде». В районе поиска тральщики промерили глубины и разбили акваторию на квадраты. Каждый день небольшой катер доставлял гидростат к очередной точке погружения. Время шло, затраты росли, но среди многочисленных обломков разных кораблей следы «Черного принца» никак не выявлялись. Наконец эпроновцы обнаружили разбитый корабль, который, по некоторым находкам, идентифицировали как «Принц», но никакого золота на нем не обнаружили.
Опыт подводных работ Экспедиции не пропал даром. Поиски золота положили начало большой и очень важной работе ЭПРОН. Новая специальная организация стала заниматься судоподъемными, аварийно-спасательными, поисковыми, опытовыми и другими подводными работами на территории Советского Союза. Организационно, приказом № 528 от 17 декабря 1923 года, она официально вошла в состав ОГПУ — органа государственной безопасности, на который были возложены следующие задачи: предупреждение и подавление открытых враждебных выступлений и раскрытие тайных организаций, нелояльных коммунистической диктатуре; охрана государственных тайн и борьба со шпионажем; охрана государственной границы и путей сообщения; выполнение специальных заданий и осуществление активных мероприятий за рубежом. ЭПРОН объединила практически все водолазное дело в стране, организовала централизованную подготовку водолазов и промышленное производство водолазной техники и снаряжения. В состав Экспедиции были переданы водолазная база с водолазной школой в городе Ленинграде (ныне Санкт-Петербург), плавучие и технические средства, а также ремонтно-производственные мастерские в городе Севастополе. В связи со значительным увеличением объема производимых работ и специальных заданий очень быстро были созданы новые водолазные базы, отделения и партии на Черном, Балтийском и Каспийском морях, на севере и дальнем востоке страны.
Расширение ЭПРОНа потребовало подготовки тысяч водолазов-специалистов, поэтому в 1925 году в Крыму, в городе Балаклаве, были открыты водолазные курсы, преобразованные затем в первый в стране водолазный техникум. Глубокая незамерзающая бухта Балаклавы позволила производить спуски круглый год. Здесь же, наряду с обучением и повышением квалификации, начались весьма важные научно-исследовательские работы, которые шли по двум направлениям: усовершенствование водолазной и судоподъемной техники и изучение влияния повышенного давления на организм человека при глубоководных спусках. Данную работу возглавила военномедицинская академия. Количество профессиональных водолазов росло с необычайной быстротой. Через девять лет после создания ЭПРОНа их насчитывалось уже порядка четырех с половиной тысяч. Для выполнения специальных подводных задач из особо подготовленных водолазов Экспедиции были сформированы группы минеров.
В 1927 году решением Центрального исполнительного комитета и совета народных комиссаров для судов ЭПРОНа были введены кормовой флаг и вымпел, а кадровому составу Экспедиции дано право ношения формы и знаков различия военно-морских сил.
В 1931 году ЭПРОН из состава ОГПУ была передана в ведение Народного комиссариата путей сообщения, а в 1936 году — во вновь созданный Народный комиссариат водного транспорта.
В 1941 году Экспедиция подводных работ особого назначения вошла в состав военно-морского флота СССР, сохранив на первое время свое первоначальное название.
За годы своей деятельности Экспедиция успешно провела большое количество судоподъемных, аварийно-спасательных, подводно-технических и специальных работ. К наиболее известным относятся: подъем кораблей эскадры Черноморского флота, затопленных в районе города Новороссийска 18 июня 1918 года; подъем ледокола «садко»; подъем и буксировка в Кронштадт британской подводной лодки «L-55», которая в 1919 году в бою у острова сескар в Финском заливе попала на минное поле и, подорвавшись, затонула (после ремонта эта подлодка вошла в состав Балтийского флота); спасение ледоколов «Малыгин» у берегов Шпицбергена и «Александр сибиряков» у Новой Земли; обеспечение важных операций оборонного значения по проводке по Беломорско-Балтийскому каналу из Балтийского моря на север эскадренных миноносцев, сторожевых кораблей и подводных лодок для формирования северной военной флотилии (с 1937 года — северный флот). Всего с 1923 по 1941 год эпроновцы осуществили подъем с глубин около 450 кораблей и судов, оказали помощь 188 судам, терпящим бедствие.