После ряда экспериментов оптимальная скорость для «Негера» была выбрана 10 узлов. Одним из крупных недостатков человекоуправляемой торпеды стала возможность ее использования только в позиционном положении, т.е. на поверхности воды. Кроме этого, после выпуска боевой торпеды, для чего использовалось примитивное прицельное устройство, верхний носитель становился очень неустойчивым, плохо управляемым. Случалось и так, что отказавшие замки, работающие на сброс торпеды, ставили боевого пловца в катастрофическое положение, так как она увлекала весь носитель к цели. Большие проблемы были и с обеспечением боевых пловцов-пилотов дыхательной смесью, что, по мнению немецких специалистов, вело к половине потерь при боевом применении «Негеров».
Учитывая повышенную опасность использования человекоуправляемых торпед, гроссадмирал Дёниц запретил набор добровольцев для комплектации спецподразделений «Негеров» из числа квалифицированных подводников. Остальных предупреждали, что шансов на спасение у них не более 50%. Продолжая эту мысль, немецкий историк К. Беккер заметит, что на практике потери человекоуправляемых торпед доходили до 80%.
Испытания человекоуправляемой торпеды «Негер» были поручены ст. л-ту Кригу, Вскоре в распоряжение спецподразделения «К» направлены из различных частей первые 40 человек — водители одноместных торпед, которых предстояло обучить новому виду боевой подготовки. На это уйдет несколько недель. 13.04.1944 года около 40 «Негеров» 175-й флотилии спецподразделения «К» под командованием ст. л-та Крита в обстановке секретности были переброшены по железной дороге в Италию. Предполагалось их использование против союзников в районе порта Анцио (местечко Пратика-ди Маре, что в 25 км южнее Рима).
В ночь с 20 на 21.04.1944 года (в 55-ю годовщину рождения А. Гитлера) 17 человекоуправляемых торпед вышли в открытое море. Они были разделены на три группы. В задачу первой под командованием ст. л-та Коха входило — обогнуть мыс у Анцио, проникнуть в Нетгунскую бухту, уничтожить стоящие в ней корабли. Вторая, самая многочисленная группа, под командованием л-та Зейбике должна атаковать суда на рейде у Анцио. Третья группа из пяти водителей торпед имела задачу проникнуть в порт Анцио и уничтожить корабли, стоящие у причалов.
Результатом акции стало потопление нескольких небольших судов. Общие потери боевых немецких пловцов составили 4 «Негера», причем их гибель не была связана с противодействием противника. Шесть торпед оказались затоплены самими пилотами, семь вернулись на территорию, контролировавшуюся немцами. Одна из торпед вместе с погибшим от отравления углекислым газом пилотом была поднята из воды союзниками возле Анцио. Фактор внезапности потерял свое значение.
В ночь с 05 на 06.07.1944 года немецкие человекоуправляемые торпеды с базы Виллерсюр Мер нанесли первый удар по союзному флоту вторжения в бухте Сены. 26 из 40 «Негеров» ушли на операцию. Результат—достигнут фактор внезапности, потоплены английские шлюпы «Като» и «Мэджик» (890 тонн). На базу не вернулись 12 «Негеров». Несмотря на существенные потери, вечером 7 июля 21 экипаж человекоуправляемых торпед опять вышли в море. И снова значительные потери.
Наиболее заметным успехом стало потопление К. Потхастом старого английского крейсера «Дрэгон» (5000 тонн). На следующий день он попал в плен. В ту лее ночь после атаки другого «Негера» погиб британский тральщик «Пиладес» (890 тонн). Это был тяжелый бой Другая торпеда была в упор расстреляна с торпедного катера МТ8-463 и взорвалась рядом с бортом корабля, буквально разломив его корпус Только 5 «Негеров» из 21 ушедших в бой вернулись на базу. В течение 8—9 июля четыре человекоуправляемые торпеды будут расстреляны с водителями патрульными «Спитфайрами».
После этих операций руководство спецподразделения «К» еще дважды посылало флотилии «Негеров» против союзного флота (18—19 июля и последний раз 15—16 августа в районе Хонфлера). Но эти действия не имели существенного успеха, приводя раз за разом к возрастанию потерь. Сказывалось и отсутствие разнообразных средств в распоряжении боевых пловцов Германии для ведения подводной войны. Последнее обстоятельство позволило противнику в кратчайшие сроки найти эффективные меры противодействия боевому применению человекоуправляемых торпед. И даже новая ее модель, вскоре разработанная под названием «Мардер» («Куница»), уже не могла изменить баланс сил. В отличие от «Негера» новая человекоуправляемая торпеда могла на короткое время погружаться на глубину до 30 метров. Однако данная характеристика «Мардера» могла быть использована только для уклонения от атаки кораблей и самолетов противника. В остальном боевое применение торпеды осуществлялось в позиционном положении. Вскоре немецкое командование развернуло «Мардеры» в Ла-Манше и частично разместило на Средиземном море.
02.08.—03.08.1944 года. Не менее 50 человекоуправляемых торпед совместно с 24 взрывающимися катерами «Линзе» пошли в бой у Курсель-сюр-Мер (Нормандия). Он характеризовался ожесточенностью и большими потерями нападавших. Все перемешалось. Английские эсминцы и более мелкие суда, постоянно маневрируя, ведя огонь из всех видов стрелкового оружия, сбрасывая глубинные бомбы, вступят в смертельную схватку с «Мардерами» и немецкими взрывающимися катерами.
В 2.50 огромный силы взрыв пустил на дно английский экспортный миноносец «Куорн» (907 тонн). И в этом хаосе уже трудно было разобраться, кто это сделал — «Мардер» или «Линзе». Поврежден другой эскортный миноносец — «Бленкатра», В бой вступили 4 торпедных катера МТБ за короткий срок потопившие 5 торпед. Купола неуклюжих «Мардеров» расстреливались в упор, крупнокалиберными пулеметами навсегда унося на дно моря надежды и веру немецкого командования в новое оружие. По английским данным в этом бою погибло 40 немецких человекоуправляемых торпед.
Последняя атака «Мардерами» 363-й флотилии спецподразделения «К» в Ла Манше была предпринята 16.08— 17.08.1944 года. Потеряно 26 человекоуправляемых торпед при скромных результатах. Торпедирован старый, небоеспособный французский линкор «Курбе» (23 189 тонн), выполнявший назначение блокшива части мола «Гусберри», зенитная десантная баржа (9422 тонн) и бывший железнодорожный паром (757 тонн) с аэростатами заграждения «Фратгон». В Средиземном море на начало сентября 1944 года немцы имели всего 30 «Мардеров», дислоцированных на Сан-Ремо и Ментон.
Утро 05.09.1944 года. Пять «Мардеров» пошли в самоубийственную атаку на американские корабли возле Монте-Карло. На базу вернулась только одна человекоуправляемая торпеда. Американцы не понесли потерь. Неудачной окажется атака «Мардеров» 10 сентября. Последний раз немецкие человекоуправляемые торпеды вышли из Генуи 25.09.1944 года, чтобы нанести удар по американским кораблям артиллерийской поддержки. И опять неудача. Больше немецкое командование не решилось использовать «Мардеры» на средиземноморском театре военных действий. Особенно это случится после тою, как они проведут 19.12.1944 года и 01.01.1945 года (Сан-Рэмо) свои атаки на корабли союзников с почти 100% потерями, не принеся им почти никакою вреда.
Анализ боевого применения «Мардеров» показал высокий процент потерь торпед при проведении операций. Главными причинами этому послужили: несовершенство конструкции, низкий уровень отработки тактических приемов использования изделий, низкий профессионализм водителей, отсутствие анализа действий подобных спецподразделений флотов других государств, заметное падение к концу войны боевого духа личного состава.
Кроме человекоуправляемых торпед немцам до конца войны удалось с различным успехом применить быстроходные взрывающиеся катера типа «Линзе» и одноместные сверхмалые ПЛ типа «Бибер». Катера «Линзе» обладали высокой скоростью (30 миль в час). Данное обстоятельство, как и относительно малая их уязвимость, позволяли, с точки зрения немецкого командования, рассчитывать на успех. Однако первые попытки боевого использования катеров «Линзе» провалились. И лишь в августе 1944 года им удалось прорвать охранение противника. Только за две ночи 16 звеньев «Линзе» из состава 211-й флотилии спецподразделения «К» потопили 12 кораблей и судов союзников общим водоизмещением 43 тыс. тонн. Среди них эсминец «Куорн», судно типа «Либерти», крупный танкер, траулер «Герсей» и другие Наряду с применением технических средств немецкое командование делало ставку и на чисто индивидуальные действия подводных диверсантов. В этих целях итальянская 10-я флотилия MAC взялась в порядке передачи опыта в 1943 году подготовить двух немецких военнослужащих в подразделении знаменитого капитан-лейтенанта Волка (князь Волков, русский по происхождению).