В качестве обоснования реорганизации Чичагов ссылался на отсутствие единообразия в тактике и дисциплине, на необходимость координации действий батальонных командиров, на желание повысить «степень искусства в воинских движениях», необходимых во время высадки десанта. Кроме того, он указал, что командиры экипажей, к которым приписаны батальоны, не уделяют им должного внимания. В связи с этим предписывалось 12 батальонов преобразовать в 4 3-х батальонных полка (1 гренадерский и 2 мушкетерских по 4 роты в каждом). В мирное время полагалось в гренадерском полку 564 чел. рядовых, в мушкетерских— 1128 чел. В военное время прибавлялось 228 чел. (см. Приложение, табл. 5).
Каждый полк имел шефа, шефским же назывался гренадерский батальон. При полках существовали артиллерийские команды — на каждый по одной. При этом для действий десанта на суше предписывалось использовать орудия калибром не более 3 фунтов. С учетом того, что посадка на суда должна была проходить побатальонно, на все команды определялось 2 подпоручика, 2 бомбардира, 8 фурштатских унтер-офицеров и 8 артельщиков, чтобы при распределении орудий по батальонам можно было посылать при каждом отряде офицера и равное число нижних чинов. Старшим офицером артиллерийских команд назначался майор. Полковая артиллерия насчитывала 4 шестифунтовых пушки и 2 двенадцатифунтовых единорога. Мундирное, амуничное и денежное довольствие морским полкам полагалось такое же, как армейской пехоте.
Для совершенствования строевой подготовки полки, не ушедшие в морские походы, должны были летом по очереди выступать в лагеря.
Во время десантных операций флотские полки обеспечивались поддержкой армейской пехоты, а также корабельной артиллерией. При этом гребным судам отводилась роль пунктов боевого снабжения: они не должны были удаляться далеко от берега в ожидании возвращения десантных частей на борт.
Местом дислокации полков определялись: для 2 полков — Кронштадт, для 1 — Ревель и для 1 — черноморские порты.
Всеми полками должен был ведать инспектор строевой части.
Кроме того, Чичагов обращал внимание на экономию 102 000 руб., которую обеспечивала реализация его проекта, с учетом сокращения численного состава с 10 тыс. в батальонах до 9 тыс. в полках.
Император принял проект, и 20 мая 1803 г. он был утвержден. В результате 1-й, 2-й и 7-й батальоны составили первый полк, второй включал 3-й, 8-й и 9-й батальоны, третий — 4-й, 5-й и 6-й, а четвертый полк формировался из черноморских батальонов. Инспектором был назначен генерал-майор Ширков, он же становился шефом первого полка. Шефами остальных назначены полковник Герценберх, генерал-майор Гинкуль и генерал-майор Говоров.
Ширкова при назначении обязали подтянуть дисциплину, которая была в морских частях не на высоте, как считали власти. Они имели на то основания: действительно, после смерти императора Павла солдаты морских батальонов, подолгу оставаясь на берегу, нередко переходили пределы дозволенного уставами. Число наказанных чинов флотской пехоты за пьянство и утрату мундира было значительным. Инспектору предстояло за короткий срок навести в полках порядок и определить программу подготовки новобранцев. Была составлена соответствующая инструкция, в которой содержались принципы обучения рекрутов морских полков. В частности, на первых порах предписывалось основной упор делать на развитие ловкости и координации новобранцев, устраивая для них «бега в перегонки, скачки» и пр.
Далее они знакомились с основами строя, обучаясь стойке, «хождению», равномерности шага, построениям и перестроениям, а также навыкам обращения с оружием и практической стрельбе. Предписывалось за период навигации «выводить» полки в море не менее трех раз, а также хотя бы раз в год организовывать учебные высадки десанта.
Что касается «пехотной» составляющей этой программы, то хотя бы часть морских солдат получила соответствующие навыки на уровне гвардии, поскольку в 1806 г. 2 батальона 1-го морского полка вошли в состав 1-й сухопутной дивизии (сформированной из полков гвардейской пехоты) под началом вел. кн. Константина Павловича. В меньшей степени это относилось к другим частям морской пехоты. Например Каспийскому морскому батальону, который, согласно указу от 14 июня 1805 г., был сформирован (на гренадерском положении) из солдатской команды Каспийской флотилии, а также 4 рот, выделенных из морских полков — по одной от каждого полка. Комплектование проходило в Кронштадте и Астрахани. Батальон состоял из 4 мушкетерских рот. Кроме того, на Камчатке дислоцировалась экипажская рота (500 чел.), а в Охотске морская рота (1 штаб-офицер, 4 обер-офицера и 186 чел. нижних чинов). Со временем они были переведены в Севастополь. На Севере, в порту Архангельска, находилась рота в составе 156 чел.