На Чудском озере шведы, имея несколько хорошо вооруженных яхт (от 4 до 14 пушек), контролировали восточный берег и выход в реку Великую. Солдаты полковника Толбухина на наскоро сбитых мелких судах несколько раз вступали с ними в бой. 31 мая 1702 г. они взяли на абордаж 4-пушечную яхту «Флундран», а чуть позже также в абордажной схватке захватили яхту «Виват» (12 орудий); к числу шведских потерь относилась и 14-пушечная яхта «Вахмейстер».
Уже в мае 1704 г. пехота генерал-майора фон Вердена на гребных судах высадилась на берегу у деревни Костер, тем самым но существу определив исход борьбы за Чудское озеро в пользу русских.
В 1703 г. произошло знаменательное событие, которое вошло в историю Северной войны и Петербурга под названием «Небываемое бывает». Все тот же Нумере в начале мая на 9 судах подошел к устью Невы, не зная, что крепость Ниеншанц ранее была взята русскими войсками. 5 мая он оставил на якоре напротив Екатерингофа бот «Гедан» (вооружение по разным данным от 6 до 10 пушек) и шняву «Астрильд» (от 5 до 8 пушек). На 8 лодках подразделения Преображенского и Семеновского полков под командой капитан-бомбардира Петра Михайлова (Петра I) и поручика Меншикова атаковали шведские суда и взяли их на абордаж.
Солдаты упрежденного в 1705 г. Морского полка участвовали во многих вылазках на вражеский берег, а также взятии шведских судов. В частности, в октябре 1706 г. несколько бомбардиров и 45 (по другим данным 48) гренадер полка под началом капитана Бахтиарова, совершая на 5 лодках (под командой сержанта Преображенского полка Щепотьева) рейд по Выборгскому заливу, атаковали 2 шведских бота, приняв их за купеческие суда. На ботах, вооруженных 4 пушками каждый, размещались экипажи и солдатские команды численностью более 100 чел. В результате этого дерзкого нападения один из ботов, «Асперн», был пленен, а шведы потеряли 77 чел. Эта победа, увы. досталась дорогой ценой — было убито 33 и ранено 8 чел. Оставшиеся в живых удостоились офицерского чина.
В мае 1707 г. была предпринята успешная высадка десанта на о-в Готланд.
Через год гренадеры и фузелеры Морского полка совместно с пехотинцами Островского и Толбухина совершили несколько рейдов под Выборг, вступая в рукопашные схватки со шведскими дозорами и нанося определенный урон их береговым частям. В одной из таких вылазок солдаты Морского полка, ночью подойдя на 6 лодках к берегу, захватили 3 шведских орудия, переколов при этом всю прислугу.
В боевую летопись полка также может быть зачислено и участие в 1708 г. его подразделений совместно с пехотой Толбухина — всего до 500 чел. — в рейде к г. Борго, где дислоцировался отряд генерала Майделя. Солдаты десанта (500 чел.), находившиеся на бригантинах и скампавеях шаут-бенахта И. Боциса, действовали решительно и смело. Используя «мортирки», они огнем подавляли встречавшиеся им отряды шведской пехоты и ополчения, составленного из местных жителей, и продвигались в глубь вражеской территории. В результате рейда было захвачено несколько торговых кораблей, а также разорено и сожжено 15 населенных пунктов, в том числе и сам Борго (300 дворов).
В 1709 г. небольшие десантные группы, в состав которых входили чины Морского полка и адмиралтейского батальона в Кронштадте, совершали вылазки к островам в Финском заливе, занятым шведскими отрядами пехоты с немногочисленной артиллерией. Эти акции проходили с переменным успехом и не всегда заканчивались удачно для десантников. Иногда в стычках с противником они теряли до трети своего состава.
Набеги смешанных отрядов, включавших флотскую и армейскую пехоту, на береговые части шведов происходили с завидным постоянством и в течение нескольких лет. Однако к началу второго десятилетия войны стало очевидно, что успех на одном из ключевых участков театра боевых действий, а именно в Финляндии, могут обеспечить крупномасштабные совместные действия армии и флота, в которых немаловажная роль отводилась и десантам с участием войсковых и морских соединений. В мае 1712 г. такие десантные операции были проведены под Гельсингфорсом с целью его захвата и создания тем самым плацдарма для операций в Або-Аландском районе, а также в районе Борго, где располагались крупные неприятельские соединения.
Был собран целый галерный флот, который насчитывал десятки судов разных классов: здесь были полугалеры, скампавеи, бригантины, карбасы, прамы, галиоты, островские лодки. На каждой полугалере располагалось до 250 чел., скампавее — до 150 чел., бригантине или карбасе — до 70 чел.