Имевшихся в наличии сил морской пехоты было достаточно для локального успеха в виде почти беспрепятственной высадки на острова во время экспедиции в Архипелаг, однако этого было слишком мало, чтобы решать серьезные задачи в ходе более масштабных боевых действий с участием флота и сухопутных сил.
Во многом актуальность этой проблемы проявилась по отношению к Черноморскому флоту уже во время новой русско-турецкой войны 1787–1791 гг.
Не смирившаяся с результатами войны 1768–1774 гг. и подстрекаемая Англией, Турция была настроена заставить Россию отказаться от протектората над Грузией и возвратить Крым, присоединенный в 1783 г. Для этого Порта собиралась использовать флот, гарнизоны хорошо укрепленных крепостей и поддерживавшую их сильную сухопутную армию.
С началом военных действий в 1787 г. проблема дефицита кадров матросов и морской пехоты на Черном море стала вполне очевидной. Уже в августе контр-адмирал Мордвинов просит Потемкина всех морских солдат «употребить в матросы а на место оных посадить на корабли 1 200 армейских солдат и 600 сухопутных артиллерийских канонер». В свою очередь Потемкин распорядился морскую пехоту перевести в матросы, а на флот направить Севастопольский и Троицкий полки. Через 2 года, в мае 1790 г., собираясь в плавание, Ушаков взял в свою эскадру 618 чел. из Севастопольского полка и 352 чел. из Греческого, мотивируя это тем, что морские солдаты находятся на кораблях и судах в качестве матросов. В 1788 г. военно-морское руководство решает сформировать для действий на Черном море, Днестре и Дунае дополнительно 2 батальона морских солдат общей численностью около 1,5 тыс. чел. Предлагалось перевести в них Адмиралтейский батальон почти полностью, а недостающее число набрать из пехоты. Планы эти были нарушены начавшейся войной со шведами.
Тем временем Потемкин принял на себя командование Черноморским флотом. Пока контр-адмирал Ушаков громил турецкие эскадры на море, Потемкин рассчитывал с помощью Черноморской гребной флотилии сделать то же самое на Дунае. Он привлек и флотилию казаков под командованием Головатого. В задачи Черноморской флотилии входила также поддержка сухопутных частей, которым надлежало овладеть турецкими крепостями, в частности Измаилом.
На судах флотилии де Рибаса планировалось использовать Николаевский приморский и Днепровский приморский гренадерские полки. Потемкин сам занялся подготовкой л/с флотилий, в том числе десантных частей, в отношении которых предлагал «сделать разбор верный людям и узнать, кто имеет способность цельно стрелять, кто легче в бегу и кто мастер плавать: все построения должны производиться отменно живо, разсыпаться и тотчас строиться… Приучать их бегать и влазить на высоты, переходить рвы и прочее… обучать скрываться и подкрадываться к неприятелю, чтоб схватывать его часовых. К таковым экзерцициям и офицеры приучены должны быть». В свете предстоящих операций Потемкин особо выделял чисто воинские навыки десантников, определяя, кто будет действовать штыком, а кто саблей, будучи освобожденными от ружей и «прочей тягости».
18 октября 1790 г. гребная флотилия двинулась к устью Дуная, и при непосредственном участии солдат приморских полков и казаков были заняты Сулинский гирл и крепости Килия, Тульча, Исакча.
23 ноября 1790 г. войска (30 тыс.) И. Гудовича, П. Потемкина и А.Самойлова, а также флотилия Де Рибаса подошли к Измаилу. Крепость с одной стороны защищали полукруглая стена огромной толщины и глубокие рвы, а с другой — Дунай. Гарнизон ее составлял 35 тыс. чел. при 265 пушках.
Осада велась неудачно, генералы ссорились между собой, и перспективы дальнейших действий были неясны. Потемкин призвал А.В. Суворова, и тот энергично приступил к подготовке штурма, перестроив артиллерийские батареи и начав тренировать солдат взбираться на лестницы. Приморские полки предполагалось использовать в колоннах, которые должны были наступать со стороны Дуная.
В ночь на 12 декабря 1790 г. начался штурм, вошедший в военную историю России как событие выдающееся. Сторона крепости, обращенная к Дунаю, была не самой неприступной, по сравнению с другими участками, но зато это направление постоянно держалось под обстрелом бастионов и артиллерийских батарей. Мощь их огня суждено было испытать приморским гренадерам, высадка и наступление которых тоже поддерживались артиллерией, с воды. Нерешительность шедших в авангарде казаков, многие из которых имели только сабли и пики и не рискнули высаживаться на берег первыми, компенсировал натиск солдат флотилии Де Рибаса, проявивших себя с самой лучшей стороны. Достаточно сказать о том, что во время высадки и боя за бастион Табия приморцы потеряли более 1/3 своего л/с, однако овладели береговыми бастионами и ворвались в город, где продолжались ожесточенные уличные бои, местами переходившие в резню. Побоище продолжалось до 4 часов дня, после чего все было закончено.