В 1689–1692 гг. на Плещеевом озере у Переславля-Залесского строится и спускается на воду «потешная» флотилия, на которой Петр устраивает маневры с участием своего близкого окружения, куда входили и чины Бомбардирской роты Преображенского полка. Они составили команды первых петровских судов. Некоторые из них участвовали вместе с царем и в «корабельном строении», работая в качестве простых плотников. Среди них выделялся преображенец Даниил Новицкий, впоследствии неизменный участник всех петровских маневров и походов, который также «у морского дела состоял… управлял рулем и парусом». Численность соратников Петра по морскому делу была сравнительно невелика и нередко менялась. Так, первоначально их насчитывалось 17 человек, чуть позже 37, затем 22. Помимо всего прочего они едва ли не постоянно несли «весельную службу», то есть находились неотлучно при Петре, который совершал многочисленные поездки по воде.
Важную роль в развитии российского флота сыграли поездки Петра в Архангельск в 1693–1694 гг. и «корабельное строение» на Соломбальском острове, расположенном недалеко от него. Путешествия Петра сопровождались плаванием по Белому морю. Наряду со стрельцами, стольниками и окольничими вместе с ним во время этих поездок находилось 10 чел. «потешных», нередко выступавших в качестве гребцов. Некоторые из них принимали участие в корабельных работах на Соломбальской верфи.
В том же 1694 г. состоялся и Кожуховский поход, включавший в себя масштабные маневры с участием войск старой формации под командованием И. Бутурлина и войск нового строя во главе с Ф. Ромодановским. В этих маневрах, во многом напоминавших настоящую войну, в которых было немало раненых и даже погибших, участвовали и те, кто еще ранее оказался вовлечен в морские занятия. Под особым корабельным знаменем они «зело люто и мужественно бились и показались яко не токмо на море, но и на на суше битись умеют, и дали не только неприятелем, но и посторонним зрителем о себе великое подивление».
В сражении 3 октября эта «матросская рота» участвовала вместе с Петром в пленении «вражеского» полковника Сергеева.
Она же сопровождала Петра и в первом Азовском походе, потеряв при штурме 25 декабря 1695 г. Е. Воронина и Г. Лукина.
В очерке истории морской пехоты уже упоминалось о том, что накануне второго похода под Азов из чинов Преображенского и Семеновского полков, а также «охочих людей» был сформирован Морской регимент, капитаном и командиром одной из его рот являлся сам Петр. В ее состав и вошли «потешные» (29 чел.). Был объявлен также набор «охочих людей» как в Регимент, так и в эти два полка. 18 февраля 1696 г. 22 ротам Регимента произвели смотр в Москве, а через пять дней его отправили в Воронеж. Путь был неблизкий, и во время похода, по выражению ближайшего сподвижника и наставника Петра I Ф. Лефорта, чины Регимента «дуровали». Тем временем к концу марта в Воронеж стали стягиваться войска. По распоряжению Т.Н. Стрешнева, Ф. Тиммерман привез «гербовое» знамя Регимента. Оно представляло собой прямоугольник с откосом и с надписью «12 марта 7204 г.» (1696 от P. X.). В середине золотой двуглавый орел, держащий в лапах копья, под орлом море с парусными кораблями; в откосе — апостолы Петр и Павел в облаках, с камнем Веры.
На одной из трех спущенных 2 апреля этого же года галер, «Принципиусе», команда гребцов состояла из чинов Преображенского полка (30 чел.), которые частично исполняли обязанности экипажа. Примерно с этого времени в штатах Преображенского и Семеновского полков зарождаются морские команды, которые обслуживали парусники и гребные суда (а позже и не только их), имевшиеся в распоряжении этих частей на постоянной основе.