После победоносного завершения похода 1696 г. Морской регимент со знаменем поротно проследовал при торжественном проходе войск в Москве и вскоре был растасован по разным полкам. Некоторые чины роты, которой командовал Петр, отправились вместе с ним в Европу в составе Великого посольства в 1697–1698 гг. Во время пребывания Петра в Англии Вильгельм III подарил ему яхту «Транспорт Роял», которая в течение последующих десятилетий служила образцом для строительства придворных и царских яхт. Сопровождавшие его «потешные», уже овладевшие навыками не только гребли, но и искусства управления парусом, могли стать первым русским экипажем яхты, однако после неудачной попытки провести ее вверх по системе рек и волоков в Волгу для пополнения Азовского флота яхта была оставлена в Архангельске и в море не выходила.
Вторая, кипарисная яхта была подарена Петру в Амстердаме. На ней в качестве экипажа как раз и находились чины Преображенского полка. Они, а также и семеновцы, офицеры и рядовые, столь уверенно чувствовали себя на воде, что когда адмирал Ф.А. Головин привел отряд судов в Азов, командирами на бригантинах и галиотах были офицеры этих полков, а команду, помимо иностранных матросов, составляли их солдаты.
Тем временем масштабное «корабельное строение» было развернуто в Воронеже. С конца октября до середины декабря 1698 г. Петр осматривал ход работ над «кум-панскими» кораблями, а 19 ноября он лично заложил боевой корабль «Предестинация». Кроме того, Петр участвовал в осмотре готовых многопушечных кораблей. В это время и позже здесь строились также яхты по английским и голландским образцам.
В июне 1699 г. Петр посетил Таганрог, прибыв туда с несколькими галиотами и бригантинами, а также кипарисной яхтой. Вместе с ним на судах находились гребцы и матросы из числа «потешных», а также переведенные туда из гвардейских и армейских полков унтер-офицеры и солдаты — тенденция пополнения судовых и корабельных команд чинами сухопутных частей в петровскую эпоху, как уже отмечалось выше, получила большое распространение. В этой связи показательна челобитная, поданная в это время Петру от имени 200 солдат, в которой они просили за службу на кораблях прибавить жалованье и увеличить хлебное довольствие.
Между тем число «потешных» было ограничено, а государевых яхт и шлюпов становилось все больше, равно как и людей, сведущих в корабельном деле.
26 марта 1700 г. генерал А.М. Головин сообщает Петру в Воронеж, что в его распоряжение уже отправлена команда гребцов из 10 человек, имевших жалованье матросов, кроме того подъемные деньги (по полтора рубля) и комплект обмундирования.
Вскоре началась Северная война и состоялась печально известная Нарвская баталия, в ходе которой под натиском внезапно атаковавших шведов русские войска вынуждены были стремительно отступать через единственную переправу на р. Нарове. При этом возникла паника, которой, правда, не поддались семеновцы и преображенцы, по мере сил отражавшие атаки неприятеля.
К утру команда бомбардирской роты Преображенского полка восстановила разрушенный мост, что позволило остаткам дивизии Головина переправиться на правый берег Наровы.
Из письма Ф.М. Апраксина, адресованного в Приказ Воинского морского флота спустя три года после этих событий, в 1703 г., становится известно, что в наведении переправы участвовали именно чины морской команды этой роты, за что им даны «оборонные» деньги.
Несмотря на ход военных действий, Петр находил время для строительства кораблей, в частности в Архангельске. Появившись там в сопровождении свиты и гвардии, он пробыл в городе весну и лето, завершив постройку двух крупных яхт и нескольких судов.
Намереваясь нанести удар по одной из ключевых шведских крепостей — Нотебургу, он, погрузив на суда гвардию, двинулся по направлению к Соловецким островам. Затем от Онежской губы до Повенца на Онежском озере войска шли пешком и тащили волоком несколько судов, в том числе крупные вооруженные яхты «Святой Дух» и «Курьер». В этом марше, а также в переходе по Онежскому озеру и Свири к Ладожскому озеру участвовала морская команда Преображенского полка.
Она находилась в составе войск и во время штурма Нотебурга, а также при торжественном прохождении полка в Москве после взятия крепости.
В то же время Петра постоянно сопровождает и команда гребцов, состоявшая тогда из 13 человек. Вскоре своими «гребецкими командами» обзаводятся высокопоставленные персоны, в частности А.Д. Меншиков, Ф.М. Апраксин, адмирал К. Крюйс. Что же касается царских гребцов, то они в этом качестве все чаще заменяют преображенцев, которые теперь привлекаются к собственно боевым операциям. Эту их судьбу отчасти разделила морская команда полка, участвовавшая в некоторых знаменательных событиях Северной войны.