С началом войны эти навыки гвардейских моряков пришлись как нельзя кстати, так как именно им поручалось не только уничтожение остающихся во вражеском тылу запасов (этим занимались и армейские части), но и возведение дополнительных переправ для отступающих русских войск. Материалы брались, что называется, на месте: моряки разбирали деревянные строения, рубили где возможно деревья — плоты делались быстро, и дивизии с обозами переправлялись почти без задержек. Вместо понтонов иногда использовали мосты, в основании которых были лодки, так называемые шейны, между которыми перекидывались мостики — чаще наспех скрепленные деревянные брусья, по которым пехота могла перебираться на другой берег.
Специфика действий гвардейских моряков заключалась в том, что они строили, охраняли построенное и разрушали его — таковы были реалии войны, тем более в условиях отступления, которое продолжалось не одну неделю. Гвардейский экипаж со всеми разделял горечь сложившегося положения, но от него зависело очень многое в том, что касалось сохранения армии, и его личный состав старался на своем поприще как мог.
Кульминацией Отечественной войны 1812 г. явилось Бородинское сражение, вошедшее в мировую историю как одно из самых грандиозных и кровопролитных. Гвардия участвовала в нем едва ли не в полном составе и покрыла себя неувядающей славой. И у Гвардейских моряков здесь был свой триумф.
Перед битвой специальная команда Экипажа располагалась на правом фланге, неподалеку от села Бородино, у моста через реку Колочу.
Перед ней была поставлена задача охранять эту переправу, а при необходимости уничтожить. В ее состав входило 30 наиболее опытных и храбрых матросов под началом мичмана Н.М. Лермонтова. Еще до наступления темноты, накануне сражения, моряки заложили взрывчатку под мостом и разместились рядом в сторожке, наблюдая за подходом к нему. Остальные моряки находились в составе резервного 5-го Гвардейского корпуса на правом фланге и в центре. Само село Бородино охраняли гвардейские егеря, которые перед сражением устроили поротную помывку, и в момент наступления французов часть из них находилась в деревенских банях.
Баварская кавалерия в обход, а пехота 13-й дивизии генерала Дельзона фронтально начали атаку на Бородино. Егеря были застигнуты врасплох и, понеся ощутимые потери, начали отходить. Их теснил 106-й французский полк. Команда гвардейских моряков ждала своего часа. Когда егеря переправились на другой берег Колочи, моряки подожгли мост. Однако часть французов в пылу атаки оказалась вместе с егерями и моряками и устремилась к Горкам. На помощь гвардейцам спешно прибыли 3 егерских полка, и при поддержке артиллерии все наличные здесь русские силы ударили в штыки. Французы сгрудились у наполовину разобранного моста. в панике стремясь к спасительному берегу, но только немногим удалось туда проскочить; 106 пехотный полк корпуса Богарне был практически истреблен. В этой контратаке участвовали и моряки во главе с мичманом Лермонтовым. За свои действия «в деле при селе Бородино» он получил орден Св. Анны 3-й степени, а его подчиненные Знак отличия Военного Ордена. В схватке с французами моряки потеряли 4 чел. убитыми и 7 тяжело раненными. Мост через Колочу гвардейцы все же уничтожили, несмотря на сильный огонь французов. На этом участке они до конца сражения гак и не осмелились предпринять активные действия, ограничиваясь только перестрелкой с егерскими частями. На памятнике из белого мрамора, который воздвигнут у р. Колоча в 1912 г. имеется надпись: «Лейб-егеря доблестным предкам и их боевым товарищам чинам Гвардейского экипажа».
Артиллерия Гвардейского экипажа, будучи в составе 1-й артиллерийской легкой гвардейской роты, располагалась в резерве. В ходе сражения она была выдвинута на левый фланг к Багратионовым флешам и помогала измайловцам и литовцам отбивать атаки французской кавалерии, а затем и пехоты. Действия этой роты продолжались до темноты. Итог боя — потери среди орудийной прислуги, выведено из строя несколько орудий, смертельно ранен лейтенант Киселев и тяжело лейтенант Лист.
В целом Гвардейский экипаж потерял в Бородинском сражении убитыми и ранеными 24 матроса и офицера. Награды разного достоинства получило 27 человек офицеров и нижних чинов.
В дальнейшем в непосредственных боевых действиях гвардейские моряки участия не принимали. Куда важнее было то, что они вновь вернулись к привычным для себя занятиям, а именно наведению переправ. Правда, одно дело заниматься этим в летнее время, и совсем другое — зимой, даже при слабом морозе. Саперы и пионерные части воюющих сторон зачастую выполняли свои задачи находясь в воде. В условиях войны полученные от этого простуды нередко оказывались фатальными.