Сравнительно небольшое число гвардейских моряков, в том числе и офицеров, принимало участие в Крымской (Восточной) войне. Некоторые из них находились в строю вплоть до окончания военных действий, получив награды, в том числе и орден Св. Георгия 4-й степени. Однако в целом события в Крыму не повлияли на размеренную жизнь Гвардейского экипажа, состоявшую из учебных стрельб, строевых смотров, занятий гимнастикой и фехтованием, выходов в море. Правда, л/с Экипажа пополнился 110 георгиевскими кавалерами, прибывшими из Севастополя.
В мае 1856 г. его чины получили новые нарезные ружья, а стрелковая рота была расформирована. В октябре того же года во флоте были введены абордажные палаши, которые заменили саперные тесаки и артиллерийские ножи. Перевооружение Экипажа сопровождалось усовершенствованием методов подготовки его л/с. Так, в стрелковой школе в Царском Селе регулярно проходили обучение по 4 унтер-офицера, 4 ефрейтора и 12 рядовых. В программу, помимо собственно стрелкового дела, включены были гимнастика и фехтование. Кроме того, под началом лейтенанта Большева состояла отдельная фехтовальная команда в составе 4 унтер-офицеров и 4 рядовых, чуть позже учреждена еще одна такая же команда.
В сформированной Экипажной школе совершенствовали навыки строевой подготовки, занятия по стрельбе проходили в тире лейб-гвардии Финляндского полка, а артиллерийские учения в Галерной гавани.
При этом не отходила на второй план и морская подготовка. Совершались учебные походы по Финскому заливу и Ладожскому озеру, по реке Свирь и Балтийскому морю. Часть л/с на яхте «Штандарт» посетила Бордо, другие отправились на Средиземное море. Гвардейские моряки занимались также промерами в акватории Финского залива.
Участие в дворцовых церемониях являлось составной частью службы гвардейских частей. Помимо несения караулов в царских резиденциях, присутствия при тезоименитствах и свадьбах особое место занимало участие в коронационных торжествах. Не был исключением и Гвардейский экипаж. Так, по случаю коронации Александра II (1855–1881) рота Его Высочества со знаменем отправилась в Москву 26 июля 1856 г. и по приезде остановилась в лагере на Ходынском поле, где пребывала до 16 августа, после чего переместилась в Кремлевские казармы. Рота находилась в почетном карауле в Кремлевском дворце и у Спасских ворот. В день коронации она располагалась между Успенским и Архангельским соборами и принимала участие в парадном прохождении войск на Ходынском поле.
Обер-офицер, штаб-офицер, матрос и унтер-офицер Гвардейского экипажа. 1855–1870 гг. Из собрания ЦВММ.
С января 1857 г. унтер-офицерам и фельдфебелям вменялось отдавать честь по-офицерски, то есть прикладыванием руки к козырьку. С этого же года они стали носить саблю с клинком абордажного палаша, а в 1858 г. получили вместо ружей револьверы. Строй в Экипаже вводился 2-шереножный, как в стрелковом батальоне. Резервный полуэкипаж был упразднен.
Вопросами снабжения, экономического состояния Экипажа наряду с интендантскими структурами занимался Хозяйственный комитет, председатель и члены которого избирались на 2 года. В его компетенцию входили организация продовольственного и мундирного снабжения, состояние имущества, движимого и недвижимого, финансов, экипажной артели, обеспечение деятельности ротных школ, где нижние чины и рядовые обучались грамоте и Закону Божьему. 2 раза в неделю священник Николаевского собора отец Александр разъяснял гвардейцам главные догматы веры и значение церковных таинств.
16 февраля 1860 г. праздновали 50-летие Гвардейского экипажа. Но если вспомнить, что его предшественниками считались придворные гребцы — класс, оформившийся в 1710 г., — то с фактического образования части прошло более 100 лет. В ознаменование этого Экипаж получил на свое знамя Андреевскую ленту. Во время церковного парада в манеже Инженерного замка по освящении знамени ленту повязал сам император. Многие чины Экипажа получили награды и денежные выплаты, а также был устроен торжественный обед.
Штаб- и обер-офицеры приглашались на обед в Мраморный дворец.
Жизнь Экипажа шла своим чередом, ластовая полурота в 1863 г. превратилась в нестроевую полуроту, увеличилось число занимавшихся в стрелковой и фехтовальной школах, однако в судьбу гвардейцев вновь могли вмешаться внешние обстоятельства.
В начале 60-х гг. обострился польский вопрос, произошло выступление в Варшаве и некоторых других городах. Замаячила угроза повторения кровопролитной войны польской кампании времен Николая I. Более того, действия против поляков вызвали враждебное отношение к России со стороны европейских государств.