Как бы то ни было, со значительным контингентом приписанных к флоту солдат — к 1733 г. только корабельных насчитывалось 4235 чел. (64 офицера), в галерном флоте — 485 чел. (11 офицеров), в адмиралтейском батальоне — 663 чел. (18 офицеров), в Казани — 159 чел. (2 офицера) и в портах — 200 чел., то есть всего 5746 чел., — надо было что-то делать; они представлялись административной и финансовой обузой для скудного адмиралтейского бюджета и для военно-морской администрации в целом. Впрочем, в реорганизации нуждался и весь флот.
В 1732 г. была образована Воинская Морская Комиссия под руководством вице-канцлера графа А.И. Остермана, в задачи которой входили разработка новых флотских штатов, структуры собственно военно-морских сил, их административного управления и пр. Во многом эти задачи были решены в 1733 г.: Балтийский флот делился на 2 дивизии, а морские команды и батальоны преобразовывались в 2 полка под началом Я. Барша и М. Баракова. Полки были 3-батальонного состава по 4 роты в каждом батальоне — всего 24 роты (см. Приложение, табл. 2). Сверх того 2 гренадерские роты распределялись по остальным ротам, расписанным по кораблям. Для галер Донской флотилии был сформирован отдельный батальон в составе 900 нижних чинов, 53 унтер-офицеров и 9 офицеров. В придачу к морским полкам в 1734 г. учреждены 2 полка морской артиллерии. В целом же находившаяся на службе флота пехота получила более строгую, чем раньше, организацию, однако это не исключало параллельного существования и других подразделений, в частности солдатских команд, находившихся при Адмиралтействе и в портах, а также и на галерах, поскольку л/с полков относился прежде всего к корабельному флоту.
В период боевых действий бывшие на судах и кораблях морские солдатские подразделения подкреплялись армейскими полками и казаками, однако в мирное время морские солдаты становились или составной частью флотских экипажей в период маневров на море, или (что чаще бывало зимой) следовали укладу обычных пехотных полков: проводили регулярные строевые занятия, стрельбы, участвовали в смотрах. Кроме того, находясь в столице, морские солдаты наряду с адмиралтейскими командами несли караульную службу в городе, исполняя по мере необходимости и полицейские функции.
Несмотря на реорганизацию, л/с морских солдатских частей по-прежнему использовался далеко не по назначению: например, на октябрь 1735 г. в отлучках находилось 750 чел., а в 1741 г. уже 1500 чел. разных чинов из 2 морских полков. Под отлучками офицеров чаще всего понимались командировки в другие города, так как находившиеся в отпусках шли по другим, отдельным, спискам. Характер командировок мог быть самый разный. Нередко их направляли в Москву в распоряжение адмиралтейской администрации для участия в приемке различных припасов: обмундирования (или сукна для его пошива), снаряжения, оружия. Вместе с ними, как правило, командировались команды от полков в составе нескольких рядовых и унтер-офицера. Приемка длилась не один день, и, кроме того, необходимо было «состоять при магазейнах», где хранились полученные вещи. Также офицерам давались полномочия на заключение подрядных сделок с купцами, «торговыми людьми», с которыми предварительно уже общались представители Адмиралтейства. На долю офицеров морских полков выпадала тем самым трудная и неблагодарная функция, поскольку предварительные договоренности в силу разных обстоятельств нередко пересматривались, а им приходилось руководствоваться предписаниями и приказами Адмиралтейства и, главное, необходимо было достичь соглашения по ранее установленной цене или объему. Такие же команды, но большие по численности, посылались для сопровождения рекрутских партий или обозов. Нахождение же чинов морских полков у «городового строения» — в Ораниенбауме, Кронштадте, Петербурге — было делом обычным.