Корреа, наиболее важный хронист третьего плавания Гамы, жил в Индии много лет и был свидетелем многих событий, последовавших за высадкой графа в Индии. Он ярко описывает, как адмирал жил в Индии:
Указанный дон Васко ввел большую пышность и великолепие, ему прислуживали люди с серебряными булавами, мажордом и два пажа с золотыми цепями, многие конюхи и лакеи, выхоленные и превосходно одетые. У него был роскошный столовый сервиз из серебра, прекрасные фландрские ковры, а стол, за которым он обедал, покрывался парчовой скатертью. Ему подавали за столом блюда такой же величины, какие подают королям, его слуга подносил ему кувшин и все остальное, что принято подавать королям. Утварь для его гардероба, постели и часовни была в полном комплекте… У него имелась стража в двести человек, вооруженная позолоченными копьями и одетая в особые ливреи. Он держал великолепный стол, и с ним обедали все дворяне и лица, пользовавшиеся почетом.
Хотя некоторые авторы называют это «показной роскошью», Гама знал, что для привлечения на свою сторону людей, которыми предстояло ему управлять, нужно было подавить их своей мощью и великолепием, так как они привыкли судить о собственных правителях именно по этим признакам.
Вице-королю были даны исполнительные, судебные и законодательные полномочия. Его слава обогнала его корабли, его боялись и уважали. Он сразу же воспользовался своими полномочиями, стремясь устранить укоренившиеся злоупотребления, восстановить, уважение к власти и повиновение ей. Прежде всего он обнаружил, что королевские офицеры продали здешним купцам много артиллерийских орудий. Он немедленно издал распоряжение, приказывая вернуть все подобное имущество в течение тридцати дней под страхом потерять как собственность, так и жизнь. Большая часть артиллерии была быстро возвращена! Говоря словами упоминавшегося выше письма совета города Гоа к королю» когда «многие лица пришли к Гаме с дарами, которые обычно делают вновь назначенным губернаторам», он отказался «взять что-либо у христиан или мавров и еще меньше у города, на что все мы смотрим как на странность, потому что, согласно обычаю, все эти подарки следует принимать». Гама нашел, что госпиталь заполнен людьми, использовавшими его в качестве жилища, и прогнал их оттуда. Он запретил принимать в больницу раненных в драке,. «сказав, что они дерутся из-за женщин». Команды кораблей должны были оставаться на кораблях в гавани и получать там свои пайки.
Затем Гама наказал трех женщин, пробравшихся на корабли в Лиссабоне, которые с того момента, как они были переданы ему в Мозамбике, находились взаперти. Он распорядился публично выпороть их. Правительственный глашатай кричал на улицах: «Справедливость короля, господина нашего. Она требует выпороть этих женщин, ибо они не побоялись его справедливого суда и прибыли в Индию вопреки его запрещению». После того как было сообщено о предстоящем наказании, население всех классов, «дворяне», епископы, монахи и братья милосердия вступились за женщин и тщетно предлагали большую сумму денег для их выкупа. В день исполнения приговора Васко отказался выслушать даже священников, которые несли распятие из францисканской церкви. Приказ о порке был выполнен; и хотя про Гаму говорили, что он жесток, наказание имело очень благотворное воздействие на потенциальных грешников.
Незадолго до своей смерти Гама сделал все, что мог, чтобы смягчить участь этих трех женщин. Он послал каждой из них по триста тысяч рейшов, «которые были даны им под большим секретом, а если они не захотели бы принять эту сумму, ее следовало удвоить и передать Святому дому сострадания (Santa Casa de Misericórdia). Располагая такими деньгами, они нашли хороших мужей и стали честными женщинами». Так рассказывает Корреа.
Вице-король был уже болен, но упорно проводил в жизнь свой план реорганизации управления португальской Индией. Потратив некоторое время на восстановление порядка и законности в Гоа, Гама отправился на юг, чтобы посовещаться с португальским губернатором в Кочине. Он работал беспрерывно и, несмотря на жар и обострявшуюся болезнь, не прибегал к обычному послеобеденному сну, а работал весь день.
Между тем отставленный правитель дон Дуарти ди Минезиш, крейсировавший в персидских и индийских водах, стремясь перед отплытием собрать всеми правдами и неправдами побольше добычи, прибыл в Кочин, чтобы приветствовать вице-короля. Гама не позволил Минезишу высадиться и арестовал его за служебные злоупотребления. Однако до соответствующего доклада королю в Лиссабон Гама разрешил ему под честное слово остаться на его (Минезиша) корабле. Тем не менее дон Дуарти перебрался на другой из своих кораблей, так как узнал, что вице-король болен, и надеялся, что тот умрет, а он, Дуарти, снова станет губернатором. Услышав об этом, Гама послал за доном Дуарти, но тот благоразумно отплыл в Португалию. В доказательство того, что суровость Гамы по отношению к Минезишу была оправданной, стоит прочесть рассказ Корреа о том, как Минезиш бежал с деньгами, украденными или полученными путем вымогательств во время своего правления. Когда он прибыл в Кочин, чтобы приветствовать Гаму, у него был ящик, «полный золотых вещей, бриллиантов и ювелирных изделий, которые стоили много». Двое из его людей подплыли к берегу на лодке