Обаче на 30 ноември 1988 година излезе съобщението, че Нир е загинал заедно с пилота при катастрофа с малък самолет „Чесна Т210“ над някакво ранчо на 150 км западно от град Мексико. Останалите трима пътници се отърваха с леки наранявания, в това число и канадката Адриана Стентън, 25-годишна, от Торонто. Тя твърдеше, че не е свързана с Нир. Обаче мексиканците я описваха като негова „секретарка“ и „придружителка“, а тя наистина работеше във фирма, свързана с Нир. Канадката не пожела да говори повече по въпроса.
Нир бе заминал за Мексико, ча да проучи пазара на авокадо. На 29 ноември той посетил завода за обработка на авокадо в западния мексикански щат Мичоакан. Нир беше един от големите акционери в завода. На следващия ден нае малък самолет, за да го откара обратно в Мексико Сити заедно със съдружника му Пат Уебър и според местните власти загинал в катастрофата. Обаче „тялото“ му било идентифицирано от загадъчния аржентинец Педро Круче, който работел за Нир и пребивавал незаконно в Мексико. Обяснил на полицията, че е загубил документите си на една корида, но и без тях му разрешили достъп до останките на Нир.
В допълнение оригиналният рапорт на служебния адвокат потвърждаваше, че Нир и Стентън са пътували под чужди имена, независимо че посещението им е било законно. По-късно инспекторът на летището опроверга това, макар че грешката остана необяснена. Повече от хиляда души присъстваха на погребението на Нир в Израел и министърът на отбраната Ицках Рабин говори за „неизпълнената му мисия, чиито цели ще останат скрити, а тайните са завинаги заключени в сърцето му“.
След злополуката с Нир на страниците на „Торонто Стар“ излезе изявлението на неназован служител от разузнаването, който твърдеше, че Нир по всяка вероятност е жив.
— Нир е посетил някой пластичен хирург в Женева, където клиниките са много добри, много частни и много дискретни.
Каквото и да е станало с Нир, сигурен е само ефектът, който свидетелските му показания биха произвели върху администрацията на Рейгън и израелското правителство в последвалия процес около аферата „Иран-контри“.
Но разследванията на сенатската комисия извадиха на бял свят през юли 1987 година меморандум от Норт до бившия съветник по националната сигурност вицеадмирал Джон Пойндекстър, изпратен на 15 септември 1986 година и цензуриран от службата за сигурност. В него се препоръчваше Пойндекстър да обсъди оръжейната сделка първо с Кейси, а после да уведоми президента Рейгън.
Пойндекстър бе единственият от седмината изправени пред съда в този скандал, който отиде зад решетките. На 11 юни 1990 година той получи шест месеца зад решетките, а съдията Харолд Грийн му изнесе строга лекция за онези, които „взимат решения на своя глава в разрез с официалната държавна политика“ и логично попадат в дранголника.
На 3 март 1989 година Робърт Макфарлан бе глобен 20 000 долара и получи две години условно, след като го признаха за виновен, че на четири пъти е задържал важна информация от компетенцията на Конгреса. На 6 юли 1989 година с приключването на сензационния процес във Вашингтон Оливър Норт получи глоба от 150 000 долара, плюс 1200 часа общественополезен труд. Съдът го призна за виновен по три от дванадесетте обвинения. На 4 май Норт също бе осъден условно на две години.
В меморандума на Норт до Пойндекстър се подчертава важността на ролята, която Нир играеше в скандала: „Амирал Нир, специален съветник на министър-председателя Шимон Перес по въпросите на антитероризма, посочи, че в петнайсетминутната среща на четири очи с президента Перес възнамерява да повдигне няколко доста болни теми.“
По онова време бяха освободени трима американски заложници вследствие на оръжейните доставки за Иран. Това бяха Дженко, Уиър и Якобсън.
След имената на заложниците в меморандума се изтъкваше: „Преди няколко седмици Перес изрази загрижеността си, че Съединените щати могат отново да прекратят взаимоотношенията си с Иран. Израелското правителство обаче смята, че проблемът със заложниците трябва да послужи като мост за сближаване и основа за съвместни стратегически планове с Иран.
Вероятно Перес ще потърси гаранции от Съединените щати за продължаването на така ползотворната съвместна работа, тъй като нито Уиър, нито Дженко щяха да са на свобода днес без помощта на Израел… президентът би трябвало да изкаже благодарност на Перес за дискретното му сътрудничество.“
И наистина Рейгън благодари. Много вероятно е Перес да е отговорил на благодарността му, поне отчасти, като е уредил „катастрофата“ на Нир, за да се избягнат свидетелските му показания.