Чингиз-хан вернулся в Монголию в 1225 году. Теперь он был готов к тому, чтобы наказать тангутов за их отказ помочь ему в туркестанской кампании. Но ему некуда было торопиться, поскольку он знал, что рано или поздно уничтожит тангутов. Он уделял много времени совершенствованию «инфраструктуры» своего государства. Уже имеющиеся административные институты теперь надо было приспосабливать к контролю огромного покоренного мира и того, что еще предстояло покорить. Осенью 1226 года Чингиз-хан двинулся на тангутов. Тангутские города пали один за другим, и монголы уже праздновали победу. Но еще до завершения кампании Чингиз-хан был ранен при падении с коня и умер. Согласно указанию Чингиз-хана, смерть его хранилась в секрете. Об этом надлежало заботиться его младшему сыну Толую, который сопровождал отца в туркестанской войне и в этой кампании и который принял на себя командование войсками, ведущими боевые действия. Только когда сопротивление тангутов было окончательно сломлено, скорбную весть объявили друзьям и врагам. Тело Чингиз-хана привезли в Монголию. Место захоронения было сохранено в тайне; согласно некоторым источникам, он был похоронен в лесах горы Буркан.
Способность Чингиз-хана назначать нужного человека на соответствующую должность во многом способствовала успеху его предприятий как в военных кампаниях, так и в организации империи. Сам Чингиз-хан всегда ценил помощь, оказанную ему его полководцами, дипломатами и чиновниками, и щедро вознаграждал их. И все же неоспорима его ведущая роль во всех важных военных и политических решениях, принятых в период его правления. Не подлежит сомнению талант Чингиз-хана умело координировать деятельность своих подчиненных. Можно уверенно сказать, что как военный предводитель и государственный деятель он имел широкий кругозор и обладал чувством реальности.
Перед смертью Чингиз-хан выделил каждому из своих сыновей от первой жены, Бортэ, часть империи. Толуй, как младший сын, получил ядро владений рода Борджигинов — центральную и западную часть Монголии, Чагатай получил территорию бывшего царства Кара-Кидан, имеющую центром бассейн реки Или. Джунгария, включая и район верхнего Иртыша, стала владением третьего сына — Угэдэя. Наконец, вновь завоеванный регион к северу от Аральского моря (сегодняшний Казахстан) был отдан старшему сыну — Джучи; после смерти Джучи (о чем Чингиз-хан был извещен незадолго до своей собственной кончины) регион перешел к его второму сыну — Бату (в литературе закрепилось русифицированное «Батый»).
В дополнение к полученному улусу каждый сын Чингиз-хана принял командование над частью монгольской армии. Толуй получил львиную долю: 101 тысячу войск из 129 тысяч. Но чтобы не подрывать единства империи, раздел войск должен был произойти лишь в период междуцарствия, до выбора курултаем нового великого хана. Регентом был назначен Толуй.
Все монгольские вожди пришли к согласию, что только сын Чингисхана может занять трон; курултай должен был лишь сделать выбор между ними. Следует отметить в этой связи, что, хотя Толуй и был любимцем своего отца, Чингисхан незадолго до смерти назначил в качестве своего преемника Угэдэя, поскольку, по его мнению, Угэдэй был более способен к управлению империей, нежели три других сына. Регент, очевидно, не хотел оказывать какое-либо давление на родовых вождей и дал им достаточно времени для рассмотрения кандидатов. Курултай, на котором должно быть принято решение, собрался в 1229 году. Многие из его членов готовы были отдать предпочтение Толую. Последний, однако, отказался от выдвижения своей кандидатуры, и великим ханом единогласно избрали Угэдэя. Новый правитель полностью разделял идеи своего отца относительно универсальной империи и отнесся к этой задаче со всей серьезностью. Под его властью монгольское государство обратилось от старых привычек степного владычества к новым админ истративным системам. В этом плане очень характерна история, изложенная в китайском повествовании о монгольской династии. После завоевания Северного Китая один монгольский вельможа старой школы предложил Угэдэю уничтожить народ Северного Китая, стереть с лица земли города и деревни, а всю территорию Северного Китая превратить в пастбища. Никакой выгоды, рассуждал он, для монголов в существовании северных китайцев нет. Выступив против этого варварского плана, Елюй Чуцай ввел Угэдэя в тонкости извлечения выгоды из некочевых подданных Монгольской империи путем введения налогов и сборов с торговли и производства, использования железорудных и иных залежей природных полезных ископаемых. Он сулил большие доходы в деньгах, тканях и рисе. К счастью для китайцев — и для самих монголов.