Лишь с большим трудом северная Русь оправляется от нашествия. Постепенно создаются новые центры просвещения. Самый значительный из них Москва. В Москве создаются библиотеки, государственные архивы, в которых работают летописцы и переводчики.
Библиотека Великого Князя Московского, в первой половине XVI столетия имела до 800 древнейших рукописей. среди которых были в подлинниках сочинения Цицерона, Юлия Цезаря, Своды Законов Византии и Рима. По свидетельству Пастора Веттемана под двумя каменными сводами во дворце Великого Князя хранились древние греческие, еврейские и латинские книги.
Когда Максим Грек, живший в Италии много лет и знавший многих выдающихся деятелей эпохи Возрождения, увидел библиотеку Василия III, то он воскликнул:
— Государь! вся Греция не имеет такого богатства, ни Италия, где католический фанатизм обратил в пепел многие творения наших богословов, спасенными моими единоверцами от варваров Магометовых».
В статье Анатолия Маркова «Книжные Сокровища» мы встречаем следующие любопытные сведения о судьбе древнего Великокняжеского книгохранилища:
«Московская Русь также имела свою известную во всей Европе библиотеку Царя Ивана IV. Природными и вполне испытанными веками хранилищами в Москве тогда служили подземные палаты и тайники. Как известно, ими особенно широко пользовался Грозный, который не нашел ничего надежнее, как спрятать свою богатую библиотеку в подземный тайник. Место хранения было выбрано настолько удачно, что до сих пор отыскать ее не удалось».
История библиотеки Иоанна Грозного следующая: Византийская царевна Софья Палеолог, будущая жена царя Ивана II, привезла в Москву на вечное хранение собрание редчайших греческих манускриптов.
Опасаясь за сохранность этой единственной в мире по своему значению библиотеки, Софья, став московской царицей, добилась постройки огромного подземного тайника в Кремле. Знаменитый архитектор Аристотель Фиоравенти создал это книгохранилище; значительно пополненное затем книгами, собранными Иваном Грозным.
Ученые не оставляют попыток найти библиотеку Ивана Грозного. Она представляет огромный интерес. Скрытая в подземельях Москвы, по утверждению специалистов, библиотека может сохраниться до наших дней в хорошем состоянии.
В 1724 году «любитель» Конон Осинов сумел придать этому вопросу государственное значение, так как на предложение этого пресненского пономаря царю — отыскать библиотеку Грозного, Петр ответил приказом, смутившим Сенат, о немедленных раскопках в Кремле на государственный счет. Такое доверие к предложению Осинова объяснялось тем, что Петр из собственного опыта знал о существовании тайников со скрытыми сокровищами. Часть этих тайников царь видел сам, когда после Полтавского сражения искал средств для продолжения войны и на помощь ему пришел неожиданно князь Прозоровский, друг его отца, знавший много того, чего не знали другие. Он тайно провел Петра в Кремлевские подземелья и показал ему там груды старинной серебряной и золотой посуды и монет. Эти скрытые его предками сокровища позволили Петру вывести Россию из ее тогдашнего трудного положения».
«…Еще в бытность Патриархом Никон составил личную библиотеку, в которую входило до 1300 томов. В нее входили и священные и светские книги. Среди первых, кроме рукописных книг канонического содержания были сочинения знаменитых Отцов Церкви, изданные в западных типографиях на греческом и латинском языках (Дионисий Ареопагит, Юстин Философ, Григорий Чудотворец, Климент Александрийский, Кирилл Иерусалимский, Афанасий Великий, Василий Великий, Григорий Богослов, Иоанн Златоуст, Григорий Нисский, Кирилл Александрийский и другие), церковно-исторические книги на греческом и латинском языках (Акты соборов Вселенских и Поместных, История Евсевия Кессарийского, Никифора Каллиста, История Флорентийского Собора и прочее). Среди книг светских были Плутарх, Демосфен, Геродот, Страбон, Аристотель, Византийские хроники; с востока привезено было 498 рукописей из разных монастырей. (Из перечней Домовой Казны. Перечислено у Иконникова «Новые Труды и материалы о Патриархе Никоне». Киевские Университетские Известия 1888 г. № 6). В месте с этими книгами были книги по физике, географии, грамматике, логике, космографии, разные лексиконы, карты. Никон сознавал важность библиотеки».