Царская армия собиралась медленно: мешала распутица и уклонение дворян от службы, но к декабрю все же набрали до 40–60 тысяч воинов. В то же время в отряде самозванца начался мятеж наемников, Мнишек со своими людьми вернулся в Польшу, и «царевич» был вынужден бежать, сняв осаду с небольшой крепости 11 овгорода-Северского. Но даже потеряв часть армии, самозванец двигался в глубь страны и занял Севск. Неудача показала, что успех похода обеспечат не иноземцы, а поддержка русских людей, верящих в приход «доброго царя»: основу армии самозванца теперь составляли казаки (4000 запорожских и несколько сот донских) и крестьяне, лишь немногих наемников удержали иезуиты. 21 января 1605 г. эти силы у села Добрыничи встретила усиленная лучшими дворянскими полками царская армия. Мощный залп пушек и тысяч ружейных стволов, который дала в решающий момент боя русская пехота, заставил польскую конницу в ужасе бежать. Лжедмитрий потерял всю артиллерию, почти всю пехоту и знамена, а сам лишь случайно избежал плена и ушел в Путивль. Казалось, дело проиграно.
Победители отнеслись к мятежникам как к преступникам: захваченных в бою русских служилых людей и крестьян поголовно повесили; в дворцовой Комарицкой волости, особенно активно поддержавшей Лжедмитрия, убивали не только мужчин, но женщин и детей; села отдали грабить касимовским татарам, входившим в царскую армию. Считая войну выигранной, командование ошибалось: репрессии заставили сторонников самозванца сражаться с отчаянием обреченных, города твердо стояли за «прирожденного государя». Война затянулась, а дворяне не привыкли воевать так долго, и царская армия быстро таяла. Воеводы предложили ее распустить, но Годунов не согласился. Тем временем мятеж охватил и южные земли, где в крепостях засечной черты (Елец, Ливны, Воронеж, Белгород, Царев-Борисов) стояли большие гарнизоны казаков и стрельцов. Стремясь не допустить соединения повстанцев южных городов и Северской земли, царское войско осадило выгодно расположенную крепость Кромы, под которой сосредоточило осадную артиллерию. Стены сравняли с землей, но казаки удержались в вырытых окопах, а в армии тем временем вспыхнула эпидемия. Помещики не понимали, зачем держать огромную армию у маленькой крепости, а кроме того, они давно не были в усадьбах и волновались за свое хозяйство.
Укрепившийся в Путивле, самозванец пытался призвать на помощь кого угодно — турецкого султана, казаков, польского короля, но никакой поддержки не нашел. Зато в России «прелестные» письма Лжедмитрия имели успех, и он принимал все меры к тому, чтобы доказать свою подлинность. В Путивле Лжедмитрий стал прямо называть себя царем и жаловать немногих перешедших к нему бояр и дворян думскими чинами.
Но все же шансы на победу были ничтожно малы, пока на троне сидел законно избранный царь. Круг тех, на кого мог опереться царь Борис, уже резко сократился. Большинство воевод в армии имели причины быть недовольными Годуновым: в последние годы он был скуп на повышения и жалованье, у многих родственники находились (или побывали) в ссылке, другие же сами пережили государеву опалу. У царя почти не осталось преданных бояр: старая, еще грозненских времен годуновская «команда» отошла от дел, многие умерли. Молодые же Годуновы выросли при дворе, в годы, когда войн почти не было. Им не пришлось бороться за власть, поэтому они не научились действовать в минуты опасности.
За последние годы резко ухудшилось не только отношение москвичей к Годунову: переменился и сам царь.
Борис часто болел: по-видимому, он не был физически крепким человеком, а тяжелая борьба за власть и трудности управления государством подкосили его. Медицина того времени плохо помогала именно людям знатным и богатым, потому что в состав дорогих лекарств входили вредные для организма соединения ртути и свинца, драгоценные металлы, толченые драгоценности и другие наносящие урон здоровью соединения. Борис почти не покидал дворца, стал нелюдим, обратился к «чернокнижию» и, одновременно, впал в преувеличенное благочестие. Подозрительный почти как Иван Грозный, Годунов расширил хорошо знакомую ему систему сыска и поощрял холопов к донесению на господ, что открыло возможность громких процессов над знатью, в том числе над Шуйскими. Их обвиняли в попытках отравить или «испортить» колдовством государя и его семью, в сношениях с «ведунами и ведуньями». Террор сильно затронул и нижние слои общества, где велика была поддержка «правильного» царя: тех, кто осмеливался хотя бы произнести имя «Дмитрий», жестоко пытали и казнили. Увеличение числа доносчиков лишь ожесточало людей: неудивительно, что, когда Борис Годунов умер 13 апреля 1605 г. ужасной смертью (у него внезапно хлынула из носа и ушей кровь), народ увидел в этом божью кару, а знать — возможность избавиться от наследников «выскочки».