Ответом на реформу, ограбившую крестьян, стали повсеместные протесты и выступления, охватившие московскую губернию. Москва ответила на нее студенческими волнениями. Первое крупное столкновение учащейся молодежи с полицией в пореформенной Москве произошло 12 октября 1861 года. Студенты пришли к зданию генерал-губернатора с требованием об освобождении арестованных накануне товарищей, вступивших в конфликт с профессорами и попечителем учебного округа. Полиция, конные жандармы вместе с лавочниками-охотнорядцами набросились на них и начали избивать. Это побоище получило название «Битвы под Дрезденом», так как произошло возле гостиницы «Дрезден», располагавшейся на Тверской площади напротив генерал-губернаторского дома.
То разгораясь, то затухая, студенческие волнения в Москве продолжались почти до самого конца столетия. Так, когда в апреле 1878 года в Москву проездом прибыли студенты, высланные из Киева за участие в «беспорядках», москвичи устроили им восторженную встречу. Однако завершилась она также побоищем, которое учинили охотнорядцы. 2 октября 1884 года возле здания университетской типографии на Страстном бульваре состоялась студенческая демонстрация против нового реакционного устава, фактически ликвидировавшего университетскую автономию. (Она получила название «Катковской» по имени поддерживавшего этот устав реакционера М. Н. Каткова.) Позднее волнения вспыхнули вновь, из университета и Петровской академии было исключено более ста человек, университет временно закрыт. Около 700 человек было заключено в Бутырки после студенческих волнений в марте 1890 года.
Антиправительственные настроения проявились в Москве на первом земском съезде, который высказался в марте 1879 года за введение конституционного строя, позднее во время чествования приехавшего в этом же году И. С. Тургенева и, в особенности, на открытии памятника А. С. Пушкину на Страстной площади 6 июня 1880 года. Академик А. Ф. Кони писал: «В затхлой атмосфере застоя, где все начало покрываться ржавчиной отсталости, вдруг пронеслись струи чистого воздуха — и все постепенно стало оживать. Блестящим проявлением такого оживления был и пушкинский праздник в Москве».
Значительна роль Москвы в распространении марксизма в России. В начале 1890-х годов в Москве создаются первые марксистские кружки. Теория марксизма утверждалась в борьбе со взглядами народников. В январе 1894 года, на нелегальном собрании в квартире Залесской в доме на Воздвиженке (ныне проспект Калинина, дом не сохранился) состоялось первое в Москве выступление В. И. Ленина, который подверг сокрушительной критике воззрения либерального народника В. П. Воронцова. Весной того же года на нелегальном собрании в квартире рабочего К. Ф. Бойе (Немецкая — ныне Бауманская улица, 23) представители рабочих кружков создали Центральный рабочий кружок, заложивший основу московской социал-демократической организации. В 1895 году в лесу близ Вишняков состоялась первая рабочая маевка. 10 марта 1898 года на нелегальном собрании в Капцовском училище (Леонтьевский переулок — ныне улица Станиславского, 19) образован Московский комитет Российской социал-демократической партии.
Москва вступала в XX век как один из крупнейших быстро растущих городов Европы. За 40 лет население пореформенной Москвы увеличилось более чем в два раза: с 400 тысяч до миллиона жителей. За это же время ее территория возросла с 71 до 177 кв. километров.
Превратившись в один из центров революционного движения России, «вторая столица» стала вместе с тем цитаделью русского капитала, в которой еще прочные позиции занимали монархисты и черносотенцы. С одной стороны, это была все еще «большая деревня» с океаном ветхих домишек и деревянных изб на окраинах, садами и огородами, с другой — древняя «златоглавая» столица с «сорока сороками» каменных церквей, роскошными торговыми пассажами, комфортабельными кварталами и могучим краснокирпичным Кремлем в центре. На одном полюсе находились сохранившие кое-где патриархальный уклад барские дворцы-усадьбы, выставленная напоказ архитектурная вакханалия и западный лоск кичливых буржуазных особняков, господство всеядной эклектики и входившая в моду томная грация модерна, на другом — угрюмые каменные коробки и дымящие трубы быстро умножавшихся фабрик и заводов, кричащая нищета рабочих казарм, босяцкое «дно» и грязные ночлежки Хитровки.