Правительство Бориса Годунова сразу же официально заявило, что этот человек — самозванец, даже назвало его имя — Григорий Отрепьев, беглый дьякон Чудова монастыря, а настоящий царевич Дмитрий действительно погиб, о чем было произведено полное дознание.
Между тем объявившийся царевич был признай польским правительством настоящим сыном русского царя и законным претендентом на русский престол. Дмитрий обратился к польскому королю с просьбой помочь ему войском.
Осенью 1604 года царевич Дмитрий с польским войском перешел границу и двинулся в направлении Москвы.
Весной 1605 года умер Борис Годунов.
По пути на Москву к армии царевича Дмитрия присоединились русские отряды казаков и крестьян, а после смерти Бориса Годунова на сторону царевича перешла вся армия.
20 июня 1605 года Дмитрий вступил в Москву, радостно приветствуемый народом.
В исторические работы о Смуте этот персонаж вошел под именем Лжедмитрия I. Но одновременно с версией о его самозванстве и среди ученых, и в народных преданиях до сих пор существует мнение, что он был действительно сыном Ивана Грозного. Тем более трудно было разобраться в этом современникам. Народ поддерживал царевича, особенно в начале его правления, до тех пор, пока не наступило время расплачиваться ему с поляками за помощь, а плата эта заключалась в измене национальным интересам: он увеличил налоги и подати, отдал Польше ряд русских территорий, позволил оккупантам притеснять и грабить народ, оскорблять православных священников и насмехаться над православной верой. Для руководства страной он образовал Сенат и назначил сенаторами знатных и известных людей. Казанский митрополит Гермоген также получил звание сенатора и был вызван в Москву.
Сенат должен был одобрить венчание Лжедмитрия и дочери польского магната Ежи Мнишека, Марине Мнишек. Марина Мнишек была католичкой и, по замыслам интервентов, должна была остаться ею, и став царицей России.
Гермоген потребовал, чтобы царская невеста перед венчанием приняла православие, и твердо стоял на своем, за что и был отослан обратно в Казань.
Так как грабежам и издевательствам интервентов подвергался не только простой народ, но и знатные люди, то среди бояр составился заговор во главе с боярином князем Василием Шуйским, и 17 мая 1606 года Лжедмитрий I был убит. Царем был избран Василий Шуйский.
После свержения первого самозванца Гермоген приехал в Москву на собор епископов, который собрался для низложения польского ставленника патриарха Игнатия. Собор возвел Гермогена в сан Патриарха Всероссийского.
Гермоген первым делом объявил о самозванстве Лжедмитрия, о том, что истинный царевич Дмитрий мертв и что все называющие себя его именем, — самозванцы. Прах царевича Дмитрия был перевезен в Москву и похоронен в Архангельском соборе, рядом с могилами его отца и братьев.
В январе 1611 года поляки заключили Гермогена в темницу Чудова монастыря. Его морили голодом, давая «на неделю сноп овса и мало воды», от него требовали, чтобы он отправил в создаваемое в провинции народное ополчение иное послание, в котором было бы сказано, что он запрещает ополченцам идти на Москву и повелевает разойтись. Гермоген отказался и из темницы благословил взять в ополчение войсковой святыней Казанскую икону Божией Матери.
В марте 1611 года в Москве началось восстание против оккупантов. Бои шли на улицах. Но силы были неравны, польские, немецкие и шведские отряды жгли город и вытесняли повстанцев на окраины. В то время, когда восстание было уже практически подавлено, к Москве подошло Первое народное ополчение, созданное в Рязани, и в ополченский отряд, стоявший возле Новодевичьего монастыря, занятого польским войском под командованием литовского гетмана Ходкевича, из Казани доставили список Казанской иконы Божией Матери. Ополченцы начали наступление и освободили монастырь. Это сражение вошло в историю под названием «гетманский бой».
В 1611 году Москву освободить не удалось. Но в Нижнем Новгороде уже собиралось новое ополчение под руководством Минина и Пожарского. Поляки и бояре-изменники потребовали от Гермогена, чтобы он написал в Нижний, что не благославляет нового похода на Москву, на что Гермоген ответил: «Да будут благословенны те, которые идут для очищения Московского государства, а вы, изменники, будьте прокляты!»
Гермоген умер в темнице 17 февраля 1612 года.
В марте 1612 года из Нижнего Новгорода выступило Второе ополчение, и войсковой иконой в нем была Казанская икона Божией Матери, та, с которой сражались воины в «гетманском бою».