Казанский собор занял особое место среди московских храмов. Он пользовался исключительным вниманием царской семьи. Крестные ходы 8 июля — в память явления Казанской иконы и 22 октября — в память освобождения Москвы происходили с особой торжественностью, в них обязательно принимали участие царь, царская семья, придворные и высшие вельможи. Порядок, чин, размещение участвующих в процессии подчинялись строгим правилам.
Царский крестный ход в Казанский собор из Кремля и от него в Кремль, кроме церковного молитвенного значения, приобретал явный политический оттенок: размещение участников в процессии отражало существовавшее на это время положение при дворе того или иного вельможи.
Участие царя в крестном ходе с Казанской иконой способствовало усилению, как говорили тогда, «народной любви» к нему. Поэтому наследовавший трон сын Михаила Федоровича царь Алексей Михайлович проявлял еще большее усердие в почитании чудотворного образа. Если Михаил Федорович иногда пропускал крестный ход 8 июля на так называемую летнюю Казанскую и обязательно присутствовал только на обедне зимней Казанской 22 октября, то Алексей Михайлович считал для себя обязательным присутствие, как отметила летопись, «неотступно у всех праздников». Кроме того, он стоял не только обедню, но и вечерню кануна и всенощную праздника.
К. А. Вещилов. Аввакум в Казанском соборе. Картина. Воспроизведена на открытке 1916 г.
Сам Казанский собор, являясь фактически царским, придворным (в некоторых документах его называли «теремным», то есть домашним храмом), также находился под властным контролем государя, который использовал его для осуществления влияния на церковную жизнь, ставя туда своих священников.
В Казанском соборе берет начало драма церковного раскола в России, роковое влияние которого на жизнь народа и страны сохраняется до нашего времени.
В 1640-е годы при царе Алексее Михайловиче, выказывавшем интерес к просвещению и нововведениям во всех областях государственной и частной жизни, сложился кружок из нескольких кремлевских священников и молодых бояр, разделявших его стремление к преобразованиям. Они называли себя «ревнителями благочестия» и доказывали необходимость реформирования церковных служб, чтобы сделать их более понятными для народа и тем самым усилить влияние на него церкви, а также считали нужным принять некоторые законы, повышающие статус духовенства.
В кружок «ревнителей благочестия» входили духовник царя Стефан Вонифатьев, ближний боярин Федор Ртищев, священник-ключарь Успенского собора Иван Неронов, талантливый проповедник и писатель протопоп Аввакум и другие. Для успешной проповеди своих взглядов им нужна была кафедра, и не было в Москве лучшей кафедры, чем Казанский собор. Формально назначение священника зависело от патриарха, и царь обращается к нему с ходатайством за Ивана Неронова, в котором, кроме прочего, содержится и оценка выгодного местоположения Казанского собора. «Да поставлен будет, — пишет царь о Неронове, — протопопом к церкви Пречистыя Богородицы Казанские, яже посреди царствующего града на Красной площади, того ради, яко та церковь посреди торжища стоит и мног народ по вся дни непрестанно в ней бывает, да слышаще учение его сладкое народ отвратят сердце своя от злых обычаев и навыкнут добрых дел».
Неронов был назначен протопопом Казанского собора. Он ввел в практику проповеди — «речи с толкованием», к росписи храма добавил надписи — краткие изречения христианских истин — «поучительные словеса» и, как пишет современник, «мног народ прихождаху… в церковь отовсюду».
Но в окружении царя Алексея Михайловича появился новый, более жесткий церковный реформатор — митрополит Новгородский Никон, ставший позже патриархом. Сначала он вошел в кружок «ревнителей благочестия», затем повел против его членов интриги. По его навету была осуществлена расправа над «ревнителями благочестия», они были изгнаны из Казанского собора, многие подверглись пыткам и казням. Все это описано в известном «Житии протопопа Аввакума, им самим написанном».
Будучи публичной кафедрой духовной церковной реформы, Казанский собор также неоднократно становился местом публичной демонстрации гражданских политических акций.