Впоследствии церковь перестраивалась и обновлялась, в последний раз — в 1901 году. В 1920-е годы ее отреставрировали как выдающийся памятник истории и архитектуры.
Ф. Я. Алексеев. Вид на Владимирские ворота с Мясницкой улицы. Картина 1800 г.
Тогда внутри церкви, в трапезной, еще сохранились старинные надгробные плиты XVII–XVIII веков, на которых можно было прочесть известные аристократические фамилии князей Щербатовых, Волынских, Урусовых и другие. Было там и одно надгробие простого человека — «арифметических школ учителя» Леонтия Филипповича Магницкого.
Л. Ф. Магницкий скончался в 1739 году. За десять лет перед этим вышел императорский указ «О непогребении мертвых тел, кроме знатных персон, внутрь городов и об отвозе оных в монастыри и к приходским церквам за город». Магницкого никак нельзя отнести к числу «знатных персон», поэтому его захоронение в этой церкви представляется весьма необычным.
По происхождению Магницкий был крепостным крестьянином Осташковской патриаршей слободы, что на озере Селигер. Он родился в 1669 году. Священник местной церкви уже после смерти Магницкого записал сохранившиеся в памяти земляков предания о его молодых годах. «В младых летах неславный и недостаточный человек, — рассказывают они, — работою своих рук кормивший себя, он прославился здесь только тем, что, сам научившись чтению и письму, был страстный охотник читать в церкви и разбирать мудреное и трудное».
В. А. Милашевский. Церковь Гребневской иконы Божией Матери. Рисунок 1930 г.
Однажды юношу Магницкого послали с рыбным обозом в Иосифо-Волоколамский монастырь, игумен которого, узнав, что он грамотен, оставил его при себе. Известно, что затем некоторое время Магницкий жил в московском Симоновом монастыре, кажется, монастырское начальство имело намерение подготовить его к священническому сану. По каким-то причинам, возможно, потому, что был податным крестьянином, Магницкий не смог учиться в Славяно-греко-латинской академии, но самостоятельно овладел греческим, латинским, немецким и итальянским языками, изучил преподаваемые в академии науки по книгам, самоучкою, то есть, как выразился его современник, «наукам учился дивным и неудобовероятным способом». В конце 1690-х годов Магницкий работал домашним учителем в Москве, обучая детей богатых людей грамоте и счету. Однажды, рассказывает предание, когда он давал очередной урок в доме боярина, хозяина посетил Петр I. Царь был в хорошем настроении, заговорил с учителем и пришел в еще более хорошее расположение духа, когда услышал, что тот на его вопросы из разных наук отвечает толково и уверенно. У Леонтия, как тогда у всех русских крестьян, фамилии не было, и Петр, заметивший, что дети льнут к учителю, сказал: «Поелику ты притягиваешь отроков к себе, словно магнит, то повелеваю тебе впредь именоваться Магницким».
Страница из «Арифметики» Л. Ф. Магницкого. Издание 1703 г.
Когда в 1701 году была открыта Навигацкая школа — первое в России математическое училище, для нее потребовался учебник математики, поскольку тогда не было ни одного такого учебника на русском языке. Дьяк Оружейной палаты Алексей Курбатов указал на Магницкого как на человека, способного его «сочинить».
По этому поводу последовал именной указ Петра I о зачислении «осташковца Леонтия Магницкого» в учителя Навигацкой школы с поручением «чрез труд свой издать ему на Словенском диалекте избрав от арифметики и геометрии и навигации поелику возможную к тиснению книгу».
За полтора года Магницкий «сочинил» учебник. Книга получилась объемистая — более 600 страниц, но зато в ней излагался полный курс изучаемых в школе математических наук: арифметика, алгебра, геометрия, тригонометрия и кораблевождение. Учителя и учащиеся называли учебник просто «Арифметика». Но полное название книги, по обычаю того времени, было длинное, обстоятельное и занимало весь титульный лист. Начиналось оно собственно названием: «Арифметика, сиречь наука числительная», далее сообщалось, что издана она повелением царя Петра Алексеевича (приводился полный его титул) в его царствование в богоспасаемом царствующем граде Москве, потом говорилось, кому и для чего книга предназначалась: «ради обучения мудролюбивых российских отроков и всякого чина и возраста людей».