В указе о назначении Магницкого учителем Навигацкой школы он назван просто „осташковцем“, это значило, что официально он оставался крестьянином, платившим подать в этом уезде, и не имел ни чина, ни какой-либо государственной должности. Не было у него и собственного дома, хотя он уже был женат и имел детей. После выхода „Арифметики“ и благосклонного к ней отношения Петра I Магницкий получил возможность обратиться к императору с челобитной о награде за труды, которая, можно было надеяться, не будет отвергнута.
Магницкий обратился с просьбой о пожаловании „двора“.
Его прошение было удовлетворено, и „ему, Леонтию, и жене и детям во род ради вечного владения“ были пожалованы „дворовые земли“ в Белом городе на Лубянской площади в приходе церкви Великомученика Георгия, что в Старых Лучниках.
В указе говорится, за что следует пожалование, а именно — за сочинение „Арифметики“ и в связи с отсутствием у челобитчика жилья. В указе имеется и описание пожалованного участка: „Порозжее место, на котором преж сего был старый тюремный двор, а после де того жили певчие Степан Евлонский да Федор Хвацовский, да церкви Николая Гостунского протопоп Сава. А мера того места: длиннику пятнадцать, а поперечнику с семнатцать сажен. После пожарного времени вышепомянутые жители на том месте не живут, и палата жилая от пожарного случая обвалилась и ни от кого же (не) строитца для того, что у них есть иные дворы. И чтоб Ево, Великого Государя, милостивым повелением то место (…) отдать ему, Леонтью, а палатку и иные домовного хоромного строения нужды сделать из Оружейной палаты“. Таким образом Магницкий получил за „сочинение“ школьного учебника землю и дом с дворовыми постройками.
Видимо, императорские слова о всенародной пользе, которую принесли труды Магницкого, давали ему особый статус в обществе, и это послужило причиной того, что по смерти он был похоронен даже не в своей приходской церкви, а в престижном, основанном царем храме, что, безусловно, являлось знаком особого уважения и почета. Для сведения же будущих поколений на его надгробии было написано о великих заслугах школьного учителя:
„В вечную память (…) Леонтию Филипповичу Магницкому, первому в России математики учителю, здесь погребенному мужу (…) любви к ближнему нелицемерной, благочестия ревностного, жития чистого, смирения глубочайшего, великодушия постоянного, нрава тишайшего, разума зрелого, обхождения честного, праводушия любителю, в слугах отечеству усерднейшему попечителю, подчиненным отцу любезному, обид от неприятелей терпеливейшему, ко всем приятнейшему и всяких обид, страстей и злых дел силами чуждающемуся, в наставлениях, в рассуждении, совете друзей искуснейшему, правду как о духовных, так и гражданских делах опаснейшему хранителю, добродетельного житья истинному подражателю, всех добродетелей собранию; который путь сего временного и прискорбного жития начал 1669 года июня 9-го дня, наукам изучился дивным и неудобовероятным способом. Его Величеству Петру Первому“ для остроумия в науках учинился знаем в 1700 году и от Его Величества, по усмотрению нрава ко всем приятнейшего и к себе влекущего, пожалован, именован прозванием Магницкий и учинен российскому благородному юношеству учителем математики, в котором звании ревностно, верно, честно всеприлежно и беспорочно служа и пожив в мире 70 лет 4 месяца и 10 дней, 1739 года, октября 19-го дня, о полуночи в 1 часу, оставя добродетельным своим житием пример оставшим по нем благостно скончался».
При сносе Гребневской церкви в начале 1930-х годов (храм сносили не сразу, а по частям — с 1927 по 1935 год) были обнаружены надгробная плита Магницкого (находится в Историческом музее) и его захоронение: прах «первого в России математики учителя» покоился в старинном гробе — дубовой колоде, в изголовье лежали чернильница в виде лампадки и гусиное перо…
В самом начале Мясницкой, справа от подземного перехода, стоит один из корпусов ФСБ, к главному входу в него со стороны улицы ведет мощная гранитная лестница. На месте лестницы и входа и находилась церковь Гребневской иконы Божией Матери. Проходя мимо, вспомните, что где-то здесь, под асфальтом, покоится прах первого в России «математики учителя»…
Нет над ним «ни камня, ни креста», как поется в известной песне, справедливы и слова песни о том, что служил он «во славу русского флага». Было бы справедливо установить на этом месте его старинное надгробие или памятный знак.