В 1792 году в Московскую Тайную экспедицию был взят Н. И. Новиков. Говоря о двуличности Екатерины II, «Тартюфа в юбке и в короне», А. С. Пушкин писал: «Екатерина любила просвещение, а Новиков, распространивший первые лучи его, перешел из рук Шешковского в темницу, где и находился до самой ее смерти».
Павел I повелел выпустить узников, заключенных Екатериной II в тюрьмы Тайной экспедиции. Современник рассказывал об освобождении арестантов из Московской Тайной экспедиции: «Когда их выводили во двор, они и на людей не были похожи: кто кричит, кто неистовствует, кто падает замертво… На дворе с них снимали цепи и развозили кого куда, больше в сумасшедший дом». Александр I в 1801 году, снова, как его дед, уничтожил Тайную экспедицию. Дом на Лубянке перешел к городу, в нем помещались затем разные учреждения.
С годами о застенке на Лубянской площади стали забывать. Неожиданно он напомнил о себе сто лет спустя. В. А. Гиляровский в очерке «Лубянка» рассказывает: «В начале этого столетия возвращаюсь я по Мясницкой с Курского вокзала домой из продолжительной поездки — и вдруг вижу: дома нет, лишь груда камня и мусора. Работают каменщики, разрушают фундамент. Я соскочил с извозчика и прямо к ним. Оказывается — новый дом строить хотят.
— Теперь подземную тюрьму начали ломать, — пояснил мне десятник.
— А я ее видел, — говорю.
— Нет, вы видели подвальную, ее мы уже сломали, а под ней еще была, самая страшная: в одном ее отделении картошка и дрова лежали, а другая половина была наглухо замурована… Мы и сами не знали, что там помещение есть. Пролом сделали и наткнулись мы на дубовую, железом кованную дверь. Насилу сломали, а за дверью — скелет человеческий… Как сорвали дверь — как загремит, как цепи звякнули… Кости похоронили. Полиция приходила, а пристав и цепи унес куда-то.
Мы пролезли в пролом, спустились на четыре ступеньки вниз, на каменный пол; здесь подземный мрак еще боролся со светом из проломанного потолка в другом конце подземелья. Дышалось тяжело… Проводник мой вынул из кармана огарок свечи и зажег… Своды… кольца… крючья…
Дальше было светлее, свечку погасили.
— А вот здесь скелет на цепях был.
Обитая ржавым железом, почерневшая дубовая дверь, вся в плесени, с окошечком, а за ней низенький каменный мешок… При дальнейшем осмотре в стенах оказались еще какие-то ниши, тоже, должно быть, каменные мешки».
На месте бывшей Тайной экспедиции было построено здание для Духовной консистории — синодской канцелярии.
После пожара 1812 года к Лубянской площади были присоединены «три обывательских владения, — как сказано в решении Комиссии для строений в Москве, ведавшей восстановлением города, — без строений ныне остающиеся» — видимо, выморочные участки; были снесены петровские укрепления, засыпан ров, стены и башни Китай-города приведены «в их вид, соответствующий древности», другие же участки по периметру образовавшейся площади проданы частным лицам под застройку. Участок по левой стороне площади (если смотреть от Никольской башни) от Театрального проезда до Пушечной улицы (сейчас его занимает универмаг «Детский мир») приобрел князь А. А. Долгоруков и выстроил двухэтажный длинный дом, первый этаж которого был приспособлен под лавки и сдавался торговцам. В этих «долгоруковских рядах» снимали помещение торговцы самыми разными товарами: в 1830-е годы тут торговал, среди прочих, И. Дациаро — владелец фирмы, специализировавшейся на продаже эстампов, гравюр и картин, — внешний облик Москвы 1830–1840-х годов мы представляем в основном по нескольким сериям «Виды Москвы», изданных им. В 1890–1900-е годы в одном из помещений находился трактир Колгушкина, который посещали издатели и авторы «народных книг».
Лубянская площадь. Литография по рисунку С. Дитца. 1850 г.
В 1880-е годы сзади Долгоруковских лавок был пристроен магазин «Лубянский пассаж», оборудованный на европейский манер, наподобие других появившихся тогда в Москве магазинов-пассажей.
По правой стороне Лубянской площади, на месте разобранного за ветхостью дома Университетской типографии, в 1823 году трехэтажный большой дом выстроил Петр Иванович Шипов — личность весьма таинственная. В одних источниках его называют камер-юнкером, в других — камергером. В. А. Гиляровский называет его генералом, известным богачом, человеком, «имевшим силу в Москве», перед которым «полиция не смела пикнуть». Однако никто из писавших о Шипове современников не сообщает никаких сведений о его происхождении и биографии.