На южной стене правого придела расположена плащаница «Положение во гроб». По иконографии и технике выполнения она относится к первой половине XIX века. Ее композиция представляет собой изображение лежащего на ложе Спасителя в окружении святых и ангелов. В левом крае — лестница, в правом — столб с петухом на вершине. Верх и низ композиции оформлены декоративными ветвями. Кайма вокруг средника состоит из тропаря и растительного орнамента. Плащаница поступила в монастырь со значительными повреждениями, и даниловским реставраторам (Ирине Датиашвили и Марине Калининой) пришлось немало потрудиться, чтобы максимально приблизить ее к первоначальному виду. Для этого применялись методы не только реставрации, но и реконструкции, например, были заново отшиты утраченное крыло ангела слева, а также фрагменты орнамента и ложа. Реконструкция производилась с использованием старинных материалов.
В 1988 в подклете Троицкого собора был освящен храм в честь Рождества Пророка, Предтечи и Крестителя Господня Иоанна с приделом Святителя Тихона, Патриарха Московского и всея России. Храм напоминает древние пещерные храмы: здесь почти нет дневного света (лишь небольшое оконце над лестницей), массивные столпы несут низкие своды. Основным украшением интерьера храма и придела являются белокаменные алтарные преграды с богатой резьбой по лицевой поверхности.
В честь 25-летия возрождения Данилова монастыря Посольство Франции подарило икону священномученик Рустика. Этот святой, живший в III веке, почитается как православными, так и католиками. Согласно преданию, обращенный апостолом Павлом святой Дионисий Ареопагит отправился с проповедью в западные страны, сопровождаемый пресвитером Рустиком и диаконом Елевферием. Многих они обратили ко Христу в Риме, а затем в Германии и Испании. В Галлии (нынешней Франции) во время преследования христиан языческими властями исповедники были схвачены и заключены в темницу. За распространение веры и нежелание отречься от Христа по приказанию правителя Галлии Сисиния они подверглись жестоким истязаниям, а затем их обезглавили в Париже на Монмартре («Монмартр» дословно переводится как «Гора мучеников»).
В православной традиции иконографии святого Рустика не существует. Иконописцу, который написал житийный образ святого покровителя Парижа, пришлось разрабатывать ее схему, сочетая научный подход и духовное осмысление темы, опираясь на житие святого.
На юго-восточной стене храма находится икона святой великомученицы Екатерины, которая является списком, «истинным изображением и мерой», знаменитой иконы из монастыря Святой Екатерины на Синае. Этот образ был подарен обители благочестивой супружеской парой в благодарность за то, что их молитва была услышана — в семье родился долгожданный ребенок.
Храм Преподобного Серафима Саровского расположен в северной части подклета Трапезного корпуса, примыкающего к монастырской стене. Над храмом воздвигнута небольшая золоченая главка с крестом.
В конце XIX века в западном проеме Святых врат была устроена часовня, возобновленная в 1983. Храм во имя преподобного Серафима Саровского был освящен здесь 11 февраля 1988. Именно в этот день в 1903 Святейший синод принял решение о прославлении преподобного. Устроение храма обусловлено всенародным почитанием Саровского чудотворца и пожертвованием в Данилову обитель связанных с ним святынь.
Убранство храма состоит из двухъярусного резного позолоченного иконостаса и ажурной литой решетки на солее. В алтаре — престол и жертвенник из белого резного камня. Стены храма были украшены росписью на темы жития преподобного Серафима. В процессе ремонта в 2000-х ее убрали.
Икона преподобного Серафима с частицей его святых мощей является чтимым списком с иконы, написанной в 1912 ярославскими мастерами для Серафимо-Знаменского скита под Москвой. Она была создана по заказу настоятельницы скита схиигумении Фамари (Марджановой) ко дню его освящения.