В 1740-е годы экономическое положение Воскресенского Новоиерусалимского монастыря значительно улучшилось. Благодаря вниманию к монастырю императрицы Елизаветы Петровны (1741 - 1761), землевладение его в эти годы не только восстановилось, но даже возросло. Новый Иерусалим снова стал одним из крупнейших землевладельцев России. В этот период проводятся широкомасштабные, крупнейшие после XVII века строительные работы по Воскресенскому собору, пересоздавшие его архитектурный облик. Талантливым организатором и руководителем этих работ стал настоятель монастыря Амвросий (А. С. Зертис-Камеиский).
Строительные работы 1740 - 1750-х годов тяжелым бременем легли на плечи монастырских крестьян. Количество работ не было регламентировано, что справедливо воспринималось крестьянами как произвол монастырских властей. В вотчинах Воскресенского монастыря начались волнения. Несколько лет продолжалось открытое выступление против гнета в приписной Тихоновой Воскресенской пустыни Карачевского уезда Орловской губернии.
После смерти Елизаветы Петровны государство снова обратилось к политике секуляризации церковных земель. С 1762 года по указу Петра III все монастырские крестьяне в России переводились в разряд государственных. Крестьяне Воскресенского монастыря разделили между собой монастырские земли, скот, сено и оставленные на посев семена. Но Екатерина II, придя к власти, остановила начатую секуляризацию. По ее указу часть крестьян Воскресенского монастыря должна была платить рублевый оброк, остальные определялись для работ в монастырь. Крестьяне ближайших к монастырю сел отказывались повиноваться, монастырские поля остались незасеянными, с лугов крестьяне косили сено для своего хозяйства. Попытка настоятеля монастыря Амвросия взять под караул одного из руководителей вышедших из повиновения крестьян Алексея Максимова закончилась тем, что на обоз архимандрита было совершено вооруженное нападение, и арестованный Максимов был освобожден. Воинская команда, прибывшая в Новый Иерусалим, занялась розыском и наказанием восставших. Более 200 человек были «биты плетьми нещадно», с них были взяты подписки о послушании монастырским властям.
Через два года Екатерина II завершила секуляризацию церковных земель. Манифестом от 26 февраля 1764 года все монастырские крестьяне были объявлены экономическими и переданы в ведение Коллегии экономии. Воскресенский монастырь потерял все свои огромные владения в 26 уездах десяти губерний России, в которых числилось 13 935 душ мужского пола (по некоторым данным - 16 287 душ). Монастырю было оставлено 30 десятин земли (до реформы было 22 000 десятин) и подворья в Москве. На содержание монастыря была назначена «штатная сумма», составившая около 30 процентов прежних доходов. Новому Иерусалиму были определены штаты монастыря I класса: 33 монаха, 30 послушников, 35 служителей. Указами Синода строго регламентировалась вся хозяйственная деятельность. В этих условиях монастырские власти начинают изыскивать другие источники поступления денег. Сдается в аренду монастырское подворье в Москве, часть доходов и пожертвований помещается в банк под проценты. Путем привлечения все большего числа богомольцев увеличиваются церковные сборы. К 1913 году капитал монастыря составил 600 000 рублей.
В XIX - начале XX века Новый Иерусалим - один из самых популярных в России центров религиозного паломничества. Число посетителей возросло после проведения Николаевской, а затем Виндавской (Рижской) железных дорог и достигло к 1913 году 35 000 человек в год. Монастырь разворачивает активную пропаганду своей истории. Брошюры с описанием «русских палестин», жития патриарха Никона, литографии с видами монастыря печатаются в московских типографиях и продаются в монастырской лавке. Там же богомольцам предлагаются иконы, свечи, кресты и другие предметы культа. Монастырь строит странноприимный дом для бедных паломников и гостиницы для более обеспеченных.