В этот последний период своей истории Воскресенский монастырь продолжает пользоваться усиленным вниманием со стороны императорской фамилии, о чем свидетельствует целый ряд богатых вкладов членов царского дома и придворных в его ризницу.
К XIX веку относится начало научного изучения истории Нового Иерусалима. Но еще ранее внимание ученых привлекли наиболее ценные рукописи из библиотеки Воскресенского монастыря, из той ее части, которая поступила в XVIII веке в Синодальную библиотеку и другие хранилища. Так были обнаружены и опубликованы Воскресенская и Никоновская летописи, «Житие патриарха Никона». В конце XVIII века несколько рукописей были посланы для изучения известному археографу А. И. Мусину-Пушкину. В 1817 году Воскресенский монастырь посетили два крупнейших исследователя древней славянской книжности К. Ф. Калайдович и П. М. Строев. В числе их находок в монастырском книгохранилище был знаменитый «Изборник Святослава 1073 года» - вторая по древности русская датированная рукопись. «Изборник» позднее был передан в Синодальную библиотеку. Его изучение продолжается и поныне (факсимильное издание этой рукописи выпущено издательством «Книга» в 1983 году).
В 1875 году архимандрит Амфилохий (П. И. Казанский) издает выполненное на высоком профессиональном уровне «Описание библиотеки Воскресенского монастыря», в которое вошли 242 рукописи XI - XVIII веков и 135 печатных книг XVI - XVII веков. Воскресенская библиотека и рукописи, происходящие из нее, продолжали привлекать внимание ученых и в дальнейшем. Вследствие этого в 1907 году практически все рукописные книги из монастырской библиотеки были переданы в Синодальную библиотеку, где составили особое Воскресенское собрание. Как и другие рукописные коллекции этой библиотеки, Воскресенское собрание в 1920 году было передано в Исторический музей, где хранится и поныне.
Первое историческое описание монастыря принадлежит архимандриту Сильвестру (Сергию Старгородско-му), рукопись датирована 1786 годом. Целый ряд работ популярного характера (А. Н. Муравьева, И. М. Снегирева и других) относится к первой половине XIX века. Крупнейшим историком монастыря стал архимандрит Леонид (Л. А. Кавелин). Исследователь памятников христианского Востока, рукописей Нового Иерусалима, калужских древностей и надписей Троице-Сергиевой лавры, архимандрит Леонид занял почетное место среди археографов своего времени. Капитальный труд «Историческое описание Воскресенского, Новый Иерусалим именуемого монастыря», изданный им в 1876 году, содержит не только исторический очерк, но и публикацию многих ныне утраченных ценных документов XVII века.
Архимандрит Леонид первым начал создавать монастырский музей. С 1870-х годов в нескольких палатах были выставлены личные вещи патриарха Никона, парсуны, иконы, книги, ткани из собрания монастыря.
Знаменитый памятник русской истории и архитектуры под Москвой издавна привлекал к себе внимание деятелей культуры. Известны стихи Г. Р. Державина 1791 года:
На Истре Воскресенск в России знаменит,
И Новым свет его Иерусалимом чтит…
Поэт Н. М. Языков в письме своему брату А. М. Языкову от 16 августа 1830 года писал: «Третьего дня воротился я из путешествия в Новый Иерусалим, продолжавшегося с неделю; ездил туда с Погодиным, воспользовавшись возвращением из Палестины, Сирии и Египта и проч. Андрея Муравьева: он объяснил нам все, что нужно по части нашего Иерусалима сравнительно с истинным… Видели архив, Никонову пустынь и проч. - все это чрезвычайно важно всякому русскому».
Шестнадцатилетним юношей посетил Воскресенский монастырь М. Ю. Лермонтов. Впечатление от архитектуры монастыря отразилось в его ранних стихах:
Пред мной готическое зданье
Стоит, как тень былых годов;
При нем теснится чувствованье
К нам в грудь того, чему нет слов,
Что выше теплого участья,
Святей любви, спокойней счастья.
Быть может, через много лет
Сия священная обитель
Оставит только мрачный след,
И любопытный посетитель
В развалинах людей искать
Напрасно станет, чтоб узнать,
Где образ божеской могилы
Между златых колонн стоял,
Где теплились паникадилы,
Где лик отшельников звучал
И где пред богом изливали
Свои грехи, свои печали.
В 1837 году в Новом Иерусалиме побывал вместе со своим воспитанником, будущим императором Александром II, В. А. Жуковский. В 1842 году монастырь посетил писатель-славянофил 10. Ф. Самарин.