В соборе сохранились керамические порталы XVII века. Бочкообразные колонки большинства из них выложены из большемерных изразцов, которые составляют изумительный по красоте и тщательности исполнения рисунок в виде стилизованного цветка граната. Крупномасштабная композиция, образованная несколькими изразцами и органично связанная с формой архитектурной детали, - принцип архитектурной керамики, впервые получивший воплощение в декоре Воскресенского собора. Высокое качество исполнения, богатство и разнообразие изразцового убранства храма позволяют считать Новый Иерусалим самым значительным центром создания русской архитектурной керамики XVII столетия.
Мастера Нового Иерусалима оказали большое влияние на развитие русской архитектуры и декоративно-прикладного искусства XVII века. Среди трудившихся на строительстве монастыря следует выделить керамистов и мастеров столярного дела, большинство из которых - «родом иноземцы» - переселенцы из Литвы и Белоруссии, из городов Вильно (Вильнюс), Витебска, Орши, Мстиславля.
До 1665 года всеми работами по украшению Воскресенского собора руководил Петр Иванович Заборский. К сожалению, его творческий путь остался для нас неизвестным. По-видимому, П. И. Заборский был художник-универсал. Согласно надписи на сохранившейся надгробной плите на южном фасаде собора у его захоронения, П. И. Заборский был «золотых, серебряных и медных, ценинных и всяких рукодельных хитростей премудрый ремесленный изыскатель». Он был, вероятно, создателем не только большинства изразцовых композиций, но и всей системы убранства Воскресенского собора. Очевидно, хорошо знакомый с искусством и архитектурой Европы, разносторонний художник, он грамотно использовал в системе архитектурного декора ордерные формы. Тщательно проработанный рельеф изразцов, изготовленных по формам П. И. Заборского, характер многих деталей орнаментов на них выдают руку художника-ювелира.
После смерти П. И. Заборского в 1665 году главным художником строительства, как свидетельствуют документы, стал монах Иверского монастыря на Валдае Паи-сий. Имя этого мастера сохранилось на двух монастырских колоколах (уже упоминавшемся Трехсвятском и одном из малых колоколов).
Ведущим керамистом Нового Иерусалима был и Степан Иванович Полубес, выходец из белорусского города Мстиславля. Его керамические порталы и фриз «павлинье око» на Воскресенском соборе - одно из самых ярких достижений новоиерусалимской-керамики. Автором керамического убранства большой главы был «резных дел мастер старец Ипполит», имя которого встречается в монастырских документах. Белорусом был и мастер печных изразцов Игнат Максимов.
Одним из самых приближенных к патриарху Никону мастеров был Сергий Турчанинов. Выходец из московской Кадашевской слободы, он во всех документах называется колокольных дел мастером, его имя отлито практически на всех монастырских колоколах. В декабре 1681 года он стал «строителем» Нового Иерусалима, то есть лицом, ведающим хозяйственными работами и финансами монастыря.
В Новом Иерусалиме начинал свою деятельность известный впоследствии резчик по дереву Клим Михайлов. К сожалению, от резного убранства Воскресенского собора XVII века осталось немного, в частности дубовые резные, частично вызолоченпые створки Красных врат. Их сходство с резными дверями западного входа Успенского собора Валдайско-Иверского монастыря позволяет отнести этот интереснейший памятник к кругу мастеров-белорусов. В соборе сохранилось прекрасное резное распятие, исполненное неизвестным мастером в середине XVII века для Голгофского придела. Фигура Христа, вырезанная из кипарисового дерева в невысоком рельефе и отполированная до мягкого блеска, удивительно гармонична. Облик казненного не искажен страданием и являет собой состояние высокой духовности.
После осуждения и ссылки патриарха Никона все мастера Нового Иерусалима были переведены в Москву. Лучшие из них были взяты в Оружейную палату, многие участвовали в строительстве Кремля и царских усадеб. Степан Полубес стал самым известным керамистом Москвы второй половины XVII века. По всей вероятности, он увез из Нового Иерусалима деревянные формы для изразцов, по которым были изготовлены пояса «павлиньего ока» для таких известных памятников, как церковь Григория Неокесарийского в Москве на Полянке, Покровский собор в Измайлове, соборы бывших Андреевского и Иосифо-Волоколамского монастырей. Рельефные керамические фигуры евангелистов, выполненные Полубесом, украшают главу церкви Успения в Гончарах в Москве и храм Солотчинского монастыря. Старец Ипполит известен как автор керамического убранства глав Верхоспасского собора Московского Кремля и двух деревянных распятий, хранящихся в церквах Теремного дворца. Широко известны работы крупнейшего резчика по дереву Клима Михайлова, принимавшего участие в создании иконостасов Новодевичьего монастыря, одного из авторов великолепной «белорусской рези». Плотники из Нового Иерусалима во главе с Иваном Белозером работали на постройке «восьмого чуда света» - деревянного дворца в Коломенском.