Целостный облик Воскресенского собора, созданный в XVII веке, не сохранился до нашего времени. Он был утрачен в ходе многочисленных переделок.
В начале XVIII века плоские кровли храма, составлявшие исключительную особенность этого памятника, были заменены на скатные. Вместе с ними исчезли и керамические балясники ограждений XVII века.
В 1723 году рухнул грандиозный кирпичный шатер ротонды. Последовавший затем большой пожар 1726 года усугубил тяжелое состояние Воскресенского собора.
В 30-е годы XVIII века вопросами восстановления ротонды Воскресенского собора занимались крупные архитекторы И. Ф. Мичурин, А. П. Евлашев, Д. В. Ухтомский. Они исследовали причины падения шатра, составляли сметы на строительство. Наиболее значительный вклад в восстановительные работы этого периода внес архитектор И. Ф. Мичурин. К 1736 году он восстановил два яруса ротонды, частично сохранив старые стены. И. Ф. Мичурин работал как реставратор, стремясь воссоздать первоначальный облик ротонды. С этой целью для нее была изготовлена керамика по образцу первоначальной. Мичуринский фриз из херувимов второго яруса ротонды, который сохраняется и поныне, в упрощенном варианте повторил изразцовый фриз второго яруса крестовой части. В оформлении окон И. Ф. Мичурин воспроизвел схему керамических композиций XVII века. Но в целом работы по восстановлению ротонды остались незаконченными.
В 1730 - 1750-е годы была значительно перестроена подземная церковь. Она получила пышный восточный фасад в стиле барокко, с овальными окнами, сложного рисунка фронтоном и с двумя световыми на-вершиями (лантернинами) по углам. С юга и с севера появились восьмигранные пристройки-часовни. К этому времени относится и керамический пояс, украшающий верхнюю часть барабана главы подземной церкви и повторяющий в общих чертах триглифно-метопный фриз фасадов Голгофы,
С воцарением Елизаветы Петровны, ставшей актив-рой покровительницей монастыря, связано оживление строительства в Новом Иерусалиме.
Используя результаты исследований 1730-х годов, предполагавших полную перестройку западной части храма на новом фундаменте, знаменитый зодчий Ф. Б. Растрелли создал проект ротонды, исполненный с большим размахом и предусматривающий сооружение кирпичного шатра. Однако неуверенность в прочности оснований строения задерживала его реализацию. Архимандрит Амвросий предложил соорудить деревянный шатер, более легкий по сравнению с кирпичным. Свое предложение он аргументировал ссылкой на деревянный купол палестинского храма.
В основу строительства деревянного шатра лег еще один проект Ф, Б. Растрелли. Деревянная конструкция уникального сооружения была создана итальянским инженером В. Ёернардаччи. Руководил работами московский архитектор К. И. Бланк. Верхний ярус ротонды и шатер были закончены в 1759 году. Пронизанный светом и воздухом, украшенный живописью и резьбой, деревянный шатер Нового Иерусалима по праву относился к наиболее значительным сооружениям русской архитектуры XVIII века. 60 окон-люкарн опоясывали его в три ряда. В интерьере шатра между ярусами окон и на хорах ротонды были помещены 100 картин на библейские темы. Живопись была исполнена в монастырской мастерской под руководством брата архимандрита Амвросия Николая Степановича Зертис-Каменского (в монашестве Никона) - интересного, но ныне забытого русского художника.
Воскресенский собор в середине XVIII века перестраивался и переоформлялся в стиле барокко. В соответствии с новыми требованиями растесали оконные проемы второго и частично первого ярусов, сбив их первоначальные наличники. Белокаменным карнизом был заменен керамический фриз «павлинье око». Над Успенским приделом разобрали световую главу и вместо нее сделали прямоугольную в плане надстройку, придавшую восточному фасаду собора симметричность. Тогда же был сбит аркатурно-колончатый изразцовый декор барабана главы подземной церкви п ордерный декор южного фасада Голгофы.