Церковь Рождества соединена широким арочным проемом с центральной трапезной. Она освещена ровным светом, льющимся из расположенных двумя рядами окон.
Внутренний облик церкви и Трапезных решен практически одинаково. Документы ничего не сообщают об архитектурном убранстве интерьеров Трапезных палат и Рождественской церкви в XVII веке. Вероятно, первоначально расписаны они не были. В середине XVIII века северную палату разгородили на шесть комнат. В них были сделаны плоские потолки, украшенные лепниной, стены были расписаны в стиле барокко. Известный керамист Ян Флегнер соорудил здесь две печи сложной конфигурации из бело-синих изразцов.
В декабре 1941 года, при взрыве монастырского ансамбля, деревянные потолки и перегородки сгорели, сильно пострадали печи. Во время реставрационных работ конца 1950-х годов северной палате вернули ее первоначальный облик. Печи обмерили, разобрали, изразцы от них были переданы в музей. Сохранившаяся печь южной трапезной относится к концу XVIII века. Лепнина XVIII века сохранилась в небольших помещениях восточной части первого этажа церкви Рождества.
К югу от Трапезных палат находятся Больничные палаты с церковью Трех Святителей, построенной в 1698 году. Композиционное решение Больничных палат аналогично Трапезным. В центре выдвинутый на восток высокий объем храма, справа и слева небольшие прямоугольные корпуса. Церковь Трех Святителей сильно пострадала во время пожара 1726 года. До нас не дошел ее первоначальный облик. На гравюре 1710 года с видом на Воскресенский монастырь она изображена с завершением в виде двух глухих восьмериков, несущих главку. Полукруглая апсида Трехсвятского храма утрачена, сейчас с востока находится вход в палаты.
Декоративная обработка фасадов Больничных палат гораздо скромнее декора Трапезных: окна имеют простые килевидные наличники, стены завершаются карнизом малого выноса с тремя рядами поребрика. Строгая симметрия центральной части западного фасада нарушена помещенными на разных уровнях маленькими окошками.
Помещения Больничных палат расположены короткими анфиладами по двум осям, которые пересекаются в центре маленькой трапезной Трехсвятского храма. Они объединены проемами дверей и внутренних окон. Интересны и необычны сквозные ниши с окнами на стыке четверика церкви и ее трапезной с боковыми покоями, предназначавшимися для больных. Второй этаж над Больничными палатами, пострадавший в период Великой Отечественной войны, был разобран.
Больничные палаты примыкают к двум более ранним невысоким сводчатым помещениям с маленькими, лишенными наличников окнами. Уровень их пола гораздо выше полов Больничных палат и старых каменных служб. Эта часть имеет подклет - обширный, квадратный в плане полуподвал, перекрытый высокими сводами. В конце XVIII века М. Ф. Казаков надстроил над этими сооружениями второй этаж. Анфилада комнат второго этажа предназначалась для членов царской семьи, посещавших монастырь. В царские покои ведет отдельный вход с наружной каменной лестницей, оформленной изящной аркадой, также выстроенной по проекту Казакова. Аркада тактично вписалась в композицию восточного фасада всего корпуса Трапезных палат.
С севера к Трапезным примыкают Архимандричьи (Настоятельские) палаты. Их Г-образный в плане корпус выстроен на погребах и имеет в первом этаже сквозные арочные проходы. Второй этаж был соединен деревянными переходами с крепостной стеной. Об этом говорят сохранившиеся на западном фасаде порталы, оформлявшие дверные проемы. Корпус Архимандричьих палат соединен с Трапезными арочной перемычкой, образующей сквозной проход (ныне заложенный) в первом этаже и сводчатый коридор во втором. Оформление входа в жилые помещения второго этажа не сохранилось. На первом этаже располагались служебные и хозяйственные помещения, на втором были собственно покои архимандритов, состоящие из анфилады парадных комнат, очень небольших личных помещений и келейной церкви. Скромный декор фасадов Настоятельского корпуса аналогичен декору Больничных палат.