Украшением интерьеров служили ныне утраченные изразцовые печи и керамические полы.
В 1975 году под руководством архитектора Г. В. Алферовой (1912 - 1984) началась реставрация скита. Были проведены археологические раскопки, в результате которых обнаружены остатки крыльца с западной стороны и большое количество керамики.
До начала исследовательских работ скит принимали за трехъярусное сооружение с подвалом. Однако оказалось, что нижний хозяйственный этаж в XIX веке был засыпан слоем земли до верха окон. Земля была снята, и открылись первоначальные дверные и оконные проемы.
Под слоем поздних побелок обнаружены остатки розового цемяночного раствора. Это позволило восстановить первоначальный цвет здания.
В 1983 году на фасадах скита начата реставрация керамических поясов: Утраченный северный карниз над третьим ярусом сделан полностью, на остальных фасадах восстановлены недостающие изразцы. В результате исследовательских работ появилась возможность реконструировать интерьеры памятника.
Памятники монастырского некрополя находятся внутри Воскресенского собора и на территории монастыря, к югу и к северу от подземной церкви Константина и Елены. В настоящее время сохранилось 74 надгробия. Некрополь, как и весь архитектурный ансамбль, пострадал в годы Великой Отечественной войны. Многие памятники были разбиты, некоторые сдвинуты с места захоронения или исчезли. Документы монастырского архива и литературные источники позволяют получить сведения о несуществующих ныне захоронениях и воссоздать историю монастырского кладбища.
Наиболее древняя часть некрополя - усыпальница XVII века - находится внутри Воскресенского собора. Первые захоронения относятся к 1665 году. Под лестницей, ведущей в придел Голгофы, по распоряжению патриарха Никона были погребены художник Петр Заборский и иподьякон Никита Никитин,
Уже при строительстве собора частично была воспроизведена та система гробниц-святынь, которая существовала в храме-подлиннике в Палестине. По церковному преданию, под Голгофой находились захоронения первого человека Адама и первого ветхозаветного священника Мельхиседека. На этом месте в храме Гроба Господня в Иерусалиме существует придел Иоанна Предтечи, иначе называемый Адамовым. С XII века, времени владычества крестоносцев, в этом приделе помещались гробницы исторических лиц - первых иерусалимских королей Готфрида Бульонского и Болдуина (об этом гласит текст каменной коррективы, укрепленной в 1680-е годы у входа в одноименный придел Воскресенского Новоиерусалимского собора).
Система гробниц Иерусалимского храма в какой-то степени повлияла на размещение наиболее древних памятников некрополя Воскресенского монастыря. В первую очередь это можно отнести к гробнице самого патриарха Никона - по завещанию он был похоронен именно в приделе Иоанна Предтечи, что должно было поставить в один ряд патриарха - «первосвященника» русской церкви с первосвященником ветхозаветным.
Такую же аналогию можно усмотреть в том, что ближайшие ученики Никона, настоятели Новоиерусалимского монастыря, были похоронены в первом ярусе колокольни, - там, где в храме-подлиннике хоронили иерусалимских патриархов. В церкви Всех Святых под колокольней сохранились могилы архимандрита Герасима (1659 - 1665) и архимандрита Германа (1681 - 1682). В связи с разрушением собора места захоронений других настоятелей монастыря неизвестны, но из документов архива явствует, что традиция захоронения их внутри собора продержалась до второй половины XVIII века. Например, в 1771 году в соборе был погребен архимандрит Никон (1768 - 1771).
В южной части Воскресенского собора, где сосредоточены наиболее ранние захоронения, в приделе Архангела Михаила погребен Иван Шушерин - первый «жиз-неописатель» патриарха Никона.
С захоронениями этого периода связаны замечательные памятники поэзии и эпиграфики конца XVII века - стихотворные эпитафии. Наиболее яркой из них является эпитафия патриарху Никону, высеченная на белокаменной плите. Автор ее - архимандрит Герман. В эпитафии изложена история жизни, изгнания и смерти патриарха.
Вторая стихотворная эпитафия принадлежит архимандриту Никанору. Она помещена над захоронением архимандрита Германа и говорит о нем как о «рачителе писания хитроученом», «сочинителе изрядных песнопений» и «сложного писания» над гробом патриарха.