Деятельность патриарха Никона не ограничивалась только руководством церковью. По сути, он был одним из влиятельнейших членов правительства Алексея Михайловича. Патриарх принимал активное участие во внешнеполитических делах: способствовал укреплению русско-украинских связей, боролся за выход России к Балтийскому морю. Во время отсутствия в Москве царя, отъезжавшего в войска в ходе русско-польской войны, патриарх фактически управлял государством. На какое-то время в России сложилось как бы единое правление царя и патриарха, о котором писали как о «премудрой двоице», подчеркивая перазделимость светской и церковной власти.
Подобную слитность интересов должно было подтвердить и грандиозное строительство патриарха Никона. Три монастыря, созданные Никоном, первоначально были задуманы в русле начавшейся церковной реформы и подчинены единой идеологической программе. Все они по своему замыслу и прежде всего по названиям имели четкую международную ориентацию. Иверский монастырь на Валдае (основан в 1653 году) был символическим повторением монастыря Ивер, знаменитого центра православия в Северной Греции, традиционно считавшегося представительством Грузии на Афоне. Создавая одноименный монастырь в России, патриарх Никон демонстрировал русско-грузинские связи, которые действительно оживились в XVII веке. На Белом море в 1656 году был основан Крестный монастырь, одноименный находящемуся в окрестностях Иерусалима. В Иверском и Крестном монастырях в кратчайшие сроки были построены соборы и другие каменные сооружения. Монастыри были снабжены книгами, утварью, а также привезенными с Афона и Востока иконами и другими святынями.
Иверский монастырь стал своего рода лабораторией, в которой вырабатывались новые для русской культуры приемы строительства и декоративного искусства. Белорусские монахи, которые населили этот монастырь, привезли с собой не только мастеров, снискавших славу патриаршему строительству, но и оборудование для типографии. Монастырь выпускал свою книжную продукцию (в том числе и сочинения патриарха Никона), что также было новшеством для России, имевшей до этого только одну типографию - Государев печатный двор в Москве.
Центральным пунктом строительной программы патриарха Никона стало создание под Москвой Воскресенского Новоиерусалимского монастыря, задуманного как подобие христианских святынь Палестины. Новый монастырь создавался Никоном в сотрудничестве со светской властью, и строительство его, по крайней мере на первом этапе, рассматривалось как дело общегосударственное. Это обстоятельство имело важное значение для всей последующей истории монастыря.
При изучении экономического положения Воскресенского Новоиерусалимского монастыря в XVII веке обращает на себя внимание тот факт, что основанный после Уложения 1649 года, запретившего церкви какие-либо земельные приращения, монастырь сразу стал крупным феодальным вотчинником. Для него были куплены земельные владения в разных уездах России. Практически на каждую покупку давалась жалованная подтвердительная грамота от имени царя Алексея Михайловича. Подобные закупки делались и при создании двух первых никоновских монастырей, что также подтверждает участие в их создании светской власти.
Для нового строительства патриарх Никон начал приобретать земли по реке Истре - левому притоку Москвы-реки. Это территория древнего Сурожского стана, упоминаемого в письменных источниках с начала XIV века. Позднее населенными местами по Истре владели роды Пушкиных, Голохвастовых, Пожарских, Черкасских. В середине XVII века, к моменту земельных приобретений патриарха Никона для нового монастыря, среди владельцев земель по реке Истре мы находим Троице-Сергиев и Иосифо-Волоколамский монастыри, стольника Р. Ф. Бобарыкина и других, более мелких вотчинников.
Новый Иерусалим был основан в 1656 году на землях села Воскресенского (другое название - Сафатово), В центре обширной территории, на холме, получившем название Сион, был заложен мужской монастырь. Его окрестности в соответствии с замыслом тоже получили палестинские названия: холм к востоку от монастыря назвали Елеоном, основанный Никоном небольшой девичий монастырь - Вифанией; па севере находились холм Фавор, село Микулино, переименованное в Преоб-раженское, и деревня Капернаум, бывшая Зиновьева пустошь. Река Истра была переименована в Иордан. Таким образом, под Москвой появился новый церковный центр с топографической номенклатурой, знакомой тогда каждому русскому человеку по евангельским текстам.
Создатели Новоиерусалимекого архитектурно-ландшафтного комплекса использовали документальные материалы топографии Палестины и христианских сооружений. Основным письменным источником была рукопись под названием «Проскинитарий» («Поклонение») Арсения Суханова, дважды посетившего Палестину в 1653 - 1655 годах. Им были описаны многие христианские достопримечательности. Особенно тщательно, с обмерами, Суханов изучил центральную постройку палестинских «святых мест» - храм Гроба Господня в Иерусалиме, Среди других источников следует назвать чертеж Иерусалима «со всеми святыми местами» и деревянную модель храма Гроба Господня, привезенные в Россию иерусалимским патриархом Паиси-ем в 1649 году. Кипарисовая, украшенная перламутром модель представляет собой обычный сувенир, но дает довольно точное представление о структуре палестинского храма. Вероятно, в распоряжении патриарха Никона и его зодчих имелись и гравюры с планами и разрезами этой постройки, опубликованыо в 1626 году во Флоренции.