Для осуществления замысла была произведена необходимая перепланировка местности: очищен от леса берег Истры, подсыпан и укреплен монастырский холм. В короткий срок на нем была построена деревянная церковь. Центральная часть холма предназначалась для каменного Воскресенского собора. Освящение деревянной Воскресенской церкви состоялось в октябре 1657 года в присутствии Алексея Михайловича, который впервые официально назвал вновь созданный монастырь Новым Иерусалимом.
В 1657 году на Елеонском холме была возведена каменная Елеонская часовня, ныне не существующая.
Строительство Воскресенского собора началось в апреле 1658 года и длилось без перерыва до конца 1666 года. Первый период строительства монастыря был тесно связан с судьбой самого патриарха Никона. Двойственные отношения церкви и государства, стремление царя подчинить церковь государственной власти неминуемо должны были привести к открытому конфликту. Попытки патриарха Никона оживить и провести в жизнь теорию о преобладании «священства» над «царством», претензии церкви на активное и даже преобладающее влияние в государстве рано или поздно должны были натолкнуться на противодействие самодержавной власти. Ситуация усугублялась личными политическими амбициями патриарха Никона. Летом 1658 года «премудрая двоица» распалась, и Никон был вынужден оставить Москву и уехать в Новый Иерусалим, В качестве опального патриарха он прожил здесь более восьми лет.
Никону были отданы в личное управление три основанные им монастыря. Документы этого времени постоянно подчеркивают нераздельность владений Иверского, Крестного и Воскресенского монастырей. Эта огромная вотчина включала в себя рыбные ловли на Кольском полуострове, соляные варницы в Старой Руссе и Усолье Камском, два подворья в Москве, земельные владения в северных и центральных уездах, в которых насчитывалось около 6000 дворов крепостных крестьян. Общая система хозяйства давала возможность равномерного распределения продуктов и предельной концентрации сил и средств для строительства. Основные доходы хозяйства поглощало сооружение каменного Воскресенского собора.
Для этого строительства требовалось огромное количество как квалифицированных мастеров, так и подсобной рабочей силы. Крестьяне монастырей, подчиненных Никону, заготавливали лес, камень, глину, жгли известь, делали кирпичи. Ежегодно в Воскресенский монастырь из дальних вотчии присылалось определенное количество работников. Строительные работы отрывали крестьянина от собственного хозяйства, челобитные того времени заполнены жалобами на их разорительность. Работы на строительстве были наиболее тяжелым видом крепостных повинностей. Несмотря на некоторые льготы, которые давались крестьянам монастырей патриарха Никона, размер и тяжесть работ, особенно строительных, постоянно возрастали, приводя многие крестьянские хозяйства к разорению. Старообрядческий автор этого времени писал, что Никон «простых крестьяп тяжкими труды умучил, созидаючи горкой свой Иерусалим».
Вокруг Воскресенского монастыря в конце 1650-х годов создаются слободы, в которых поселяются мастера, приглашенные Никоном. Принято считать, что строительные работы в монастыре возглавлял подмастерье каменных дел Аверкий Мокеев, который работал на всех постройках патриарха Никона. Основные работы по дереву выполняли мастера с Валдая. Создателями декоративного убранства собора и других сооружений стали художники, выехавшие из пограничных областей Украины и Белоруссии, получившие выучку в Речи Посполитой, а возможно, и в странах Западной Европы. Во взаимодействии мастеров разных специальностей, многообразного опыта, принесших в русскую культуру новые приемы технологии, новые мотивы, создавался неповторимый облик Нового Иерусалима.