Одновременно с возведением Воскресенского собора складывался комплекс деревянных и первых каменных построек. В 1660-е годы были проведены большие работы по сооружению деревянной ограды. Новое строение подробно описано в монастырской описи 1679 года: «Круг монастыря с трех сторон осыпной вал, невысок, мелким диким камнем, и с четвертую сторону от Истры реки самородная земля без валу, и по тому валу и самороду рублен город деревянный в две стены и скоблен, а по нем восмь башен с шатрами, внутри города кругом перила… Да с наружную сторону кругом города копан ров, а во рву по одну сторону с трех сторон к валу прислонен лес для осыпи, и землею осыпан, с наружную ж сторону кладено дерном».
Из восьми башен четыре стояли на углах ограды, четыре были проездными. Главным входом в монастырь был восточный, с внутренней стороны к нему примыкала караульня, под которой находилась тюрьма.
В юго-восточной части монастыря размещались деревянные палаты патриарха Никона, состоявшие из двух частей. Главный корпус стоял на подклете, имел каменный погреб и объединял «под одним шатром» приемные покои и различные хозяйственные помещения. Вокруг постройки шли «перила деревянные до городовой стены», включавшей второй комплекс сооружений: шесть жилых патриарших келий и домовую Трехсвятскую церковь над ними.
Палаты патриарха Никона были самой нарядной деревянной постройкой в монастыре. Множество больших и малых окон, двери, обитые лазоревым сукном, обходные галереи, переходы, лестницы с рундуками - все это создавало живописную «теремную» композицию. Поблизости находился пруд и каменная часовенка с шатровым завершением, внутри которой был колодец.
В западной части монастыря располагались два больших хозяйственных корпуса - каменный и деревянный. В первом размещались хлебная, поварня, квасоварня, капустный и квасной погреба. Во втором, прирубленном к городовой стене, - сушильня, ледники и амбары.
У северо-западного и северного прясел ограды стояли деревянные корпуса Казенной, Строительной и Приказной палат. Здесь находился административный и делопроизводительный центр управления вотчинным и строительным хозяйством патриарших монастырей. Неподалеку были палаты архимандрита и четыре братские кельи, позади которых размещалась кузница.
Строительство Воскресенского храма на первом этапе велось довольно медленно. К концу 1666 года он был только доведен до сводов. После церковного собора 1666 - 1667 годов, решившего дело патриарха Никона, возведение его прекратилось.
Конфликт между церковью и государством, углубившийся после удаления патриарха Никона в Новый Иерусалим, требовал своего разрешения. Церковный собор 1666 - 1667 годов, созванный правительством Алексея Михайловича, признал проведенную патриархом Никоном реформу, но осудил одновременно и его, и вождей старообрядчества. Бывший патриарх как простой монах был отправлен в ссылку в Ферапонтов монастырь. Церковный собор должен был определить и юридическое положение основанных Никоном монастырей. Новый Иерусалим начал создаваться как выражение грандиозной церковно-государственной программы, а церковный собор определил ему место рядовой подмосковной обители. Он закрепил за каждым из созданных патриархом Никоном монастырей владения, сложившиеся до 1658 года. Иверскому и Крестному монастырям были возвращены вотчины, которые на протяжении восьми лет использовались Воскресенским монастырем. После такого раздела бывшей огромной вотчины патриарха Никона у Воскресенского монастыря сохранилось хозяйство средних размеров, обеспечивающее жизнь братии монастыря, но не его строительство.
Новый период в жизни Воскресенского монастыря наступил в конце 1670-х годов, в правление царя Федора Алексеевича (1676 - 1682). Уже к 1678 году относятся первые его вклады в этот монастырь. Для обеспечения возобновленного строительства молодой царь приписывает к Новому Иерусалиму 20 монастырей (21-й был приписан в 1694 году), владеющих 1630 крестьянскими дворами. К этому периоду относятся и прямые земельные пожалования, очень скоро снова превратившие Воскресенский монастырь в крупного вотчинника.
Сам монастырь в конце XVII века разворачивает активную приобретательскую деятельность. Поскольку прямые покупки земли были по-прежнему запрещены, приобретения делались в форме замаскированных обменов. Вероятно, власти разрешали подобные сделки, учитывая объем строительства, возобновившегося в монастыре.
К концу XVII века Воскресенский монастырь стал одним из крупнейших церковных вотчинников в России. Монастырю принадлежало около 4000 дворов. Организация монастырского хозяйства была довольно обычной. Крестьяне окрестных сел работали на монастырских пашнях, лугах и скотных дворах. Крестьяне дальних мест, как правило, находились на оброке, который к концу века постепенно приобрел денежный характер. Значительной повинностью крепостных крестьян были работы на строительстве монастырских каменных зданий. К концу XVII века относится множество крестьянских челобитных с описанием тягот, учащаются побеги из монастырских владений. К этому же периоду относятся и открытые выступления против монастырского гнета. Три года длились волнения в приписном Боровенском Успенском монастыре, где крестьяне оказывали полное неповиновение властям и присланным стрельцам. После того как крестьяне были «биты кнутом нещадно», волнения были подавлены. Известен и целый ряд выступлений работных людей на зырянских соляных промыслах.